87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3406 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3406  fimbrial assembly family protein  100 
 
 		 212 aa  427  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0681762 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3112  fimbrial assembly protein  67.91 
 
 		 214 aa  234  7e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.230305 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0997  fimbrial assembly family protein  53.96 
 
 		 204 aa  215  4e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5580  fimbrial assembly family protein  51.76 
 
 		 203 aa  203  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.676622 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1141  Fimbrial assembly family protein  54.79 
 
 		 206 aa  201  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.774309  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0782  fimbrial assembly  54.59 
 
 		 227 aa  196  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2920  fimbrial assembly  50.75 
 
 		 211 aa  189  4e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0021  fimbrial assembly family protein  50.26 
 
 		 207 aa  184  6e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0731  fimbrial assembly family protein  54.05 
 
 		 203 aa  183  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0700  Fimbrial assembly family protein  54.59 
 
 		 203 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0673  fimbrial assembly family protein  54.36 
 
 		 163 aa  170  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.087179 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2974  fimbrial type-4 assembly membrane transmembrane protein  41.21 
 
 		 210 aa  147  8e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.815232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3271  fimbrial assembly  40.59 
 
 		 214 aa  145  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0211  fimbrial assembly  41.62 
 
 		 189 aa  140  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.479471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3134  fimbrial assembly  42.93 
 
 		 213 aa  135  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0835  Fimbrial assembly family protein  42.72 
 
 		 201 aa  134  8e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.636874  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2905  Fimbrial assembly family protein  39.23 
 
 		 210 aa  125  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0485843 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3252  Fimbrial assembly family protein  38.67 
 
 		 210 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5131  type IV pilus biogenesis protein PilN  39.57 
 
 		 208 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.250132  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1859  fimbrial assembly membrane protein  34.33 
 
 		 221 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0439918  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1788  fimbrial assembly family protein  34.33 
 
 		 220 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5780  type 4 fimbrial biogenesis protein PilN  37.37 
 
 		 198 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2460  fimbrial assembly  39.78 
 
 		 196 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66650  type 4 fimbrial biogenesis protein PilN  36.87 
 
 		 198 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.766232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3239  Fimbrial assembly family protein  40.38 
 
 		 290 aa  115  6.9999999999999995e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0543  fimbrial assembly family protein  37.11 
 
 		 190 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0404  fimbrial assembly  36.68 
 
 		 191 aa  112  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3372  type IV pilus biogenesis protein PilN  34.83 
 
 		 197 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0746534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2690  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.03 
 
 		 187 aa  107  9.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000151344  hitchhiker  0.0026415 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4269  fimbrial assembly family protein  29.74 
 
 		 192 aa  103  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.434726 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0282  type IV pilus biogenesis protein PilN  31.73 
 
 		 194 aa  103  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2756  fimbrial assembly family protein  35.52 
 
 		 184 aa  102  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3898  fimbrial assembly family protein  31.32 
 
 		 194 aa  102  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0126413  normal  0.209568 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3702  fimbrial assembly family protein  32.42 
 
 		 194 aa  102  5e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3710  fimbrial assembly family protein  32.42 
 
 		 194 aa  102  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0590924  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0234  fimbrial assembly family protein  31.82 
 
 		 193 aa  101  9e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4117  fimbrial assembly family protein  33.7 
 
 		 194 aa  101  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0926405  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0886  Fimbrial assembly family protein  32.35 
 
 		 197 aa  101  9e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0738  type IV pilus biogenesis protein PilN  32.35 
 
 		 197 aa  101  9e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0218602  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0336  fimbrial assembly family protein  29.08 
 
 		 193 aa  100  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0209  fimbrial assembly family protein  33.88 
 
 		 193 aa  101  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0930863  hitchhiker  0.00864112 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4206  fimbrial assembly family protein  33.7 
 
 		 194 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0243  fimbrial assembly family protein  32.42 
 
 		 194 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.963071 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4088  fimbrial assembly family protein  33.7 
 
 		 194 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4007  Fimbrial assembly family protein  33.7 
 
 		 194 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0827  fimbrial assembly family protein  32.09 
 
 		 187 aa  100  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.839897  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45290  Fimbrial assembly protein  37.22 
 
 		 219 aa  99.8  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0990  Tfp pilus assembly protein PilN  36.88 
 
 		 182 aa  99.4  4e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0203  type IV pilus assembly protein PilN  39.52 
 
 		 191 aa  99.4  4e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.412927 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0959  Tfp pilus assembly protein PilN  36.88 
 
 		 182 aa  98.6  7e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0326  type 4 fimbrial biogenesis protein PilN  34.3 
 
 		 211 aa  98.2  7e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0276  Fimbrial assembly family protein  33.68 
 
 		 187 aa  96.7  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.357338 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0257  fimbrial assembly  30.3 
 
 		 197 aa  93.6  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00514  type IV pilus biogenesis protein PilN  31.28 
 
 		 193 aa  90.9  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02354  fimbrial assembly membrane protein  35.9 
 
 		 252 aa  90.1  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.699012  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0371  fimbrial assembly family protein  30.77 
 
 		 194 aa  89.7  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.366153  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3024  Fimbrial assembly family protein  33.97 
 
 		 167 aa  88.2  9e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0406  fimbrial assembly  33.51 
 
 		 188 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00108906  normal  0.334136 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0159  fimbrial assembly family protein  34.46 
 
 		 185 aa  85.9  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.519903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1938  Fimbrial assembly family protein  29.53 
 
 		 196 aa  80.9  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2717  fimbrial assembly protein PilN  31.69 
 
 		 189 aa  79  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0468  type IV pilus biogenesis protein PilN  28.04 
 
 		 188 aa  79  0.00000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.142315  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1882  type IV pilus biogenesis fimbrial assembly  31.13 
 
 		 221 aa  78.6  0.00000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.102317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2172  fimbrial assembly  30.46 
 
 		 221 aa  76.3  0.0000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.189829  normal  0.239593 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0670  fimbrial assembly  27.21 
 
 		 193 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0609  fimbrial assembly  32.46 
 
 		 189 aa  72  0.000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.157737  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0332  fimbrial assembly family protein  31.03 
 
 		 180 aa  71.6  0.000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.455084  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2210  putative fimbrial assembly protein PilN  30.26 
 
 		 196 aa  70.9  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0329784  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0248  Type 4 fimbrial biogenesis protein PilN  32.17 
 
 		 191 aa  66.2  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002323  type IV pilus biogenesis protein PilN  29.59 
 
 		 191 aa  63.5  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0915694  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0687  fimbrial assembly family protein  29 
 
 		 193 aa  60.5  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.580154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0676  Fimbrial assembly family protein  26.11 
 
 		 193 aa  60.1  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0642  fimbrial assembly  27.08 
 
 		 193 aa  59.3  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0538  fimbrial assembly family protein  27.39 
 
 		 195 aa  58.9  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.714619  normal  0.564423 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1811  fimbrial assembly family protein  28.97 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4955  fimbrial assembly family protein  24.43 
 
 		 178 aa  52  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5082  fimbrial assembly family protein  25 
 
 		 178 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00032  fimbrial assembly protein PilN  29.33 
 
 		 191 aa  51.6  0.000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2031  type IV pilus biogenesis protein PilN  25.85 
 
 		 191 aa  50.1  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0972  fimbrial assembly  23.61 
 
 		 190 aa  49.7  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.819185 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0993  fimbrial assembly family protein  23.81 
 
 		 193 aa  48.9  0.00006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0676  Fimbrial assembly family protein  25.93 
 
 		 166 aa  48.5  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0384  fimbrial assembly family protein  23.12 
 
 		 178 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2202  Fimbrial assembly family protein  27.5 
 
 		 191 aa  46.6  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1547  Fimbrial assembly family protein  22.22 
 
 		 202 aa  44.7  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5132  fimbrial assembly family protein  27.65 
 
 		 178 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0397  fimbrial assembly family protein  27.05 
 
 		 170 aa  42.4  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00218419 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>