86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0336 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0336  fimbrial assembly family protein  100 
 
 
193 aa  388  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4269  fimbrial assembly family protein  83.94 
 
 
192 aa  328  3e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.434726 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0209  fimbrial assembly family protein  76.68 
 
 
193 aa  315  3e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0930863  hitchhiker  0.00864112 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0234  fimbrial assembly family protein  77.72 
 
 
193 aa  314  5e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3372  type IV pilus biogenesis protein PilN  76.65 
 
 
197 aa  312  9.999999999999999e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0746534  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0371  fimbrial assembly family protein  76.68 
 
 
194 aa  304  4.0000000000000004e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.366153  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4007  Fimbrial assembly family protein  77.44 
 
 
194 aa  304  5.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4088  fimbrial assembly family protein  77.95 
 
 
194 aa  303  7e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0243  fimbrial assembly family protein  76.8 
 
 
194 aa  303  7e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.963071 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4206  fimbrial assembly family protein  77.95 
 
 
194 aa  303  7e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0282  type IV pilus biogenesis protein PilN  76.8 
 
 
194 aa  302  2.0000000000000002e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0257  fimbrial assembly  74.11 
 
 
197 aa  301  3.0000000000000004e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3898  fimbrial assembly family protein  76.29 
 
 
194 aa  301  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0126413  normal  0.209568 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3702  fimbrial assembly family protein  76.29 
 
 
194 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3710  fimbrial assembly family protein  75.26 
 
 
194 aa  300  6.000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0590924  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4117  fimbrial assembly family protein  76.92 
 
 
194 aa  300  1e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0926405  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0468  type IV pilus biogenesis protein PilN  40.84 
 
 
188 aa  147  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.142315  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66650  type 4 fimbrial biogenesis protein PilN  37.31 
 
 
198 aa  137  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.766232  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5780  type 4 fimbrial biogenesis protein PilN  36.79 
 
 
198 aa  134  8e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0543  fimbrial assembly family protein  36.32 
 
 
190 aa  131  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5131  type IV pilus biogenesis protein PilN  40 
 
 
208 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.250132  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2690  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.46 
 
 
187 aa  125  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000151344  hitchhiker  0.0026415 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00514  type IV pilus biogenesis protein PilN  34.46 
 
 
193 aa  124  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0670  fimbrial assembly  37.29 
 
 
193 aa  123  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0404  fimbrial assembly  38.02 
 
 
191 aa  121  7e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0990  Tfp pilus assembly protein PilN  37.34 
 
 
182 aa  120  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0997  fimbrial assembly family protein  35.9 
 
 
204 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45290  Fimbrial assembly protein  35.33 
 
 
219 aa  119  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0959  Tfp pilus assembly protein PilN  37.34 
 
 
182 aa  119  3e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0159  fimbrial assembly family protein  36.72 
 
 
185 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.519903  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0827  fimbrial assembly family protein  32.57 
 
 
187 aa  116  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.839897  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0276  Fimbrial assembly family protein  32.57 
 
 
187 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.357338 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3024  Fimbrial assembly family protein  37.97 
 
 
167 aa  112  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3239  Fimbrial assembly family protein  34.13 
 
 
290 aa  112  4.0000000000000004e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1882  type IV pilus biogenesis fimbrial assembly  32.91 
 
 
221 aa  111  8.000000000000001e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.102317  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0211  fimbrial assembly  30.69 
 
 
189 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.479471  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5580  fimbrial assembly family protein  34.46 
 
 
203 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.676622 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1859  fimbrial assembly membrane protein  34.73 
 
 
221 aa  109  3e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0439918  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1788  fimbrial assembly family protein  34.73 
 
 
220 aa  109  3e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2172  fimbrial assembly  32.28 
 
 
221 aa  107  2e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.189829  normal  0.239593 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2756  fimbrial assembly family protein  35.58 
 
 
184 aa  105  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0326  type 4 fimbrial biogenesis protein PilN  35.44 
 
 
211 aa  105  5e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0835  Fimbrial assembly family protein  32.34 
 
 
201 aa  102  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.636874  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02354  fimbrial assembly membrane protein  35.4 
 
 
252 aa  97.4  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.699012  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2460  fimbrial assembly  33.54 
 
 
196 aa  96.7  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0021  fimbrial assembly family protein  36.48 
 
 
207 aa  95.5  5e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2974  fimbrial type-4 assembly membrane transmembrane protein  28.73 
 
 
210 aa  93.2  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.815232  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0700  Fimbrial assembly family protein  35.56 
 
 
203 aa  92.8  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1141  Fimbrial assembly family protein  31.87 
 
 
206 aa  92  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.774309  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0731  fimbrial assembly family protein  36.07 
 
 
203 aa  92  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0248  Type 4 fimbrial biogenesis protein PilN  34.86 
 
 
191 aa  91.3  7e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0406  fimbrial assembly  32.39 
 
 
188 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00108906  normal  0.334136 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3271  fimbrial assembly  31 
 
 
214 aa  90.1  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0203  type IV pilus assembly protein PilN  31.41 
 
 
191 aa  90.1  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.412927 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2920  fimbrial assembly  31.16 
 
 
211 aa  87.8  8e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0886  Fimbrial assembly family protein  27.62 
 
 
197 aa  87.4  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002323  type IV pilus biogenesis protein PilN  30.32 
 
 
191 aa  87  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0915694  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0738  type IV pilus biogenesis protein PilN  27.62 
 
 
197 aa  87.4  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0218602  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2210  putative fimbrial assembly protein PilN  31.22 
 
 
196 aa  86.3  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0329784  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3112  fimbrial assembly protein  34.39 
 
 
214 aa  85.9  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.230305 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2717  fimbrial assembly protein PilN  32.48 
 
 
189 aa  85.9  4e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3252  Fimbrial assembly family protein  29.05 
 
 
210 aa  85.5  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2905  Fimbrial assembly family protein  29.05 
 
 
210 aa  85.9  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0485843 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3406  fimbrial assembly family protein  29.41 
 
 
212 aa  84  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0681762 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1938  Fimbrial assembly family protein  29.03 
 
 
196 aa  83.2  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0782  fimbrial assembly  31.89 
 
 
227 aa  81.3  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125295  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0673  fimbrial assembly family protein  29.11 
 
 
163 aa  80.1  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.087179 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3134  fimbrial assembly  30.16 
 
 
213 aa  78.2  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0642  fimbrial assembly  27.22 
 
 
193 aa  73.2  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0609  fimbrial assembly  26.01 
 
 
189 aa  68.9  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.157737  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00032  fimbrial assembly protein PilN  27.01 
 
 
191 aa  65.9  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0676  Fimbrial assembly family protein  25 
 
 
193 aa  65.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0687  fimbrial assembly family protein  24.08 
 
 
193 aa  61.2  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.580154  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0332  fimbrial assembly family protein  20.99 
 
 
180 aa  57.4  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.455084  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2137  Tfp pilus assembly protein, PilN-like  24 
 
 
192 aa  55.5  0.0000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000790236  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0676  Fimbrial assembly family protein  25 
 
 
166 aa  54.3  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3887  Fimbrial assembly family protein  29.05 
 
 
189 aa  52.8  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.412256  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0538  fimbrial assembly family protein  23.65 
 
 
195 aa  52.8  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.714619  normal  0.564423 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0397  fimbrial assembly family protein  28.32 
 
 
170 aa  50.8  0.00001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00218419 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4065  Fimbrial assembly family protein  26.76 
 
 
189 aa  47.8  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5082  fimbrial assembly family protein  23.42 
 
 
178 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5132  fimbrial assembly family protein  24.05 
 
 
178 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4955  fimbrial assembly family protein  23.42 
 
 
178 aa  45.4  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1470  fimbrial assembly protein  23.46 
 
 
192 aa  44.7  0.0007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.227533  normal  0.308389 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1515  fimbrial assembly family protein  20.99 
 
 
177 aa  43.9  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0384  fimbrial assembly family protein  24.07 
 
 
178 aa  42.4  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>