More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0802 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0802  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
427 aa  857    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5567  Fis family transcriptional regulator  46.67 
 
 
406 aa  343  2.9999999999999997e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.296467  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0340  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism-like protein  46.42 
 
 
416 aa  324  1e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5019  transcriptional regulator, Fis family  45.63 
 
 
426 aa  305  9.000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0426  Fis family transcriptional regulator  44.96 
 
 
411 aa  298  9e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.702511  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3354  Fis family transcriptional regulator  40.4 
 
 
392 aa  270  4e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.385927  normal  0.681411 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2856  putative GAF sensor protein  28.64 
 
 
380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6814  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.21 
 
 
630 aa  113  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.890865  normal  0.850064 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1592  transcriptional regulator, Fis family  29.37 
 
 
399 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3641  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.28 
 
 
691 aa  111  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.651676  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7557  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.74 
 
 
627 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1732  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.33 
 
 
585 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1400  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.67 
 
 
629 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0367  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.74 
 
 
696 aa  108  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.569096  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2247  Fis family transcriptional regulator  29.85 
 
 
388 aa  109  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.108557  normal  0.0366574 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1769  Fis family transcriptional regulator  27.02 
 
 
386 aa  107  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4518  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.2 
 
 
633 aa  107  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.543638 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1892  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.5 
 
 
582 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3479  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.78 
 
 
582 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.496385  normal  0.125904 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2041  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.79 
 
 
611 aa  105  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.637814 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0479  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.29 
 
 
712 aa  104  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3388  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.68 
 
 
637 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4403  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.37 
 
 
628 aa  104  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4979  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.68 
 
 
637 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219279  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2259  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.78 
 
 
591 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.026618 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0698  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.69 
 
 
637 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4922  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.8 
 
 
629 aa  102  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330349  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  27.51 
 
 
617 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130884  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3427  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.25 
 
 
648 aa  100  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.535868 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5308  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.68 
 
 
634 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0711362 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1736  helix-turn-helix, Fis-type  28.96 
 
 
617 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.590224  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003329  sigma-54 dependent transcriptional regulator  33 
 
 
586 aa  97.8  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1819  sigma-54 activated regulatory protein  29.25 
 
 
651 aa  97.4  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1337  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.01 
 
 
679 aa  97.4  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2092  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  26.45 
 
 
676 aa  97.1  6e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000637573  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1000  helix-turn-helix, Fis-type  26.35 
 
 
661 aa  96.7  8e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3488  transcriptional regulator, Fis family  31.73 
 
 
365 aa  96.7  8e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.447559 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1413  sigma-54 dependent transcriptional regulator  34.02 
 
 
587 aa  96.3  9e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4479  sigma-54 dependent transcriptional regulator  33.02 
 
 
616 aa  95.9  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3636  sigma54 specific transcriptional regulator  29.15 
 
 
616 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.521213 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5548  helix-turn-helix, Fis-type  30.36 
 
 
658 aa  95.1  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.541303  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2486  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  26.26 
 
 
672 aa  95.5  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.141183 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0252  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.67 
 
 
652 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1075  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  27.89 
 
 
687 aa  95.1  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.990194  normal  0.0882884 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02421  hypothetical protein  34.09 
 
 
587 aa  95.5  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2160  sigma-54 activated regulatory protein  28.98 
 
 
724 aa  94.7  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0800  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  28.98 
 
 
646 aa  94.4  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.236546  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0250  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.54 
 
 
619 aa  94.7  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000206516 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2813  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  29.66 
 
 
699 aa  94.4  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.475478  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5127  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator, HTH Fis-type family  26.57 
 
 
654 aa  94.4  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.53901  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0285  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  27.54 
 
 
687 aa  94  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2870  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.08 
 
 
676 aa  93.6  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.360055  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3322  acetoin transcriptional regulator, sigma54 specific, AcoR  28.4 
 
 
611 aa  93.6  7e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08020  Sigma54-dependent transcriptional activator  28.62 
 
 
631 aa  93.6  7e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0365  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.46 
 
 
633 aa  92.8  9e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0633679  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5649  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.54 
 
 
653 aa  92.4  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00169895 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3626  sigma-54-dependent transcriptional regulator HTH Fis-type family  28.24 
 
 
626 aa  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.139273 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3379  putative phytochrome sensor protein  32.07 
 
 
651 aa  91.3  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3771  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.09 
 
 
619 aa  91.7  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0251  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.09 
 
 
628 aa  90.9  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000347396 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4047  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.19 
 
 
611 aa  90.9  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0890  sigma-54 dependent transcriptional regulator  28.62 
 
 
646 aa  90.9  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245781  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3573  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.4 
 
 
591 aa  90.5  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2614  putative transcriptional regulator  28.09 
 
 
682 aa  90.5  6e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1963  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.6 
 
 
647 aa  89.7  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2976  Fis family transcriptional regulator  27.48 
 
 
626 aa  89  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0253  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.66 
 
 
652 aa  89.4  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000233378 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0249  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.66 
 
 
626 aa  89.4  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5659  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  27.91 
 
 
663 aa  89.4  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5969  putative phytochrome sensor protein  26.1 
 
 
663 aa  88.6  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118543  normal  0.0102226 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.73 
 
 
657 aa  88.6  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0944  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.21 
 
 
673 aa  89  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0249  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.16 
 
 
652 aa  87.8  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5133  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.61 
 
 
584 aa  88.2  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0596409  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0932  sigma54 specific transcriptional regulator  30.12 
 
 
653 aa  87.4  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.702555  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3538  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.62 
 
 
660 aa  87.4  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0381  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.75 
 
 
663 aa  87.4  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24565  normal  0.15807 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11830  transcriptional regulator  28.2 
 
 
643 aa  87  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0962439  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7189  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  24.78 
 
 
662 aa  87  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000334896  normal  0.517977 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0270  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.64 
 
 
598 aa  86.7  7e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000773835 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1840  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.39 
 
 
667 aa  86.7  8e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.286624  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1088  transcriptional regulator  28.06 
 
 
640 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0899  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  27.41 
 
 
632 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.599128  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  27.41 
 
 
632 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.917083  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3145  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.97 
 
 
705 aa  85.9  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2469  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.89 
 
 
636 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.416044  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3077  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  28.24 
 
 
682 aa  85.1  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1778  helix-turn-helix, Fis-type  24.7 
 
 
673 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2583  sigma-54 activated regulatory protein  28.72 
 
 
709 aa  84.7  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3434  sigma-54 dependent transcriptional regulator  32.4 
 
 
602 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.66609  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1313  helix-turn-helix, Fis-type  26.88 
 
 
393 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6118  Fis family transcriptional regulator  26.88 
 
 
393 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6164  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.37 
 
 
666 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6516  helix-turn-helix, Fis-type  26.88 
 
 
393 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5954  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.44 
 
 
677 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0983903 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5897  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.37 
 
 
669 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.313078 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3175  putative GAF sensor protein  28 
 
 
629 aa  83.2  0.000000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1458  helix-turn-helix, Fis-type  29.84 
 
 
635 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6307  Fis family transcriptional regulator  26.02 
 
 
389 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.311164  normal  0.233668 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6248  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  28.76 
 
 
708 aa  82.8  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423516  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>