264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4092 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_4092  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
445 aa  881    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0518601  normal  0.260492 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1413  extracellular solute-binding protein family 1  29.75 
 
 
411 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127019  normal  0.973051 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4286  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 
415 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.683579  normal  0.881811 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0138  extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 
434 aa  82.4  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3701  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 
447 aa  82.4  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  unclonable  0.0000000375637  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 
412 aa  76.6  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4978  extracellular solute-binding protein family 1  22.75 
 
 
437 aa  73.6  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346425  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  22.82 
 
 
435 aa  73.2  0.000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 
434 aa  72.8  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4181  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 
435 aa  72.4  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000770865  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6090  extracellular solute-binding protein family 1  27.74 
 
 
425 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  25.31 
 
 
412 aa  71.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 
436 aa  70.9  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2463  extracellular solute-binding protein  24.21 
 
 
437 aa  70.5  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  24.18 
 
 
435 aa  70.5  0.00000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  23.88 
 
 
440 aa  70.1  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0431  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 
435 aa  69.7  0.00000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4737  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 
455 aa  69.7  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3171  extracellular solute-binding protein  23.22 
 
 
443 aa  68.6  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0465993  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 
441 aa  68.9  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0915  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  24.15 
 
 
443 aa  67.8  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.779259 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  23.75 
 
 
412 aa  68.2  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4357  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 
455 aa  67.8  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.200959  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4443  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 
455 aa  67.8  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0226595 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2902  extracellular solute-binding protein  24.54 
 
 
439 aa  67  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.489617 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  22.77 
 
 
439 aa  67  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  24.61 
 
 
436 aa  66.6  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2064  extracellular solute-binding protein  23.18 
 
 
449 aa  65.5  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1108  extracellular solute-binding protein family 1  23.02 
 
 
436 aa  65.5  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 
438 aa  65.1  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  20.34 
 
 
428 aa  64.7  0.000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  23.39 
 
 
435 aa  65.1  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  23.1 
 
 
440 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  22.89 
 
 
439 aa  64.3  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1727  extracellular solute-binding protein  22.73 
 
 
436 aa  64.3  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  23.77 
 
 
439 aa  64.7  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  24.24 
 
 
422 aa  64.3  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2622  extracellular solute-binding protein family 1  25.87 
 
 
437 aa  64.3  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0574924  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0091  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  21.97 
 
 
436 aa  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126585  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  24.24 
 
 
422 aa  63.5  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 
422 aa  63.5  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19900  extracellular solute-binding protein family 1  20.98 
 
 
415 aa  63.2  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  24.87 
 
 
436 aa  63.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0633  extracellular solute-binding protein  23.23 
 
 
436 aa  63.2  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 
414 aa  62.4  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  24.22 
 
 
442 aa  62  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  24.22 
 
 
442 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0138  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 
412 aa  62  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5738  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.52 
 
 
452 aa  62  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.599702  normal  0.0824986 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.22 
 
 
442 aa  62  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2465  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.22 
 
 
442 aa  62  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0872  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.22 
 
 
442 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0876  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.22 
 
 
442 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0755942  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0079  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.22 
 
 
442 aa  62  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3793  extracellular solute-binding protein  22.69 
 
 
437 aa  62.4  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.8374  normal  0.742912 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  23.1 
 
 
440 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000241977  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 
441 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 
441 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 
441 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 
412 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1047  extracellular solute-binding protein  21.43 
 
 
433 aa  61.2  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3144  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  23.28 
 
 
460 aa  60.5  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  23.71 
 
 
431 aa  60.5  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0203  extracellular solute-binding protein family 1  23.13 
 
 
441 aa  60.5  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.346278  normal  0.123927 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0889  extracellular solute-binding protein  22.37 
 
 
435 aa  60.5  0.00000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0271  extracellular solute-binding protein family 1  25.08 
 
 
387 aa  60.5  0.00000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3982  extracellular solute-binding protein family 1  28.71 
 
 
435 aa  60.5  0.00000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.71759  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  23.81 
 
 
419 aa  60.1  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4399  extracellular solute-binding protein family 1  24.65 
 
 
455 aa  60.1  0.00000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0609802  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0572  extracellular solute-binding protein family 1  25.96 
 
 
470 aa  59.7  0.00000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 
441 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.25 
 
 
496 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 
440 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 
455 aa  59.7  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 
441 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4442  extracellular solute-binding protein  29.93 
 
 
425 aa  59.7  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00539632  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5309  extracellular solute-binding protein family 1  22.46 
 
 
447 aa  59.7  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574903  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.15 
 
 
441 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0695  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  23.56 
 
 
441 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  19.67 
 
 
437 aa  58.9  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  21.72 
 
 
428 aa  58.2  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  21.59 
 
 
449 aa  58.2  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0303  extracellular solute-binding protein family 1  26.56 
 
 
478 aa  58.2  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3348  extracellular solute-binding protein family 1  24.38 
 
 
443 aa  57.8  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4940  extracellular solute-binding protein family 1  23.85 
 
 
484 aa  57.8  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4158  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 
446 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1681  extracellular solute-binding protein  22.19 
 
 
436 aa  57.4  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.901925  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2041  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 
436 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2459  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 
443 aa  57.4  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.924766  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0848  extracellular solute-binding protein family 1  24.4 
 
 
453 aa  57  0.0000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0413942  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5596  extracellular solute-binding protein  21.49 
 
 
436 aa  57  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.198436  normal  0.412169 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2420  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 
443 aa  57  0.0000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.783182  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2465  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 
443 aa  57  0.0000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.270585  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2796  extracellular solute-binding protein family 1  26.75 
 
 
468 aa  57  0.0000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  23.41 
 
 
436 aa  56.2  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1094  extracellular solute-binding protein  22.96 
 
 
439 aa  56.2  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.962008  normal  0.028756 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  22.91 
 
 
424 aa  56.2  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3771  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 
421 aa  55.8  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3415  extracellular solute-binding protein  21.54 
 
 
438 aa  56.2  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.136491  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.38 
 
 
439 aa  56.2  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>