More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1047 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1047  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 433 aa  891    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  24.49 
 
 		 419 aa  89  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2659  extracellular solute-binding protein family 1  26.49 
 
 		 431 aa  87.8  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00136924  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3306  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 431 aa  86.7  8e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 		 431 aa  86.3  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5738  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  22.47 
 
 		 452 aa  85.9  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.599702  normal  0.0824986 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  28.83 
 
 		 450 aa  85.1  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  25.66 
 
 		 449 aa  85.1  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  22.1 
 
 		 428 aa  85.1  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0091  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  24.31 
 
 		 436 aa  84  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126585  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1727  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 		 436 aa  84  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2463  extracellular solute-binding protein  24.27 
 
 		 437 aa  82.8  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5306  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 431 aa  82.4  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  22.36 
 
 		 466 aa  82  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  25.8 
 
 		 436 aa  81.6  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  23.23 
 
 		 447 aa  81.3  0.00000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2796  extracellular solute-binding protein family 1  25.96 
 
 		 468 aa  81.6  0.00000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2064  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 		 449 aa  81.6  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0954  extracellular solute-binding protein  30.22 
 
 		 397 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.233769  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1331  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 464 aa  80.9  0.00000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 		 439 aa  80.5  0.00000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  20.82 
 
 		 425 aa  79  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5309  extracellular solute-binding protein family 1  23.29 
 
 		 447 aa  78.2  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574903  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0303  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 478 aa  77.8  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  27.91 
 
 		 439 aa  77.4  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1681  extracellular solute-binding protein  23.78 
 
 		 436 aa  77  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.901925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3459  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 458 aa  76.3  0.0000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.725469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  24.71 
 
 		 439 aa  76.3  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  23.93 
 
 		 421 aa  75.9  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0361  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 444 aa  74.7  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  25.82 
 
 		 422 aa  73.9  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  22.1 
 
 		 455 aa  73.6  0.000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  25.82 
 
 		 422 aa  73.6  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 		 422 aa  73.6  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 		 412 aa  72.8  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  25.8 
 
 		 428 aa  70.9  0.00000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1232  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.15 
 
 		 426 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0065  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.15 
 
 		 426 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0354  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.15 
 
 		 426 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.824168  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1739  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.15 
 
 		 426 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1650  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.15 
 
 		 426 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1073  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.15 
 
 		 399 aa  70.1  0.00000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0230  putative transporter periplasmic binding protein  24.15 
 
 		 426 aa  70.1  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  24.15 
 
 		 423 aa  70.1  0.00000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  23.43 
 
 		 419 aa  69.3  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3065  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.09 
 
 		 421 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  23.78 
 
 		 446 aa  69.3  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  22.79 
 
 		 412 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  22.25 
 
 		 399 aa  68.6  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4116  extracellular solute-binding protein  21.24 
 
 		 447 aa  68.6  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000719407  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4468  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 		 436 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  34.53 
 
 		 420 aa  68.2  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  23.9 
 
 		 439 aa  68.2  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4158  extracellular solute-binding protein  22.87 
 
 		 446 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5198  extracellular solute-binding protein family 1  23.26 
 
 		 442 aa  68.2  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.06332 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 		 436 aa  68.2  0.0000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  21.34 
 
 		 439 aa  67.4  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  21.78 
 
 		 440 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  21.95 
 
 		 413 aa  67.4  0.0000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  23.34 
 
 		 435 aa  67.4  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  24.13 
 
 		 412 aa  67.4  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  24.04 
 
 		 504 aa  67.4  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3216  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 425 aa  67  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.949389 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  21.59 
 
 		 440 aa  66.6  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  23.36 
 
 		 411 aa  66.2  0.0000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  22.1 
 
 		 496 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0476  extracellular solute-binding protein family 1  32.89 
 
 		 401 aa  66.6  0.0000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4181  extracellular solute-binding protein  22.36 
 
 		 435 aa  66.6  0.0000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000770865  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  24.64 
 
 		 412 aa  66.6  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0889  extracellular solute-binding protein  21.61 
 
 		 435 aa  66.2  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2610  extracellular solute-binding protein  21.65 
 
 		 477 aa  65.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  23.05 
 
 		 411 aa  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  21.64 
 
 		 439 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2420  extracellular solute-binding protein  22.07 
 
 		 443 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.783182  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  21.62 
 
 		 412 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  21.64 
 
 		 439 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  22.7 
 
 		 436 aa  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2465  extracellular solute-binding protein  22.07 
 
 		 443 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.270585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  21.78 
 
 		 414 aa  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2459  extracellular solute-binding protein  22.07 
 
 		 443 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.924766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2426  extracellular solute-binding protein family 1  23.38 
 
 		 441 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.741734 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5468  extracellular solute-binding protein family 1  23.26 
 
 		 442 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  23.83 
 
 		 441 aa  65.5  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3777  extracellular solute-binding protein  22.13 
 
 		 436 aa  65.9  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0547  ABC-type sugar / sn-glycerol 3-phosphate transport protein  22.49 
 
 		 447 aa  65.1  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1658  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 		 449 aa  65.1  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.521221  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3999  extracellular solute-binding protein family 1  22.93 
 
 		 452 aa  65.5  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.250177 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  21.41 
 
 		 498 aa  65.1  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  20.38 
 
 		 411 aa  65.1  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3793  extracellular solute-binding protein  22.45 
 
 		 437 aa  64.7  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.8374  normal  0.742912 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  24.29 
 
 		 435 aa  64.3  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  22.96 
 
 		 513 aa  64.3  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 410 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  21.19 
 
 		 423 aa  63.9  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3944  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 464 aa  63.9  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.920276  normal  0.0416082 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0431  extracellular solute-binding protein  22.37 
 
 		 435 aa  63.5  0.000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  22.73 
 
 		 432 aa  63.5  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  22.7 
 
 		 436 aa  63.5  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  20.33 
 
 		 428 aa  63.5  0.000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4379  extracellular solute-binding protein  23.43 
 
 		 421 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>