79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0874 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0874  nucleoside triphosphatase, D5 family  100 
 
 		 774 aa  1618    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1465  hypothetical protein  54.49 
 
 		 770 aa  827    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.237309  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1986  P4 family phage/plasmid primase  29.07 
 
 		 717 aa  226  1e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1244  putative Phage / plasmid primase P4  29.61 
 
 		 749 aa  224  4e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.372159  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2865  P4 family phage/plasmid primase  29.95 
 
 		 717 aa  222  1.9999999999999999e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0870344  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2847  P4 family phage/plasmid primase  29.5 
 
 		 717 aa  219  1e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.318392  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2797  P4 family phage/plasmid primase  29.6 
 
 		 782 aa  207  7e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3701  P4 family phage/plasmid primase  30.99 
 
 		 798 aa  204  7e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1180  P4 family phage/plasmid primase  29.68 
 
 		 843 aa  190  8e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000898776  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2363  P4 family phage/plasmid primase  30.39 
 
 		 900 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.134439  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0839  hypothetical protein  29.45 
 
 		 765 aa  183  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.469557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1647  hypothetical protein  39.19 
 
 		 851 aa  183  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3437  hypothetical protein  27.37 
 
 		 462 aa  181  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.95376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1160  hypothetical protein  28.63 
 
 		 842 aa  181  5.999999999999999e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104949  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2199  P4 family phage/plasmid primase  28.7 
 
 		 554 aa  179  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1000  Phage/plasmid primase P4-like  29.2 
 
 		 723 aa  179  2e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.760681  hitchhiker  0.00622147 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3221  hypothetical protein  27.87 
 
 		 760 aa  177  9e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.038701  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3229  hypothetical protein  27.97 
 
 		 759 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000988084 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4888  P4 family phage/plasmid primase  31.59 
 
 		 697 aa  175  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100684  normal  0.121248 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3115  P4 family phage/plasmid primase  29.22 
 
 		 695 aa  171  4e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00327339  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2648  hypothetical protein  27.34 
 
 		 755 aa  170  9e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1354  hypothetical protein  30.77 
 
 		 470 aa  170  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0809995  normal  0.479035 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3780  P4 family phage/plasmid primase  26.21 
 
 		 874 aa  166  2.0000000000000002e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3729  P4 family phage/plasmid primase  26.21 
 
 		 874 aa  166  2.0000000000000002e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0879  hypothetical protein  27.34 
 
 		 738 aa  164  6e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1367  P4 family phage/plasmid primase  29.9 
 
 		 524 aa  160  8e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.357272  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0927  P4 family phage/plasmid primase  27.79 
 
 		 746 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0448  Phage-plasmid primase P4-like  27.79 
 
 		 746 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1166  hypothetical protein  28.09 
 
 		 467 aa  153  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2965  hypothetical protein  35.29 
 
 		 440 aa  153  1e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2196  P4 family phage/plasmid primase  28.39 
 
 		 955 aa  153  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.319674  hitchhiker  0.00463191 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1690  hypothetical protein  31.97 
 
 		 370 aa  152  3e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3426  P4 family phage/plasmid primase  25.69 
 
 		 857 aa  150  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00902831  normal  0.0299262 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3173  hypothetical protein  32.14 
 
 		 417 aa  148  4.0000000000000006e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3137  hypothetical protein  35.27 
 
 		 647 aa  147  6e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0490  phage/plasmid primase, P4 family  26.65 
 
 		 882 aa  147  7.0000000000000006e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.958319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6272  P4 family phage/plasmid primase  26.6 
 
 		 725 aa  145  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.613455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8782  hypothetical protein  26.4 
 
 		 482 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242638  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1323  hypothetical protein  27.12 
 
 		 526 aa  140  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103734  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0842  hypothetical protein  27.12 
 
 		 526 aa  140  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.464315  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0983  P4 family phage/plasmid primase  26.67 
 
 		 612 aa  138  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5167  hypothetical protein  25.23 
 
 		 472 aa  134  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1974  hypothetical protein  26.17 
 
 		 485 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0353  P4 family phage/plasmid primase  26.87 
 
 		 613 aa  127  6e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.764732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6606  putative Phage / plasmid primase P4  28.3 
 
 		 624 aa  127  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4210  hypothetical protein  36.21 
 
 		 353 aa  122  1.9999999999999998e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.197211  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5359  P4 family phage/plasmid primase  29.48 
 
 		 531 aa  122  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00485157  hitchhiker  0.00000000000000190106 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7040  hypothetical protein  26.33 
 
 		 450 aa  120  9e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.445259 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0135  hypothetical protein  27.46 
 
 		 479 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1475  phage DNA polymerase  25.98 
 
 		 788 aa  117  1.0000000000000001e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0072  phage/plasmid DNA primase, putative  26.42 
 
 		 757 aa  112  4.0000000000000004e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.612885  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3752  primase P4-like protein  29.03 
 
 		 799 aa  109  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0642  Phage or plasmid primase P4-like  23.76 
 
 		 540 aa  105  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0349968  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2911  P4 family phage/plasmid primase  24.28 
 
 		 769 aa  95.9  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0217  P4 family phage/plasmid primase  25.73 
 
 		 486 aa  88.2  5e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.01089  unclonable  0.0000111311 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1052  plasmid/phage primase  23.71 
 
 		 828 aa  83.6  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0990831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2662  Phage/plasmid primase P4-like protein  26.64 
 
 		 632 aa  79.7  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1589  hypothetical protein  32.91 
 
 		 187 aa  74.3  0.000000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.159507 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1315  Phage/plasmid primase P4-like  22.77 
 
 		 771 aa  73.9  0.000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3095  P4 family phage/plasmid primase  24.46 
 
 		 486 aa  73.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.406256  normal  0.59304 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2551  P4 family phage/plasmid primase  24.43 
 
 		 507 aa  71.2  0.00000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00685324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013208  Aaci_3149  phage/plasmid primase, P4 family  25.71 
 
 		 1061 aa  69.3  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1734  P4 family phage/plasmid primase  26.14 
 
 		 624 aa  68.6  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2163  hypothetical protein  38.68 
 
 		 189 aa  68.2  0.0000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.140671 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6725  hypothetical protein  33.97 
 
 		 759 aa  65.5  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.453988 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1839  hypothetical protein  32 
 
 		 751 aa  60.1  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013749  Htur_5275  phage/plasmid primase, P4 family  22.77 
 
 		 1285 aa  58.9  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.413265  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0665  P4 family phage/plasmid primase  21.96 
 
 		 463 aa  57.4  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0819  phage DNA polymerase  23.92 
 
 		 501 aa  55.8  0.000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.020371  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2258  phage DNA polymerase  20.61 
 
 		 542 aa  53.5  0.00001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4533  P4 family phage/plasmid primase  23.33 
 
 		 1172 aa  51.2  0.00006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4492  phage/plasmid primase, P4 family  23.33 
 
 		 1172 aa  51.2  0.00006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3980  hypothetical protein  28.93 
 
 		 728 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0479  ATPase-like protein  30.72 
 
 		 1039 aa  47  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1079  DNA primase small subunit  29.22 
 
 		 1036 aa  47.4  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  22.89 
 
 		 777 aa  46.6  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  22.89 
 
 		 777 aa  46.6  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  22.89 
 
 		 777 aa  45.8  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  22.89 
 
 		 777 aa  45.4  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>