85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4888 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_4888  P4 family phage/plasmid primase  100 
 
 
697 aa  1440    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100684  normal  0.121248 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2847  P4 family phage/plasmid primase  28.51 
 
 
717 aa  245  1.9999999999999999e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.318392  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1986  P4 family phage/plasmid primase  28.37 
 
 
717 aa  244  3e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2865  P4 family phage/plasmid primase  28.47 
 
 
717 aa  243  1e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0870344  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2797  P4 family phage/plasmid primase  35.04 
 
 
782 aa  236  9e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1367  P4 family phage/plasmid primase  35.97 
 
 
524 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.357272  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0927  P4 family phage/plasmid primase  32.99 
 
 
746 aa  215  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0448  Phage-plasmid primase P4-like  32.99 
 
 
746 aa  215  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2363  P4 family phage/plasmid primase  34.55 
 
 
900 aa  213  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.134439  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1244  putative Phage / plasmid primase P4  32.07 
 
 
749 aa  209  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.372159  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3115  P4 family phage/plasmid primase  34.73 
 
 
695 aa  209  2e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00327339  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3221  hypothetical protein  33.83 
 
 
760 aa  199  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.038701  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3701  P4 family phage/plasmid primase  32.5 
 
 
798 aa  197  6e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2648  hypothetical protein  28.7 
 
 
755 aa  196  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3437  hypothetical protein  29.84 
 
 
462 aa  189  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.95376  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3229  hypothetical protein  33.83 
 
 
759 aa  188  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000988084 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0839  hypothetical protein  28.77 
 
 
765 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.469557  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3426  P4 family phage/plasmid primase  29.75 
 
 
857 aa  185  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00902831  normal  0.0299262 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1160  hypothetical protein  32.57 
 
 
842 aa  182  2e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104949  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1180  P4 family phage/plasmid primase  32.48 
 
 
843 aa  180  1e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000898776  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0874  nucleoside triphosphatase, D5 family  29.31 
 
 
774 aa  178  2e-43  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1465  hypothetical protein  28.6 
 
 
770 aa  175  2.9999999999999996e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.237309  n/a   
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8782  hypothetical protein  27.19 
 
 
482 aa  170  8e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242638  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1166  hypothetical protein  33.24 
 
 
467 aa  167  5e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0879  hypothetical protein  26.46 
 
 
738 aa  166  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2199  P4 family phage/plasmid primase  31.78 
 
 
554 aa  162  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3729  P4 family phage/plasmid primase  28.8 
 
 
874 aa  154  5e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6272  P4 family phage/plasmid primase  29.97 
 
 
725 aa  154  5e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.613455  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3780  P4 family phage/plasmid primase  28.8 
 
 
874 aa  154  5e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0842  hypothetical protein  29.92 
 
 
526 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.464315  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1323  hypothetical protein  29.92 
 
 
526 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103734  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0353  P4 family phage/plasmid primase  30.99 
 
 
613 aa  154  5.9999999999999996e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.764732  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0983  P4 family phage/plasmid primase  31.17 
 
 
612 aa  153  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5167  hypothetical protein  27.08 
 
 
472 aa  152  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0490  phage/plasmid primase, P4 family  29.95 
 
 
882 aa  150  8e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.958319  normal 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7040  hypothetical protein  30.77 
 
 
450 aa  148  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.445259 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1354  hypothetical protein  26.94 
 
 
470 aa  147  6e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0809995  normal  0.479035 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1974  hypothetical protein  26.75 
 
 
485 aa  145  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1000  Phage/plasmid primase P4-like  24.82 
 
 
723 aa  144  6e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.760681  hitchhiker  0.00622147 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6606  putative Phage / plasmid primase P4  26.58 
 
 
624 aa  143  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0135  hypothetical protein  29.5 
 
 
479 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2911  P4 family phage/plasmid primase  28.18 
 
 
769 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1475  phage DNA polymerase  26.3 
 
 
788 aa  135  3e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2196  P4 family phage/plasmid primase  28.93 
 
 
955 aa  133  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.319674  hitchhiker  0.00463191 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2662  Phage/plasmid primase P4-like protein  28.09 
 
 
632 aa  128  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5359  P4 family phage/plasmid primase  28.39 
 
 
531 aa  120  9e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00485157  hitchhiker  0.00000000000000190106 
 
 
-
 
NC_002936  DET0072  phage/plasmid DNA primase, putative  26.24 
 
 
757 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.612885  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3752  primase P4-like protein  30.34 
 
 
799 aa  106  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013749  Htur_5275  phage/plasmid primase, P4 family  22.98 
 
 
1285 aa  102  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.413265  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0217  P4 family phage/plasmid primase  28.01 
 
 
486 aa  100  7e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.01089  unclonable  0.0000111311 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1315  Phage/plasmid primase P4-like  26.43 
 
 
771 aa  95.5  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3095  P4 family phage/plasmid primase  27.78 
 
 
486 aa  92.4  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.406256  normal  0.59304 
 
 
-
 
NC_012036  Athe_2776  hypothetical protein  29.59 
 
 
718 aa  89.7  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1684  hypothetical protein  25.61 
 
 
606 aa  85.1  0.000000000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.521904  hitchhiker  0.00120785 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1052  plasmid/phage primase  24.84 
 
 
828 aa  77.4  0.0000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0990831  normal 
 
 
-
 
NC_013208  Aaci_3149  phage/plasmid primase, P4 family  26.2 
 
 
1061 aa  73.6  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2551  P4 family phage/plasmid primase  21.33 
 
 
507 aa  72.8  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00685324  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0564  P4 family phage/plasmid primase  24.28 
 
 
739 aa  70.9  0.00000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.68492  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5782  P4 family phage/plasmid primase  24.91 
 
 
978 aa  68.9  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4492  phage/plasmid primase, P4 family  23.56 
 
 
1172 aa  63.9  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4533  P4 family phage/plasmid primase  23.56 
 
 
1172 aa  63.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0665  P4 family phage/plasmid primase  23.02 
 
 
463 aa  63.5  0.00000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0642  Phage or plasmid primase P4-like  23.35 
 
 
540 aa  61.2  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0349968  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5628  P4 family phage/plasmid primase  26.94 
 
 
1145 aa  57.8  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000865428 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2258  phage DNA polymerase  17.52 
 
 
542 aa  57  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0819  phage DNA polymerase  22.58 
 
 
501 aa  56.2  0.000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.020371  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  25.18 
 
 
776 aa  55.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0622  P4 family phage/plasmid primase  22.06 
 
 
477 aa  55.1  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.77951  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0479  ATPase-like protein  22.05 
 
 
1039 aa  54.7  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0533  phage DNA primase-like protein  23.16 
 
 
636 aa  54.7  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0606801  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  24.73 
 
 
777 aa  54.7  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  24.73 
 
 
777 aa  54.7  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  24.73 
 
 
777 aa  54.7  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  23.36 
 
 
777 aa  54.3  0.000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.382888 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1079  DNA primase small subunit  22.19 
 
 
1036 aa  53.5  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1734  P4 family phage/plasmid primase  19.62 
 
 
624 aa  53.1  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  25.09 
 
 
777 aa  53.1  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3860  D5 family nucleoside triphosphatase  21.15 
 
 
763 aa  51.2  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.503803  normal  0.0447982 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0890  D5 family nucleoside triphosphatase  21.15 
 
 
763 aa  50.8  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  23.91 
 
 
777 aa  49.7  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000273638 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0946  D5 family nucleoside triphosphatase  20.79 
 
 
605 aa  49.3  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5581  primase P4  24 
 
 
1000 aa  46.6  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2575  ATPase-like  31.08 
 
 
355 aa  44.7  0.005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.397649 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0564  ATPase-like  19.87 
 
 
902 aa  43.9  0.009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0661178  normal  0.572377 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  22.92 
 
 
775 aa  43.9  0.01  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>