86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3426 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3426  P4 family phage/plasmid primase  100 
 
 
857 aa  1758    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00902831  normal  0.0299262 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2847  P4 family phage/plasmid primase  33.26 
 
 
717 aa  251  4e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.318392  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2797  P4 family phage/plasmid primase  32.75 
 
 
782 aa  251  5e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1986  P4 family phage/plasmid primase  33.48 
 
 
717 aa  249  2e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2865  P4 family phage/plasmid primase  33.55 
 
 
717 aa  247  6.999999999999999e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0870344  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3701  P4 family phage/plasmid primase  32.6 
 
 
798 aa  240  6.999999999999999e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0879  hypothetical protein  33.26 
 
 
738 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1367  P4 family phage/plasmid primase  34.19 
 
 
524 aa  234  6e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.357272  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0448  Phage-plasmid primase P4-like  33.84 
 
 
746 aa  230  8e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0927  P4 family phage/plasmid primase  33.84 
 
 
746 aa  230  8e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3115  P4 family phage/plasmid primase  34.18 
 
 
695 aa  224  4e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00327339  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3437  hypothetical protein  33.73 
 
 
462 aa  219  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.95376  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6272  P4 family phage/plasmid primase  33.12 
 
 
725 aa  213  1e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.613455  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1180  P4 family phage/plasmid primase  34.68 
 
 
843 aa  209  2e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000898776  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0839  hypothetical protein  32.81 
 
 
765 aa  206  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.469557  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2648  hypothetical protein  32.42 
 
 
755 aa  203  9.999999999999999e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3229  hypothetical protein  33.26 
 
 
759 aa  203  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000988084 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1160  hypothetical protein  32.47 
 
 
842 aa  202  1.9999999999999998e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104949  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2363  P4 family phage/plasmid primase  28.34 
 
 
900 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.134439  normal 
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8782  hypothetical protein  31.12 
 
 
482 aa  200  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242638  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3729  P4 family phage/plasmid primase  28.82 
 
 
874 aa  192  2e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3780  P4 family phage/plasmid primase  28.82 
 
 
874 aa  192  2e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3221  hypothetical protein  31.58 
 
 
760 aa  192  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.038701  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1354  hypothetical protein  28.6 
 
 
470 aa  182  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0809995  normal  0.479035 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1244  putative Phage / plasmid primase P4  30.49 
 
 
749 aa  179  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.372159  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4888  P4 family phage/plasmid primase  28.31 
 
 
697 aa  177  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100684  normal  0.121248 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7040  hypothetical protein  30.37 
 
 
450 aa  170  9e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.445259 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0490  phage/plasmid primase, P4 family  29.25 
 
 
882 aa  168  2.9999999999999998e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.958319  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2199  P4 family phage/plasmid primase  29.4 
 
 
554 aa  168  5e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1000  Phage/plasmid primase P4-like  27.29 
 
 
723 aa  166  3e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.760681  hitchhiker  0.00622147 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1974  hypothetical protein  29.23 
 
 
485 aa  165  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1166  hypothetical protein  28.63 
 
 
467 aa  161  6e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5167  hypothetical protein  30.22 
 
 
472 aa  159  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0874  nucleoside triphosphatase, D5 family  25.69 
 
 
774 aa  150  1.0000000000000001e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6606  putative Phage / plasmid primase P4  27.18 
 
 
624 aa  149  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0983  P4 family phage/plasmid primase  32.3 
 
 
612 aa  146  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1475  phage DNA polymerase  28.53 
 
 
788 aa  139  2e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0353  P4 family phage/plasmid primase  30.14 
 
 
613 aa  133  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.764732  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0842  hypothetical protein  27.54 
 
 
526 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.464315  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1323  hypothetical protein  27.54 
 
 
526 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103734  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1465  hypothetical protein  24.2 
 
 
770 aa  127  7e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.237309  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0072  phage/plasmid DNA primase, putative  24.84 
 
 
757 aa  124  6e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.612885  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2196  P4 family phage/plasmid primase  26.46 
 
 
955 aa  123  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.319674  hitchhiker  0.00463191 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0135  hypothetical protein  29.29 
 
 
479 aa  121  6e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3752  primase P4-like protein  25.8 
 
 
799 aa  103  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1684  hypothetical protein  26.06 
 
 
606 aa  102  3e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.521904  hitchhiker  0.00120785 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5359  P4 family phage/plasmid primase  25.07 
 
 
531 aa  96.3  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00485157  hitchhiker  0.00000000000000190106 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0642  Phage or plasmid primase P4-like  26.1 
 
 
540 aa  93.6  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0349968  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2911  P4 family phage/plasmid primase  25 
 
 
769 aa  92  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2662  Phage/plasmid primase P4-like protein  24.64 
 
 
632 aa  91.3  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1647  hypothetical protein  30.64 
 
 
851 aa  87  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1052  plasmid/phage primase  23.56 
 
 
828 aa  78.2  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0990831  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5782  P4 family phage/plasmid primase  25.59 
 
 
978 aa  76.3  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013749  Htur_5275  phage/plasmid primase, P4 family  24.92 
 
 
1285 aa  71.2  0.00000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.413265  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0533  phage DNA primase-like protein  26.16 
 
 
636 aa  65.9  0.000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0606801  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0639  hypothetical protein  29.65 
 
 
848 aa  65.1  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0775939 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0564  P4 family phage/plasmid primase  27.27 
 
 
739 aa  65.1  0.000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.68492  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3173  hypothetical protein  30.66 
 
 
417 aa  64.7  0.000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0665  P4 family phage/plasmid primase  22.17 
 
 
463 aa  64.7  0.000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1690  hypothetical protein  27.84 
 
 
370 aa  63.5  0.00000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6725  hypothetical protein  30.9 
 
 
759 aa  62.8  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.453988 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1315  Phage/plasmid primase P4-like  23.97 
 
 
771 aa  61.6  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2258  phage DNA polymerase  25.5 
 
 
542 aa  59.7  0.0000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013208  Aaci_3149  phage/plasmid primase, P4 family  22.22 
 
 
1061 aa  59.3  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2965  hypothetical protein  27.64 
 
 
440 aa  58.9  0.0000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2551  P4 family phage/plasmid primase  24.58 
 
 
507 aa  57.8  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00685324  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1839  hypothetical protein  29.69 
 
 
751 aa  57.4  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5628  P4 family phage/plasmid primase  22.57 
 
 
1145 aa  57  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000865428 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3564  hypothetical protein  40.91 
 
 
734 aa  54.7  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.233058  n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4492  phage/plasmid primase, P4 family  26.59 
 
 
1172 aa  52.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4533  P4 family phage/plasmid primase  26.59 
 
 
1172 aa  52.4  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0564  ATPase-like  20.69 
 
 
902 aa  52  0.00005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0661178  normal  0.572377 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1734  P4 family phage/plasmid primase  21.7 
 
 
624 aa  50.4  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1589  hypothetical protein  28.07 
 
 
187 aa  50.8  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.159507 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3137  hypothetical protein  30 
 
 
647 aa  49.7  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0819  phage DNA polymerase  23.18 
 
 
501 aa  49.7  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.020371  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  26.26 
 
 
776 aa  50.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3860  D5 family nucleoside triphosphatase  25.6 
 
 
763 aa  50.1  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.503803  normal  0.0447982 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0890  D5 family nucleoside triphosphatase  25.6 
 
 
763 aa  50.1  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3980  hypothetical protein  30.51 
 
 
728 aa  49.3  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0479  ATPase-like protein  25.99 
 
 
1039 aa  46.6  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0946  D5 family nucleoside triphosphatase  23.16 
 
 
605 aa  45.1  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0217  P4 family phage/plasmid primase  21.92 
 
 
486 aa  44.7  0.007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.01089  unclonable  0.0000111311 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  24.91 
 
 
777 aa  44.7  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.382888 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1079  DNA primase small subunit  25.82 
 
 
1036 aa  44.7  0.008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3095  P4 family phage/plasmid primase  20.36 
 
 
486 aa  44.7  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.406256  normal  0.59304 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>