73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0353 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0353  P4 family phage/plasmid primase  100 
 
 		 613 aa  1244    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.764732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0983  P4 family phage/plasmid primase  49.59 
 
 		 612 aa  538  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6606  putative Phage / plasmid primase P4  36.04 
 
 		 624 aa  325  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2196  P4 family phage/plasmid primase  36.47 
 
 		 955 aa  266  1e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.319674  hitchhiker  0.00463191 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2199  P4 family phage/plasmid primase  32.87 
 
 		 554 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1986  P4 family phage/plasmid primase  28.62 
 
 		 717 aa  198  2.0000000000000003e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1367  P4 family phage/plasmid primase  41.35 
 
 		 524 aa  196  9e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.357272  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2847  P4 family phage/plasmid primase  28.44 
 
 		 717 aa  196  1e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.318392  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2865  P4 family phage/plasmid primase  28.36 
 
 		 717 aa  191  5e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0870344  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3701  P4 family phage/plasmid primase  28.98 
 
 		 798 aa  189  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2648  hypothetical protein  32.92 
 
 		 755 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2363  P4 family phage/plasmid primase  25.95 
 
 		 900 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.134439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2797  P4 family phage/plasmid primase  28.19 
 
 		 782 aa  173  7.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1180  P4 family phage/plasmid primase  27.68 
 
 		 843 aa  172  2e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000898776  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3115  P4 family phage/plasmid primase  27.78 
 
 		 695 aa  172  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00327339  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1160  hypothetical protein  27.27 
 
 		 842 aa  171  3e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104949  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3229  hypothetical protein  35.35 
 
 		 759 aa  170  7e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000988084 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1244  putative Phage / plasmid primase P4  30.97 
 
 		 749 aa  169  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.372159  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0490  phage/plasmid primase, P4 family  26.02 
 
 		 882 aa  169  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.958319  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0839  hypothetical protein  33.92 
 
 		 765 aa  168  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.469557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3221  hypothetical protein  35.57 
 
 		 760 aa  167  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.038701  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0927  P4 family phage/plasmid primase  36.63 
 
 		 746 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0448  Phage-plasmid primase P4-like  36.63 
 
 		 746 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8782  hypothetical protein  35.15 
 
 		 482 aa  163  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242638  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3437  hypothetical protein  37.4 
 
 		 462 aa  159  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.95376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4888  P4 family phage/plasmid primase  35.23 
 
 		 697 aa  153  8e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100684  normal  0.121248 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0879  hypothetical protein  32.66 
 
 		 738 aa  152  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3780  P4 family phage/plasmid primase  26.56 
 
 		 874 aa  150  1.0000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3729  P4 family phage/plasmid primase  26.56 
 
 		 874 aa  150  1.0000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1000  Phage/plasmid primase P4-like  24.69 
 
 		 723 aa  140  1e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.760681  hitchhiker  0.00622147 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1465  hypothetical protein  30.19 
 
 		 770 aa  136  9e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.237309  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1354  hypothetical protein  31.92 
 
 		 470 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0809995  normal  0.479035 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6272  P4 family phage/plasmid primase  31.32 
 
 		 725 aa  134  6e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.613455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3426  P4 family phage/plasmid primase  30.14 
 
 		 857 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00902831  normal  0.0299262 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7040  hypothetical protein  31.27 
 
 		 450 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.445259 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5167  hypothetical protein  34.32 
 
 		 472 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1166  hypothetical protein  31.67 
 
 		 467 aa  127  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0874  nucleoside triphosphatase, D5 family  26.87 
 
 		 774 aa  127  7e-28  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1974  hypothetical protein  34.32 
 
 		 485 aa  123  9e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0072  phage/plasmid DNA primase, putative  26.41 
 
 		 757 aa  122  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.612885  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0217  P4 family phage/plasmid primase  29.05 
 
 		 486 aa  121  3.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.01089  unclonable  0.0000111311 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0842  hypothetical protein  30.8 
 
 		 526 aa  117  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.464315  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1323  hypothetical protein  30.8 
 
 		 526 aa  117  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103734  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1475  phage DNA polymerase  22.13 
 
 		 788 aa  112  2.0000000000000002e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0135  hypothetical protein  38.18 
 
 		 479 aa  111  5e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0642  Phage or plasmid primase P4-like  24.32 
 
 		 540 aa  102  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0349968  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1052  plasmid/phage primase  27.67 
 
 		 828 aa  102  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0990831  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3095  P4 family phage/plasmid primase  27.17 
 
 		 486 aa  94.4  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.406256  normal  0.59304 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2662  Phage/plasmid primase P4-like protein  25.78 
 
 		 632 aa  91.3  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5359  P4 family phage/plasmid primase  25.71 
 
 		 531 aa  85.5  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00485157  hitchhiker  0.00000000000000190106 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3752  primase P4-like protein  24.38 
 
 		 799 aa  82  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2911  P4 family phage/plasmid primase  22.28 
 
 		 769 aa  81.3  0.00000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5782  P4 family phage/plasmid primase  25.29 
 
 		 978 aa  71.2  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1315  Phage/plasmid primase P4-like  24.92 
 
 		 771 aa  62.8  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1684  hypothetical protein  22.35 
 
 		 606 aa  61.6  0.00000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.521904  hitchhiker  0.00120785 
 
 
-
 
NC_013208  Aaci_3149  phage/plasmid primase, P4 family  27.7 
 
 		 1061 aa  57  0.0000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4533  P4 family phage/plasmid primase  21.1 
 
 		 1172 aa  54.7  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4492  phage/plasmid primase, P4 family  21.1 
 
 		 1172 aa  54.3  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1079  DNA primase small subunit  23.9 
 
 		 1036 aa  53.9  0.000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2258  phage DNA polymerase  21.6 
 
 		 542 aa  53.1  0.00001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0479  ATPase-like protein  23.27 
 
 		 1039 aa  53.1  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0272  hypothetical protein  37.04 
 
 		 238 aa  52.8  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.744073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  23.21 
 
 		 777 aa  51.6  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0665  P4 family phage/plasmid primase  22.92 
 
 		 463 aa  50.1  0.0001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0564  ATPase-like  23.9 
 
 		 902 aa  49.7  0.0002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0661178  normal  0.572377 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  25 
 
 		 777 aa  48.5  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000273638 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0819  phage DNA polymerase  20.92 
 
 		 501 aa  48.1  0.0005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.020371  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  25.27 
 
 		 775 aa  47.8  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  24.83 
 
 		 775 aa  46.2  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  24.06 
 
 		 776 aa  45.8  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5628  P4 family phage/plasmid primase  22.7 
 
 		 1145 aa  45.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000865428 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0564  P4 family phage/plasmid primase  22.5 
 
 		 739 aa  45.1  0.004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.68492  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  26.42 
 
 		 777 aa  43.5  0.01  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.382888 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>