76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0135 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0135  hypothetical protein  100 
 
 
479 aa  976    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3437  hypothetical protein  61.05 
 
 
462 aa  355  1e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.95376  normal 
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8782  hypothetical protein  58.54 
 
 
482 aa  327  3e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242638  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0879  hypothetical protein  53.72 
 
 
738 aa  324  2e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1354  hypothetical protein  52.43 
 
 
470 aa  317  3e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0809995  normal  0.479035 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5167  hypothetical protein  52.49 
 
 
472 aa  296  7e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1974  hypothetical protein  48.9 
 
 
485 aa  292  1e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3229  hypothetical protein  46.36 
 
 
759 aa  287  2e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000988084 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3221  hypothetical protein  46.54 
 
 
760 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.038701  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0839  hypothetical protein  46.18 
 
 
765 aa  284  3.0000000000000004e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.469557  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1166  hypothetical protein  50.85 
 
 
467 aa  282  8.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2648  hypothetical protein  44.94 
 
 
755 aa  268  2e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_7040  hypothetical protein  48.51 
 
 
450 aa  252  9.000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.445259 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0842  hypothetical protein  37.83 
 
 
526 aa  211  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.464315  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1323  hypothetical protein  37.83 
 
 
526 aa  211  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103734  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3701  P4 family phage/plasmid primase  35.03 
 
 
798 aa  191  4e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3729  P4 family phage/plasmid primase  33.72 
 
 
874 aa  182  8.000000000000001e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3780  P4 family phage/plasmid primase  33.72 
 
 
874 aa  182  8.000000000000001e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2797  P4 family phage/plasmid primase  37.5 
 
 
782 aa  178  2e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1367  P4 family phage/plasmid primase  33.33 
 
 
524 aa  176  9e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.357272  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1244  putative Phage / plasmid primase P4  35.53 
 
 
749 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.372159  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1160  hypothetical protein  33.53 
 
 
842 aa  172  1e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104949  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1180  P4 family phage/plasmid primase  33.24 
 
 
843 aa  171  3e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000898776  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3115  P4 family phage/plasmid primase  34.46 
 
 
695 aa  169  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00327339  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2865  P4 family phage/plasmid primase  34.02 
 
 
717 aa  168  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0870344  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2847  P4 family phage/plasmid primase  34.02 
 
 
717 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.318392  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1986  P4 family phage/plasmid primase  33.56 
 
 
717 aa  167  5e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6272  P4 family phage/plasmid primase  34.17 
 
 
725 aa  160  5e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.613455  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0927  P4 family phage/plasmid primase  32.78 
 
 
746 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0448  Phage-plasmid primase P4-like  32.78 
 
 
746 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2363  P4 family phage/plasmid primase  35.75 
 
 
900 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.134439  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2199  P4 family phage/plasmid primase  30.61 
 
 
554 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4888  P4 family phage/plasmid primase  29.86 
 
 
697 aa  133  6e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100684  normal  0.121248 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0490  phage/plasmid primase, P4 family  29.39 
 
 
882 aa  125  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.958319  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1465  hypothetical protein  27.46 
 
 
770 aa  125  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.237309  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3426  P4 family phage/plasmid primase  29.29 
 
 
857 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00902831  normal  0.0299262 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1000  Phage/plasmid primase P4-like  28.75 
 
 
723 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.760681  hitchhiker  0.00622147 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0874  nucleoside triphosphatase, D5 family  27.46 
 
 
774 aa  119  9.999999999999999e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2821  peptidase U35, phage prohead HK97  50 
 
 
599 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.445416 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6606  putative Phage / plasmid primase P4  33.03 
 
 
624 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0983  P4 family phage/plasmid primase  35.14 
 
 
612 aa  110  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0353  P4 family phage/plasmid primase  38.18 
 
 
613 aa  109  9.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.764732  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3752  primase P4-like protein  34.7 
 
 
799 aa  103  7e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0072  phage/plasmid DNA primase, putative  28.37 
 
 
757 aa  98.6  2e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.612885  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2196  P4 family phage/plasmid primase  35.02 
 
 
955 aa  96.7  9e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.319674  hitchhiker  0.00463191 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0137  peptidase U35, phage prohead HK97  43.52 
 
 
586 aa  90.5  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1475  phage DNA polymerase  24.26 
 
 
788 aa  87  6e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0734  hypothetical protein  38.39 
 
 
624 aa  83.2  0.000000000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.747813 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2988  peptidase U35 phage prohead HK97  35.71 
 
 
600 aa  72  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2662  Phage/plasmid primase P4-like protein  26.73 
 
 
632 aa  71.6  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1785  hypothetical protein  35.87 
 
 
591 aa  70.5  0.00000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2911  P4 family phage/plasmid primase  30.99 
 
 
769 aa  65.5  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0807  peptidase U35, phage prohead HK97  33.33 
 
 
689 aa  65.5  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0140399 
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5581  primase P4  21.31 
 
 
1000 aa  64.3  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5359  P4 family phage/plasmid primase  23.36 
 
 
531 aa  61.6  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00485157  hitchhiker  0.00000000000000190106 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0665  P4 family phage/plasmid primase  23.43 
 
 
463 aa  60.5  0.00000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1173  peptidase U35 phage prohead HK97  33.93 
 
 
687 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5628  P4 family phage/plasmid primase  22.73 
 
 
1145 aa  59.3  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000865428 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3693  peptidase U35 phage prohead HK97  33.33 
 
 
623 aa  58.5  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.854012  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1684  hypothetical protein  22.65 
 
 
606 aa  58.2  0.0000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.521904  hitchhiker  0.00120785 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0642  Phage or plasmid primase P4-like  27.12 
 
 
540 aa  57.4  0.0000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0349968  n/a   
 
 
-
 
NC_013208  Aaci_3149  phage/plasmid primase, P4 family  30.4 
 
 
1061 aa  57  0.0000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6597  putative peptidase S14, ClpP  30.25 
 
 
684 aa  57  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0961  peptidase S14, ClpP  31.03 
 
 
641 aa  56.6  0.0000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.019957  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1052  plasmid/phage primase  26.67 
 
 
828 aa  56.6  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0990831  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0217  P4 family phage/plasmid primase  32.19 
 
 
486 aa  53.5  0.000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.01089  unclonable  0.0000111311 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3337  phage terminase GpA  32.85 
 
 
1179 aa  53.5  0.000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.27063  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1504  peptidase U35 phage prohead HK97  32.26 
 
 
696 aa  50.8  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2253  peptidase S14, ClpP  31.25 
 
 
674 aa  49.3  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0288659 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3095  P4 family phage/plasmid primase  28 
 
 
486 aa  48.5  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.406256  normal  0.59304 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2190  peptidase S14, ClpP  35.71 
 
 
688 aa  47.4  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000592191 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4683  peptidase U35 phage prohead HK97  31.48 
 
 
693 aa  46.2  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.931317  normal 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4492  phage/plasmid primase, P4 family  21.61 
 
 
1172 aa  44.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4533  P4 family phage/plasmid primase  21.61 
 
 
1172 aa  44.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4353  peptidase S14 ClpP  31.96 
 
 
620 aa  44.3  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.26326  hitchhiker  0.00986992 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0819  phage DNA polymerase  23.32 
 
 
501 aa  43.1  0.01  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.020371  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>