121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5558 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4230  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  76.55 
 
 		 467 aa  739    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5558  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 470 aa  947    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0762  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  68.21 
 
 		 471 aa  642    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.880043 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6907  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  67.98 
 
 		 461 aa  633  1e-180  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5017  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  67.04 
 
 		 469 aa  610  1e-173  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.77659  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2621  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  65.4 
 
 		 467 aa  597  1e-169  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.167094  decreased coverage  0.0008696 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5016  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  64.1 
 
 		 468 aa  587  1e-166  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.405793  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1255  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  62 
 
 		 473 aa  579  1e-164  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1992  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  62.58 
 
 		 472 aa  578  1e-164  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.500951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1444  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  61.47 
 
 		 475 aa  557  1e-157  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.211366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5920  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  61.87 
 
 		 483 aa  547  1e-154  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0557549  normal  0.51688 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4615  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  57.08 
 
 		 477 aa  542  1e-153  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.465429  hitchhiker  0.0000920675 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1256  cyclic nucleotide-binding protein  60 
 
 		 465 aa  534  1e-150  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.17697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1993  cyclic nucleotide-binding protein  56.7 
 
 		 455 aa  497  1e-139  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.62244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1177  cyclic nucleotide-binding  45.36 
 
 		 463 aa  355  1e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.706257  normal  0.0435994 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1337  cyclic nucleotide-binding protein  45.36 
 
 		 463 aa  354  2e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1550  cyclic nucleotide-binding protein  44.69 
 
 		 463 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.971119  normal  0.0601596 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1428  cyclic nucleotide-binding protein  43.58 
 
 		 471 aa  344  2e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.770686  hitchhiker  0.00000483359 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3636  hypothetical protein  54.1 
 
 		 315 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223909  normal  0.0625482 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2040  hypothetical protein  54.62 
 
 		 306 aa  272  7e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4654  hypothetical protein  57.5 
 
 		 306 aa  270  4e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00254851  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1607  SRPI protein  55 
 
 		 314 aa  268  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5683  hypothetical protein  55.1 
 
 		 308 aa  267  2.9999999999999995e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.848601  normal  0.261185 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1814  hypothetical protein  55.06 
 
 		 305 aa  267  4e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0199581  normal  0.56438 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3228  hypothetical protein  57.46 
 
 		 314 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.236449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2494  hypothetical protein  53.75 
 
 		 310 aa  265  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2662  major membrane protein I  55 
 
 		 306 aa  263  4e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0668871  normal  0.653336 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0024  hypothetical protein  55.37 
 
 		 309 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.407086 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1233  hypothetical protein  56.28 
 
 		 307 aa  263  6e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0702713  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16680  hypothetical protein  54.2 
 
 		 310 aa  262  8.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.130769  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20990  hypothetical protein  54.2 
 
 		 310 aa  262  8.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0886304  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0489  hypothetical protein  53.31 
 
 		 308 aa  260  3e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0616  major membrane protein I  53.11 
 
 		 305 aa  259  6e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00347631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5791  major membrane protein I  53.01 
 
 		 310 aa  256  6e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00608599 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0932  hypothetical protein  55.14 
 
 		 310 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0363  major membrane protein I  55.14 
 
 		 310 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0449  hypothetical protein  55.14 
 
 		 310 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0198  hypothetical protein  55.14 
 
 		 310 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1905  major membrane protein I  55.14 
 
 		 310 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.236545  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1819  hypothetical protein  55.14 
 
 		 310 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1408  hypothetical protein  55.14 
 
 		 310 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1553  hypothetical protein  54.32 
 
 		 310 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.179047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0123  hypothetical protein  53.31 
 
 		 310 aa  254  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2623  hypothetical protein  54.73 
 
 		 310 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.691618 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3516  hypothetical protein  54.73 
 
 		 310 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4002  hypothetical protein  54.73 
 
 		 310 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.136398 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1685  hypothetical protein  48.43 
 
 		 314 aa  252  1e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1893  major membrane protein I  53.66 
 
 		 310 aa  250  5e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.558879  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0542  hypothetical protein  55.84 
 
 		 293 aa  248  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.628077  normal  0.28971 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0755  hypothetical protein  49.6 
 
 		 308 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.778519 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5204  hypothetical protein  51.67 
 
 		 308 aa  240  5e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 236 aa  58.2  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 236 aa  57  0.0000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 229 aa  56.6  0.0000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  28.95 
 
 		 157 aa  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.89 
 
 		 219 aa  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 236 aa  52  0.00003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0772  cyclic nucleotide-binding protein  29.6 
 
 		 164 aa  51.6  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  30.83 
 
 		 563 aa  51.6  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 260 aa  51.2  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 236 aa  51.2  0.00004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  35 
 
 		 171 aa  51.2  0.00004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2519  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 492 aa  51.2  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.806579  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  32.35 
 
 		 322 aa  50.4  0.00006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.37 
 
 		 503 aa  50.4  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1433  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  24.86 
 
 		 408 aa  50.4  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.532362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4099  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 237 aa  50.4  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000655046 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3904  cyclic nucleotide-binding:Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS:xanthine/uracil/vitamin C permease:sulphate transporter  26.39 
 
 		 736 aa  49.7  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.74 
 
 		 232 aa  49.7  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 227 aa  49.7  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3834  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  29.6 
 
 		 1018 aa  49.7  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.823997 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4002  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  33.01 
 
 		 1018 aa  49.7  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.82 
 
 		 229 aa  49.7  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5062  cyclic nucleotide-binding  27.32 
 
 		 254 aa  48.5  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.319018  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 254 aa  49.3  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 234 aa  48.9  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0504  cyclic nucleotide-binding protein  34.65 
 
 		 152 aa  48.9  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.336874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  33.62 
 
 		 148 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0475  bacteriocin-processing peptidase  31.07 
 
 		 1018 aa  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.977404  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 		 225 aa  48.5  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.21 
 
 		 239 aa  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3152  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.68 
 
 		 487 aa  47.4  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.833452  normal  0.47191 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0432  cyclic nucleotide-binding protein  31.53 
 
 		 860 aa  47.4  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1737  cyclic nucleotide-binding protein  26.74 
 
 		 584 aa  45.8  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 		 413 aa  46.6  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  32.76 
 
 		 151 aa  46.6  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2775  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  31.34 
 
 		 493 aa  46.6  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 241 aa  45.4  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 257 aa  45.8  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  32 
 
 		 194 aa  45.4  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2440  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  26.21 
 
 		 509 aa  45.1  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00769093 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 228 aa  44.7  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4440  cyclic nucleotide-binding protein  33.71 
 
 		 575 aa  45.1  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0105368  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 246 aa  45.1  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1298  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  27.91 
 
 		 177 aa  44.7  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000825589  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2199  cyclic nucleotide-binding protein  27.42 
 
 		 357 aa  44.3  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3689  cyclic nucleotide-binding protein  29.92 
 
 		 454 aa  44.3  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.120597  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  32.8 
 
 		 149 aa  44.7  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.41 
 
 		 236 aa  44.3  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  32 
 
 		 149 aa  44.7  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.196103 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>