69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_4615 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_4615  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 477 aa  966    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.465429  hitchhiker  0.0000920675 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1444  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  62.91 
 
 		 475 aa  600  1e-170  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.211366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0762  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  60 
 
 		 471 aa  574  1.0000000000000001e-163  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.880043 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5920  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  58.56 
 
 		 483 aa  570  1e-161  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0557549  normal  0.51688 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2621  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  59.47 
 
 		 467 aa  557  1e-157  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.167094  decreased coverage  0.0008696 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6907  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  58.77 
 
 		 461 aa  548  1e-155  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5016  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  57.96 
 
 		 468 aa  551  1e-155  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.405793  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5558  cyclic nucleotide-binding protein  57.08 
 
 		 470 aa  542  1e-153  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1992  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  58.04 
 
 		 472 aa  541  9.999999999999999e-153  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.500951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1255  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  55.6 
 
 		 473 aa  540  9.999999999999999e-153  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4230  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  55.94 
 
 		 467 aa  528  1e-149  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5017  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  55.68 
 
 		 469 aa  520  1e-146  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.77659  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1256  cyclic nucleotide-binding protein  52.12 
 
 		 465 aa  472  1e-132  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.17697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1993  cyclic nucleotide-binding protein  53.47 
 
 		 455 aa  457  1e-127  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.62244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1177  cyclic nucleotide-binding  45.97 
 
 		 463 aa  345  1e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.706257  normal  0.0435994 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1337  cyclic nucleotide-binding protein  45.75 
 
 		 463 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1550  cyclic nucleotide-binding protein  44.88 
 
 		 463 aa  339  5e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.971119  normal  0.0601596 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1428  cyclic nucleotide-binding protein  44.28 
 
 		 471 aa  338  8e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.770686  hitchhiker  0.00000483359 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0489  hypothetical protein  49.03 
 
 		 308 aa  256  9e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2040  hypothetical protein  52.26 
 
 		 306 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5683  hypothetical protein  51.44 
 
 		 308 aa  252  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.848601  normal  0.261185 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0616  major membrane protein I  49.22 
 
 		 305 aa  251  2e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00347631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1814  hypothetical protein  52.67 
 
 		 305 aa  248  1e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0199581  normal  0.56438 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2494  hypothetical protein  49.22 
 
 		 310 aa  248  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1607  SRPI protein  46.95 
 
 		 314 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20990  hypothetical protein  49.81 
 
 		 310 aa  246  6e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0886304  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16680  hypothetical protein  49.81 
 
 		 310 aa  246  6e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.130769  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3228  hypothetical protein  46.95 
 
 		 314 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.236449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0024  hypothetical protein  49.03 
 
 		 309 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.407086 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5791  major membrane protein I  49.03 
 
 		 310 aa  245  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00608599 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3636  hypothetical protein  46.33 
 
 		 315 aa  244  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223909  normal  0.0625482 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1233  hypothetical protein  49.03 
 
 		 307 aa  242  1e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0702713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0123  hypothetical protein  48.25 
 
 		 310 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1553  hypothetical protein  48.25 
 
 		 310 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.179047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3516  hypothetical protein  48.45 
 
 		 310 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2662  major membrane protein I  49.6 
 
 		 306 aa  241  2.9999999999999997e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0668871  normal  0.653336 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2623  hypothetical protein  48.45 
 
 		 310 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.691618 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4002  hypothetical protein  48.45 
 
 		 310 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.136398 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1893  major membrane protein I  47.08 
 
 		 310 aa  237  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.558879  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0932  hypothetical protein  48.25 
 
 		 310 aa  237  3e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0363  major membrane protein I  48.25 
 
 		 310 aa  237  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1819  hypothetical protein  48.25 
 
 		 310 aa  237  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1408  hypothetical protein  48.25 
 
 		 310 aa  237  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0198  hypothetical protein  48.25 
 
 		 310 aa  237  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1905  major membrane protein I  48.25 
 
 		 310 aa  237  3e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.236545  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0449  hypothetical protein  48.25 
 
 		 310 aa  237  3e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4654  hypothetical protein  47.08 
 
 		 306 aa  236  7e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00254851  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0542  hypothetical protein  47.08 
 
 		 293 aa  235  2.0000000000000002e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.628077  normal  0.28971 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5204  hypothetical protein  48.25 
 
 		 308 aa  234  3e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0755  hypothetical protein  47.86 
 
 		 308 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.778519 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1685  hypothetical protein  44.07 
 
 		 314 aa  223  4.9999999999999996e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2894  cyclic nucleotide-binding protein  34.26 
 
 		 482 aa  56.2  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00660929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 249 aa  52.8  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  34.96 
 
 		 222 aa  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 222 aa  50.8  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.77 
 
 		 239 aa  48.5  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3166  cyclic nucleotide-binding protein  30.36 
 
 		 482 aa  47.4  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00363184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 226 aa  46.2  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  27.82 
 
 		 225 aa  46.2  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 247 aa  46.6  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 234 aa  45.4  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.02 
 
 		 224 aa  45.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.59 
 
 		 224 aa  44.7  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  29.57 
 
 		 225 aa  44.7  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4020  cyclic nucleotide-binding  31.25 
 
 		 367 aa  43.9  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109231  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 232 aa  43.5  0.008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.89 
 
 		 231 aa  43.5  0.009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.03 
 
 		 479 aa  43.5  0.009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0772  cyclic nucleotide-binding protein  27.64 
 
 		 164 aa  43.1  0.01  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>