51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3228 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3228  hypothetical protein  100 
 
 		 314 aa  645    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.236449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1607  SRPI protein  96.18 
 
 		 314 aa  620  1e-177  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3636  hypothetical protein  83.97 
 
 		 315 aa  545  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223909  normal  0.0625482 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0489  hypothetical protein  78.98 
 
 		 308 aa  513  1e-144  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20990  hypothetical protein  75.32 
 
 		 310 aa  477  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0886304  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16680  hypothetical protein  75.32 
 
 		 310 aa  477  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.130769  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2494  hypothetical protein  72.44 
 
 		 310 aa  462  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1233  hypothetical protein  71.06 
 
 		 307 aa  451  1.0000000000000001e-126  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0702713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0024  hypothetical protein  69.23 
 
 		 309 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.407086 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2040  hypothetical protein  67.31 
 
 		 306 aa  438  9.999999999999999e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5791  major membrane protein I  69.87 
 
 		 310 aa  434  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00608599 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4654  hypothetical protein  66.99 
 
 		 306 aa  432  1e-120  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00254851  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5683  hypothetical protein  68.87 
 
 		 308 aa  432  1e-120  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.848601  normal  0.261185 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1814  hypothetical protein  67.64 
 
 		 305 aa  431  1e-120  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0199581  normal  0.56438 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0123  hypothetical protein  70.86 
 
 		 310 aa  432  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1553  hypothetical protein  70.39 
 
 		 310 aa  434  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.179047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2662  major membrane protein I  69.16 
 
 		 306 aa  434  1e-120  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0668871  normal  0.653336 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4002  hypothetical protein  69.54 
 
 		 310 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.136398 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0932  hypothetical protein  66.99 
 
 		 310 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1893  major membrane protein I  68.54 
 
 		 310 aa  425  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.558879  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1819  hypothetical protein  66.99 
 
 		 310 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1408  hypothetical protein  66.99 
 
 		 310 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1905  major membrane protein I  66.99 
 
 		 310 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.236545  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0198  hypothetical protein  66.99 
 
 		 310 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0449  hypothetical protein  66.99 
 
 		 310 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3516  hypothetical protein  69.54 
 
 		 310 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2623  hypothetical protein  69.54 
 
 		 310 aa  426  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.691618 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0363  major membrane protein I  66.99 
 
 		 310 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0542  hypothetical protein  69.93 
 
 		 293 aa  422  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.628077  normal  0.28971 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0755  hypothetical protein  67.88 
 
 		 308 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.778519 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0616  major membrane protein I  64.1 
 
 		 305 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00347631  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5204  hypothetical protein  66.78 
 
 		 308 aa  416  9.999999999999999e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1685  hypothetical protein  58.25 
 
 		 314 aa  381  1e-104  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1428  cyclic nucleotide-binding protein  60.5 
 
 		 471 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.770686  hitchhiker  0.00000483359 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1177  cyclic nucleotide-binding  60.08 
 
 		 463 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.706257  normal  0.0435994 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1337  cyclic nucleotide-binding protein  60.08 
 
 		 463 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1550  cyclic nucleotide-binding protein  59.24 
 
 		 463 aa  300  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.971119  normal  0.0601596 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1992  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  55.42 
 
 		 472 aa  283  2.0000000000000002e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.500951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1255  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  55.04 
 
 		 473 aa  278  8e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5016  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  51.87 
 
 		 468 aa  276  3e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.405793  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5920  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  47.68 
 
 		 483 aa  274  1.0000000000000001e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0557549  normal  0.51688 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6907  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  57.08 
 
 		 461 aa  272  6e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1444  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  54.36 
 
 		 475 aa  269  4e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.211366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5017  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  54.17 
 
 		 469 aa  266  2.9999999999999995e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.77659  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5558  cyclic nucleotide-binding protein  57.46 
 
 		 470 aa  266  2.9999999999999995e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0762  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  53.72 
 
 		 471 aa  266  2.9999999999999995e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.880043 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4230  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  55.02 
 
 		 467 aa  262  6.999999999999999e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2621  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  51.53 
 
 		 467 aa  251  1e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.167094  decreased coverage  0.0008696 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4615  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.95 
 
 		 477 aa  245  8e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.465429  hitchhiker  0.0000920675 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1256  cyclic nucleotide-binding protein  50.42 
 
 		 465 aa  240  2.9999999999999997e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.17697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1993  cyclic nucleotide-binding protein  48.15 
 
 		 455 aa  236  5.0000000000000005e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.62244  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>