84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4230 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_5558  cyclic nucleotide-binding protein  76.55 
 
 		 470 aa  739    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0762  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  66.15 
 
 		 471 aa  636    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.880043 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6907  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  69.87 
 
 		 461 aa  653    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4230  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 		 467 aa  936    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5016  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  64.87 
 
 		 468 aa  600  1e-170  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.405793  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5017  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  65.05 
 
 		 469 aa  600  1e-170  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.77659  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2621  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  64.73 
 
 		 467 aa  593  1e-168  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.167094  decreased coverage  0.0008696 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1992  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  63.16 
 
 		 472 aa  587  1e-166  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.500951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1255  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  61.02 
 
 		 473 aa  579  1e-164  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1444  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  60.43 
 
 		 475 aa  564  1e-160  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.211366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5920  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  62.23 
 
 		 483 aa  553  1e-156  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0557549  normal  0.51688 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4615  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  55.94 
 
 		 477 aa  528  1e-149  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.465429  hitchhiker  0.0000920675 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1256  cyclic nucleotide-binding protein  58 
 
 		 465 aa  520  1e-146  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.17697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1993  cyclic nucleotide-binding protein  55.61 
 
 		 455 aa  493  9.999999999999999e-139  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.62244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1177  cyclic nucleotide-binding  46.96 
 
 		 463 aa  365  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.706257  normal  0.0435994 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1550  cyclic nucleotide-binding protein  47.17 
 
 		 463 aa  364  2e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.971119  normal  0.0601596 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1337  cyclic nucleotide-binding protein  46.74 
 
 		 463 aa  364  2e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1428  cyclic nucleotide-binding protein  45.94 
 
 		 471 aa  355  1e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.770686  hitchhiker  0.00000483359 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2040  hypothetical protein  55.06 
 
 		 306 aa  278  1e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3636  hypothetical protein  51.84 
 
 		 315 aa  269  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223909  normal  0.0625482 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1233  hypothetical protein  54.84 
 
 		 307 aa  266  5.999999999999999e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0702713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0024  hypothetical protein  53.53 
 
 		 309 aa  265  1e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.407086 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1607  SRPI protein  55.22 
 
 		 314 aa  265  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5683  hypothetical protein  53.04 
 
 		 308 aa  264  3e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.848601  normal  0.261185 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2494  hypothetical protein  52.08 
 
 		 310 aa  262  8e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16680  hypothetical protein  52.28 
 
 		 310 aa  261  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.130769  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20990  hypothetical protein  52.28 
 
 		 310 aa  261  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0886304  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1814  hypothetical protein  52.85 
 
 		 305 aa  262  1e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0199581  normal  0.56438 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3228  hypothetical protein  55.02 
 
 		 314 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.236449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0489  hypothetical protein  52.05 
 
 		 308 aa  261  2e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0616  major membrane protein I  51.88 
 
 		 305 aa  259  6e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00347631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4654  hypothetical protein  52.42 
 
 		 306 aa  258  2e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00254851  n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2662  major membrane protein I  53.33 
 
 		 306 aa  257  3e-67  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0668871  normal  0.653336 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5791  major membrane protein I  50.8 
 
 		 310 aa  254  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00608599 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1553  hypothetical protein  51.03 
 
 		 310 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.179047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0123  hypothetical protein  51.03 
 
 		 310 aa  252  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0932  hypothetical protein  51.03 
 
 		 310 aa  250  5e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0363  major membrane protein I  51.03 
 
 		 310 aa  250  5e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0449  hypothetical protein  51.03 
 
 		 310 aa  250  5e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0198  hypothetical protein  51.03 
 
 		 310 aa  250  5e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1905  major membrane protein I  51.03 
 
 		 310 aa  250  5e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.236545  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1819  hypothetical protein  51.03 
 
 		 310 aa  250  5e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1408  hypothetical protein  51.03 
 
 		 310 aa  250  5e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4002  hypothetical protein  52.63 
 
 		 310 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.136398 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3516  hypothetical protein  52.63 
 
 		 310 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2623  hypothetical protein  52.63 
 
 		 310 aa  249  6e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.691618 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5204  hypothetical protein  51.04 
 
 		 308 aa  249  8e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1893  major membrane protein I  52.81 
 
 		 310 aa  248  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.558879  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0542  hypothetical protein  52.38 
 
 		 293 aa  246  6.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.628077  normal  0.28971 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1685  hypothetical protein  49.15 
 
 		 314 aa  243  5e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0755  hypothetical protein  48.79 
 
 		 308 aa  242  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.778519 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.18 
 
 		 236 aa  56.6  0.0000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 236 aa  55.1  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3904  cyclic nucleotide-binding:Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS:xanthine/uracil/vitamin C permease:sulphate transporter  31.58 
 
 		 736 aa  53.1  0.000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  33.68 
 
 		 322 aa  53.1  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 236 aa  52.4  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.1 
 
 		 219 aa  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.7 
 
 		 237 aa  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 254 aa  51.6  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11692  transcriptional regulator  32.23 
 
 		 244 aa  51.2  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.476097 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 236 aa  51.6  0.00003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 222 aa  49.7  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.96 
 
 		 239 aa  48.5  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  22.22 
 
 		 230 aa  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.31 
 
 		 232 aa  47.4  0.0006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.06 
 
 		 257 aa  47  0.0007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3152  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.37 
 
 		 487 aa  47  0.0008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.833452  normal  0.47191 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  33.03 
 
 		 512 aa  46.6  0.0008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1513  cyclic nucleotide-binding protein  34.82 
 
 		 308 aa  46.6  0.0009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00604424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  29.17 
 
 		 563 aa  46.6  0.0009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2710  cyclic nucleotide-binding protein  32.29 
 
 		 388 aa  46.2  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2519  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.2 
 
 		 492 aa  45.8  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.806579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  26.98 
 
 		 449 aa  45.4  0.002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.75 
 
 		 234 aa  45.1  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1939  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.75 
 
 		 235 aa  44.7  0.003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3212  cyclic nucleotide-binding protein  32.65 
 
 		 388 aa  44.3  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.868968  normal  0.113236 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4099  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 237 aa  44.3  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000655046 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4891  cyclic nucleotide-binding  50 
 
 		 95 aa  43.9  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.646352  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA05510  cAMP-dependent protein kinase inhibitor, putative  29.67 
 
 		 482 aa  43.9  0.006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0065  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 258 aa  43.9  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0605636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  26.92 
 
 		 222 aa  43.9  0.006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13268  transmembrane transport protein  32.43 
 
 		 1048 aa  43.9  0.006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.321047 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 232 aa  43.5  0.009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0432  cyclic nucleotide-binding protein  29.46 
 
 		 860 aa  43.1  0.009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>