More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_4552 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 76 aa  152  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1357  helix-turn-helix domain-containing protein  68.42 
 
 		 76 aa  113  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.222468  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0504  transcriptional regulator  42.25 
 
 		 75 aa  61.6  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 230 aa  58.5  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 77 aa  57.4  0.00000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1419  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 64 aa  56.6  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.138146  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  39.13 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 75 aa  56.2  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 85 aa  55.5  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  37.68 
 
 		 72 aa  54.7  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  43.55 
 
 		 75 aa  54.3  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 93 aa  54.3  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 73 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 81 aa  53.9  0.0000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0890  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 77 aa  53.5  0.0000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 		 81 aa  53.5  0.0000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 190 aa  53.5  0.0000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 91 aa  53.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 90 aa  53.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40 
 
 		 305 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 73 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 73 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  39.34 
 
 		 77 aa  52.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 112 aa  52.8  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  37.31 
 
 		 90 aa  52.4  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  37.88 
 
 		 67 aa  52  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 68 aa  52  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 182 aa  51.6  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 88 aa  51.6  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  38.57 
 
 		 77 aa  51.6  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  38.57 
 
 		 77 aa  51.6  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 85 aa  51.2  0.000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 81 aa  51.2  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 154 aa  51.2  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2009  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 93 aa  51.2  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 86 aa  51.2  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 89 aa  51.2  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  38.57 
 
 		 517 aa  50.8  0.000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1476  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 91 aa  50.8  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 76 aa  50.8  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 76 aa  50.8  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 81 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 67 aa  50.4  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 81 aa  50.4  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0591  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 68 aa  50.4  0.000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 78 aa  50.4  0.000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 94 aa  50.1  0.000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  40.98 
 
 		 94 aa  50.1  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 76 aa  50.4  0.000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 94 aa  50.1  0.000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 94 aa  50.1  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 94 aa  50.1  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 94 aa  50.1  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 120 aa  49.7  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08540  predicted transcriptional regulator  41.27 
 
 		 76 aa  49.7  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102347 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 252 aa  50.1  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 91 aa  49.7  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 78 aa  49.7  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 75 aa  49.7  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 112 aa  49.7  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 77 aa  50.1  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 97 aa  48.9  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2016  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 93 aa  48.9  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0379  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 184 aa  49.3  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.808324 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4478  transcriptional regulator  38.03 
 
 		 188 aa  48.9  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 97 aa  48.9  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 179 aa  48.9  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 201 aa  48.9  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 513 aa  48.9  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 75 aa  49.3  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  34.29 
 
 		 86 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 97 aa  48.5  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  34.92 
 
 		 70 aa  48.5  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 390 aa  48.5  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 187 aa  48.5  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  36.76 
 
 		 80 aa  48.5  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 256 aa  48.5  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4969  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 86 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1184  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 73 aa  48.1  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.410956  normal  0.167059 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  38.33 
 
 		 154 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2441  transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 		 113 aa  48.1  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  41.67 
 
 		 192 aa  48.1  0.00004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 91 aa  48.1  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4570  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 99 aa  48.1  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.27714 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 120 aa  47.8  0.00005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  36.11 
 
 		 75 aa  47.8  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 93 aa  47.8  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 74 aa  47.8  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 183 aa  47.8  0.00005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0744  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 209 aa  47.8  0.00005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.541206  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 78 aa  47.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  36.07 
 
 		 107 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0080  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 195 aa  47.8  0.00006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0107251  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6350  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 283 aa  47.4  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 77 aa  47.8  0.00006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>