More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0875 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 177 aa  367  1e-101  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.29 
 
 		 201 aa  225  3e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  42.86 
 
 		 168 aa  123  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.87 
 
 		 186 aa  117  6e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.39 
 
 		 204 aa  104  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.01 
 
 		 205 aa  102  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.8 
 
 		 195 aa  101  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.33 
 
 		 185 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  33.71 
 
 		 176 aa  97.4  9e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.24 
 
 		 217 aa  97.4  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.2 
 
 		 193 aa  97.4  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.56 
 
 		 203 aa  95.5  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  29.69 
 
 		 192 aa  95.5  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  27.06 
 
 		 219 aa  94  9e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.48 
 
 		 217 aa  94  9e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  26.61 
 
 		 219 aa  93.6  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  29.52 
 
 		 203 aa  92.8  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.02 
 
 		 188 aa  93.2  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  27.94 
 
 		 206 aa  85.1  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  23.63 
 
 		 239 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4786  putative cold-shock protein, DNA-binding  50.63 
 
 		 104 aa  76.6  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.548437  normal  0.675436 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01686  cold shock domain protein  35.64 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.711044  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0693  hypothetical protein  60 
 
 		 143 aa  64.7  0.0000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1043  hypothetical protein  58.7 
 
 		 156 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0355222  normal  0.453598 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3072  cold-shock protein, DNA-binding  27.92 
 
 		 197 aa  62  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.25 
 
 		 197 aa  61.6  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  34.75 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.19 
 
 		 237 aa  58.5  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.53 
 
 		 224 aa  58.2  0.00000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  39.74 
 
 		 225 aa  57.8  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3705  Excalibur domain-containing protein  34.69 
 
 		 97 aa  57.8  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 205 aa  57  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  41.18 
 
 		 204 aa  57  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3443  cold-shock protein, DNA-binding:protein of unknown function DUF1294  42.65 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2336  hypothetical protein  48.28 
 
 		 111 aa  55.8  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.900928  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  41.79 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4616  hypothetical protein  51.22 
 
 		 231 aa  55.1  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.825297 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1911  hypothetical protein  38.27 
 
 		 87 aa  54.7  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357462  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  37.7 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  37.7 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  40.58 
 
 		 240 aa  54.3  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  34.33 
 
 		 207 aa  53.9  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1841  Excalibur domain protein  36.9 
 
 		 102 aa  53.5  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  40.26 
 
 		 203 aa  54.3  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  41.79 
 
 		 204 aa  53.5  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1593  nuclease-like protein  44.26 
 
 		 196 aa  52  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  37.97 
 
 		 196 aa  51.6  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.91 
 
 		 223 aa  51.6  0.000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.27 
 
 		 203 aa  51.2  0.000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06258  integral membrane protein  44.23 
 
 		 60 aa  50.8  0.000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0533489  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01099  integral membrane protein  44.23 
 
 		 60 aa  50.8  0.000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0894512  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  42.65 
 
 		 127 aa  50.8  0.000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 418 aa  50.4  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  53.49 
 
 		 216 aa  49.7  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2874  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.24 
 
 		 68 aa  49.3  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  38.46 
 
 		 311 aa  49.3  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.06 
 
 		 71 aa  48.5  0.00004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  38.24 
 
 		 69 aa  48.5  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  38.24 
 
 		 69 aa  48.5  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  38.1 
 
 		 69 aa  48.5  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  36.36 
 
 		 69 aa  48.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  36.36 
 
 		 69 aa  48.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5433  cold-shock DNA-binding domain protein  38.46 
 
 		 67 aa  48.1  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0949203  hitchhiker  0.00613475 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  36.36 
 
 		 69 aa  48.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  36.36 
 
 		 69 aa  48.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  36.36 
 
 		 69 aa  48.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2147  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.14 
 
 		 68 aa  48.1  0.00006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.135641  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  36.36 
 
 		 69 aa  48.1  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  38.1 
 
 		 69 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  38.1 
 
 		 69 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  38.1 
 
 		 69 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  38.1 
 
 		 69 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  38.1 
 
 		 69 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  38.1 
 
 		 69 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0396  hypothetical protein  48.78 
 
 		 134 aa  48.1  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.713289  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  38.1 
 
 		 69 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  38.1 
 
 		 69 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  38.1 
 
 		 69 aa  48.1  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  39.71 
 
 		 67 aa  47.8  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2135  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.3 
 
 		 70 aa  47.8  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24851  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  38.1 
 
 		 69 aa  47.8  0.00009  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  39.39 
 
 		 68 aa  47  0.0001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  40.62 
 
 		 70 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 		 70 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  40.62 
 
 		 70 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  40.62 
 
 		 70 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  35.29 
 
 		 67 aa  47.4  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  40.62 
 
 		 70 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  40.62 
 
 		 70 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  40.62 
 
 		 70 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  38.1 
 
 		 69 aa  47.4  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  38.1 
 
 		 69 aa  47.4  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  40.62 
 
 		 70 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  40.62 
 
 		 70 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  38.1 
 
 		 69 aa  47.4  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  40.62 
 
 		 70 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  38.71 
 
 		 70 aa  47.4  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  40.62 
 
 		 70 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  40.62 
 
 		 70 aa  47.4  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  40.62 
 
 		 70 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>