More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3745 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009955  Dshi_3745  RC102  100 
 
 		 451 aa  935    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.863734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6501  plasmid partitioning protein RepA  26.6 
 
 		 404 aa  101  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4023  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.47 
 
 		 395 aa  99  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.03067  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8703  plasmid partitioning protein RepA  25.94 
 
 		 403 aa  97.1  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9800  replication protein A  25.25 
 
 		 409 aa  95.5  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4104  cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.37 
 
 		 397 aa  94.7  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.324179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6017  plasmid partitioning protein RepA  26.44 
 
 		 398 aa  94.4  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0237613  normal  0.19813 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3887  cobyrinic acid ac-diamide synthase  24.94 
 
 		 405 aa  94.4  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4571  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.91 
 
 		 404 aa  94  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9501  replication protein A  24.63 
 
 		 405 aa  93.6  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222629  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3736  plasmid partitioning protein RepA  25.37 
 
 		 408 aa  93.2  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7172  plasmid partitioning protein RepA  26.3 
 
 		 398 aa  93.2  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.300814 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8000  replication protein A  25.75 
 
 		 371 aa  93.2  9e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1202  replication protein RepA  26.07 
 
 		 397 aa  92.4  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0606445  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0001  putative replication protein A  24.69 
 
 		 408 aa  92.8  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4186  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  25.71 
 
 		 394 aa  91.3  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.04151  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4354  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  23.44 
 
 		 405 aa  90.9  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5480  plasmid partitioning protein RepA  25.62 
 
 		 405 aa  90.5  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7000  replication protein A  22.73 
 
 		 408 aa  90.1  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1104  replication protein RepA  25.81 
 
 		 397 aa  89.4  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000233941  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3276  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  24.08 
 
 		 410 aa  89  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.572814  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6490  cobyrinic acid ac-diamide synthase  22.22 
 
 		 404 aa  89.4  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305992  normal  0.932958 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  22.43 
 
 		 400 aa  89.4  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6317  plasmid partitioning protein RepA  24.69 
 
 		 405 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5000  replication protein A  25.37 
 
 		 420 aa  89  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4190  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  24.94 
 
 		 400 aa  88.2  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7789  plasmid partitioning protein RepA  26.18 
 
 		 405 aa  87  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.45198  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6054  plasmid partitioning protein RepA  23.93 
 
 		 398 aa  87  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4191  cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.63 
 
 		 420 aa  87  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.901272  normal  0.680764 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5337  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.23 
 
 		 401 aa  85.1  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4789  cobyrinic acid ac-diamide synthase  24 
 
 		 387 aa  84.7  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.076168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3561  plasmid partitioning protein RepA  25 
 
 		 405 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5555  plasmid partitioning protein RepA  24.69 
 
 		 405 aa  84.3  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.661673 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4281  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  24.57 
 
 		 407 aa  83.6  0.000000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4689  plasmid partitioning protein RepA  26.43 
 
 		 402 aa  82  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10454  normal  0.803552 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8198  replication protein A  23.46 
 
 		 403 aa  81.6  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5035  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.42 
 
 		 399 aa  81.6  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5615  plasmid partitioning protein RepA  26.7 
 
 		 408 aa  80.5  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  0.199114 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4456  cobyrinic acid ac-diamide synthase  24.81 
 
 		 398 aa  80.1  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4517  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  22.19 
 
 		 401 aa  79.7  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3773  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  24.7 
 
 		 469 aa  79.3  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4250  plasmid-partitioning protein SopA  25.32 
 
 		 388 aa  79.3  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.100676 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4822  cobyrinic acid ac-diamide synthase  22.22 
 
 		 408 aa  78.6  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0379935  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4671  cobyrinic acid ac-diamide synthase  23.56 
 
 		 397 aa  77.8  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5193  plasmid partitioning protein RepA  23.73 
 
 		 397 aa  78.2  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0372499  normal  0.16282 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5173  cobyrinic acid ac-diamide synthase  23.92 
 
 		 391 aa  77.8  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.381021 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4546  cobyrinic acid ac-diamide synthase  23.7 
 
 		 399 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.931063  normal  0.514808 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4451  cobyrinic acid ac-diamide synthase  23.7 
 
 		 399 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.375885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4711  cobyrinic acid ac-diamide synthase  24.44 
 
 		 404 aa  77.4  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5912  plasmid partitioning protein RepA  27.32 
 
 		 408 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334298  normal  0.0281794 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3692  hypothetical protein  25.43 
 
 		 468 aa  77  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.576535  normal  0.38395 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3591  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.49 
 
 		 400 aa  77  0.0000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4583  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  24.05 
 
 		 397 aa  76.6  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3855  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.36 
 
 		 463 aa  76.3  0.0000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.743489  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0095  plasmid partition protein ParA  23.56 
 
 		 399 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4543  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  21.97 
 
 		 404 aa  75.9  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4023  ATPase, ParA type  24.08 
 
 		 392 aa  75.5  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.845906  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0007  plasmid-partitioning protein SopA  24.43 
 
 		 391 aa  75.5  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4366  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  23.46 
 
 		 399 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00100758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3840  ATPase, ParA type  25.7 
 
 		 484 aa  75.5  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535208  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4082  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.7 
 
 		 484 aa  75.5  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.525863  normal  0.173158 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5463  plasmid partitioning protein RepA  22.11 
 
 		 397 aa  75.5  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.328009 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4242  hypothetical protein  25.78 
 
 		 484 aa  73.9  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.514474 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0045  plasmid-partitioning protein SopA  24.1 
 
 		 385 aa  73.6  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.257222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0022  plasmid-partitioning protein SopA  24.1 
 
 		 388 aa  73.6  0.000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.19504  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08267  plasmid partition protein ParA  22.83 
 
 		 399 aa  73.2  0.000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0073  plasmid-partitioning protein SopA  24.1 
 
 		 391 aa  73.2  0.000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728582 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5377  plasmid partitioning protein RepA  22.79 
 
 		 405 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.408708  normal  0.131402 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4089  cobyrinic acid ac-diamide synthase  23.45 
 
 		 398 aa  72.8  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563893 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5873  plasmid partitioning protein RepA  24.09 
 
 		 405 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128849  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3493  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  24.05 
 
 		 468 aa  70.9  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.770946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0009  plasmid-partitioning protein SopA  23.03 
 
 		 388 aa  70.5  0.00000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0766545 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1423  ParA family ATPase  24.05 
 
 		 468 aa  69.7  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273364  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3406  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  24.14 
 
 		 487 aa  69.7  0.00000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.798032 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3498  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.27 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.975248  normal  0.228635 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3279  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.27 
 
 		 298 aa  69.7  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4213  cobyrinic acid ac-diamide synthase  23.63 
 
 		 466 aa  68.6  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9001  replication protein A  21.5 
 
 		 399 aa  68.2  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000993  chromosome (plasmid) partitioning protein ParA  23.88 
 
 		 405 aa  67.8  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3948  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  22 
 
 		 434 aa  67.4  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0159296  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6315  plasmid partitioning ATPase ParA  25.13 
 
 		 396 aa  67  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6162  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.23 
 
 		 403 aa  66.6  0.0000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07049  hypothetical protein  24.04 
 
 		 405 aa  66.2  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2820  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.64 
 
 		 312 aa  66.2  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.217261  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6162  plasmid partitioning protein RepA  23.72 
 
 		 404 aa  66.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.49965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6108  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  22.44 
 
 		 411 aa  65.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1369  putative ParA-like partition protein  25.78 
 
 		 347 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4177  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  23.04 
 
 		 387 aa  64.7  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.96 
 
 		 397 aa  64.3  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0183804  normal  0.0975853 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2552  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.89 
 
 		 312 aa  64.7  0.000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000741999  normal  0.352702 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4955  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.45 
 
 		 383 aa  64.3  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7204  cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.93 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23420  chromosome segregation ATPase  25.25 
 
 		 315 aa  63.5  0.000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0002  hypothetical protein  21.65 
 
 		 402 aa  62.4  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  decreased coverage  0.00393773  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2932  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.33 
 
 		 279 aa  62  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0130  ParA family protein  23.05 
 
 		 407 aa  62  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0035  putative protein sopA  22.09 
 
 		 406 aa  61.6  0.00000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1925  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.73 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.22168 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6575  cobyrinic acid ac-diamide synthase  24 
 
 		 402 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2947  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.33 
 
 		 290 aa  61.6  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.297799  normal  0.346271 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>