More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3726 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009955  Dshi_3726  inner-membrane translocator  100 
 
 		 342 aa  661    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0838  inner-membrane translocator  64.44 
 
 		 345 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.825897  normal  0.140783 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3133  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 322 aa  160  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  34.42 
 
 		 340 aa  159  6e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2770  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 320 aa  158  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0631444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3651  inner-membrane translocator  36.13 
 
 		 335 aa  157  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  34.16 
 
 		 368 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  33.93 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  33.76 
 
 		 652 aa  149  5e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  32.12 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  34.6 
 
 		 594 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2952  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 333 aa  142  9e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211647 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  30.21 
 
 		 358 aa  141  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3087  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 321 aa  142  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.878842  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.83 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  35.41 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4108  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 361 aa  139  7.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0177  inner-membrane translocator  32.81 
 
 		 333 aa  139  7.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  33.54 
 
 		 597 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 333 aa  138  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 339 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 339 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1331  inner-membrane translocator  34.08 
 
 		 363 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412363  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4660  inner-membrane translocator  31.83 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1905  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  32.16 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0079  inner-membrane translocator  33.77 
 
 		 361 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 337 aa  133  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 337 aa  133  5e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  32.11 
 
 		 324 aa  133  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  32.31 
 
 		 340 aa  132  9e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4369  inner-membrane translocator  33.65 
 
 		 346 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0543124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  30.55 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  32.57 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4209  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 346 aa  130  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0640071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 339 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.64 
 
 		 333 aa  129  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 342 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  30.58 
 
 		 309 aa  129  7.000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  30.14 
 
 		 632 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  32.42 
 
 		 330 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  31.17 
 
 		 320 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  31.74 
 
 		 313 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1175  inner-membrane translocator  34.43 
 
 		 328 aa  126  6e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  31.74 
 
 		 323 aa  126  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0085  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 324 aa  125  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 346 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2714  inner-membrane translocator  31.85 
 
 		 351 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00849932  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4486  inner-membrane translocator  33.75 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4109  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.648849 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5129  inner-membrane translocator  35.07 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.829684  normal  0.0107834 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0658  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.25 
 
 		 646 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.755349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1228  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 354 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0580355  normal  0.0656558 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2258  urea ABC transporter, permease protein UrtC  31.25 
 
 		 398 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 339 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4227  urea ABC transporter, permease protein UrtC  30.73 
 
 		 418 aa  123  5e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.338662  normal  0.246211 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2458  inner-membrane translocator  30.1 
 
 		 318 aa  123  5e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4608  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 316 aa  122  7e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  33.97 
 
 		 593 aa  122  7e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1754  ABC transporter related  33.12 
 
 		 621 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1436  inner-membrane translocator  30.39 
 
 		 371 aa  122  8e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  29.6 
 
 		 339 aa  122  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  34.29 
 
 		 593 aa  122  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4462  inner-membrane translocator  30.34 
 
 		 633 aa  122  9e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.906456  normal  0.226245 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  33.58 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2973  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.45 
 
 		 383 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.604364  normal  0.198493 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  28.98 
 
 		 323 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.86 
 
 		 323 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  30.21 
 
 		 323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.99 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  28.76 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4327  inner-membrane translocator  29.93 
 
 		 646 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0490651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  31.47 
 
 		 334 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  30.13 
 
 		 318 aa  119  6e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1502  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.44 
 
 		 401 aa  119  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0256757  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  31.94 
 
 		 324 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0195  inner-membrane translocator  33 
 
 		 337 aa  119  7e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  32.85 
 
 		 337 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  29.18 
 
 		 329 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1046  inner-membrane translocator  29.46 
 
 		 352 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4820  inner-membrane translocator  31.94 
 
 		 337 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.629332  normal  0.423145 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  29.63 
 
 		 342 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0950  inner-membrane translocator  30.59 
 
 		 377 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2618  putative membrane protein of urea ABC transport system  30.87 
 
 		 382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0303421  normal  0.395432 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  31.61 
 
 		 324 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5097  inner-membrane translocator  30.63 
 
 		 330 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282354  normal  0.971195 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4363  inner-membrane translocator  29.22 
 
 		 372 aa  117  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.283933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0364  inner-membrane translocator  32.39 
 
 		 327 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  28.01 
 
 		 328 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1662  inner-membrane translocator  30.2 
 
 		 637 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  30.36 
 
 		 333 aa  116  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0792  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 335 aa  115  6.9999999999999995e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.756221 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 311 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  32.17 
 
 		 328 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0115  inner-membrane translocator  27.88 
 
 		 325 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>