More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1841 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 206 aa  417  1e-116  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  70.39 
 
 		 205 aa  297  8e-80  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2880  ribosomal protein S4  68.45 
 
 		 205 aa  291  3e-78  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  54.72 
 
 		 206 aa  216  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  50.47 
 
 		 208 aa  216  2.9999999999999998e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  50.49 
 
 		 203 aa  214  9.999999999999999e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0094  30S ribosomal protein S4  51.9 
 
 		 208 aa  213  1.9999999999999998e-54  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0810213  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  51.43 
 
 		 208 aa  213  1.9999999999999998e-54  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 208 aa  212  2.9999999999999995e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1156  ribosomal protein S4  48.58 
 
 		 208 aa  211  4.9999999999999996e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000923588  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1766  30S ribosomal protein S4  51.43 
 
 		 208 aa  210  1e-53  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.534162  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1947  30S ribosomal protein S4  50.95 
 
 		 208 aa  209  2e-53  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.134861  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1581  30S ribosomal protein S4  50.95 
 
 		 208 aa  209  2e-53  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  48.54 
 
 		 203 aa  209  3e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 203 aa  208  5e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  51.43 
 
 		 208 aa  207  7e-53  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  50.95 
 
 		 208 aa  207  1e-52  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  52.4 
 
 		 206 aa  206  2e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 203 aa  206  2e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  50.47 
 
 		 208 aa  205  3e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  48.54 
 
 		 203 aa  205  5e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  52.4 
 
 		 200 aa  205  5e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 203 aa  204  6e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 208 aa  204  8e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 208 aa  203  2e-51  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  48.54 
 
 		 203 aa  203  2e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  52.88 
 
 		 200 aa  201  4e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  54.37 
 
 		 200 aa  201  5e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  54.37 
 
 		 200 aa  201  5e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  48.36 
 
 		 209 aa  201  7e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  48.36 
 
 		 209 aa  201  7e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  48.58 
 
 		 208 aa  201  8e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  49.53 
 
 		 209 aa  200  9.999999999999999e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  47.64 
 
 		 208 aa  200  9.999999999999999e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  48.57 
 
 		 208 aa  200  9.999999999999999e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1254  SSU ribosomal protein S4P  47.17 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119667  normal  0.172003 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  50.47 
 
 		 208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  48.58 
 
 		 208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  50.47 
 
 		 208 aa  199  3e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  48.11 
 
 		 208 aa  198  5e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  51.44 
 
 		 206 aa  198  5e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  48.11 
 
 		 208 aa  197  6e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  47.17 
 
 		 208 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1159  ribosomal protein S4  49.52 
 
 		 206 aa  197  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000286157  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  48.11 
 
 		 208 aa  196  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4000  ribosomal protein S4  50 
 
 		 206 aa  197  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00226649  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0264  30S ribosomal protein S4  53.14 
 
 		 204 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  47.64 
 
 		 208 aa  196  3e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  47.64 
 
 		 208 aa  195  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  48.83 
 
 		 209 aa  196  3e-49  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000499385  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  47.64 
 
 		 208 aa  195  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  47.64 
 
 		 208 aa  195  3e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 		 206 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  51.2 
 
 		 206 aa  195  4.0000000000000005e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  48.11 
 
 		 208 aa  194  5.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  48.11 
 
 		 208 aa  194  6e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 206 aa  194  7e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.77 
 
 		 211 aa  193  1e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  48.58 
 
 		 208 aa  194  1e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  48.54 
 
 		 200 aa  192  2e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 200 aa  192  3e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2150  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 		 206 aa  191  6e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000017924  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0222  SSU ribosomal protein S4P  50 
 
 		 209 aa  191  6e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  46.7 
 
 		 208 aa  191  7e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1284  30S ribosomal protein S4  51.46 
 
 		 200 aa  191  7e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000240031  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0292  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 207 aa  191  7e-48  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000188387  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4939  ribosomal protein S4  49.29 
 
 		 211 aa  191  8e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00864494  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4252  ribosomal protein S4  48.33 
 
 		 206 aa  190  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000019621  unclonable  0.00000000000276102 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2686  30S ribosomal protein S4  47.17 
 
 		 206 aa  190  1e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0343  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 206 aa  190  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0236416  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0449  30S ribosomal protein S4  49.07 
 
 		 208 aa  189  2e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0010581  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001718  SSU ribosomal protein S4p (S9e)  49.28 
 
 		 206 aa  189  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000581298  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0685  30S ribosomal protein S4  46.23 
 
 		 208 aa  189  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00753  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 206 aa  189  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2232  30S ribosomal protein S4  47.17 
 
 		 208 aa  189  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0017217  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2145  ribosomal protein S4  48.34 
 
 		 206 aa  189  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.592371 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2371  30S ribosomal protein S4  46.7 
 
 		 206 aa  190  2e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.210121  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0732  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.17 
 
 		 208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00130119  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  47.62 
 
 		 208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0834  ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 207 aa  189  2.9999999999999997e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  48.33 
 
 		 206 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  45.75 
 
 		 208 aa  189  4e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  47.83 
 
 		 201 aa  188  4e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  46.67 
 
 		 208 aa  187  8e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0194  30S ribosomal protein S4  47.85 
 
 		 206 aa  187  9e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127646  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1394  SSU ribosomal protein S4P  50.72 
 
 		 262 aa  187  9e-47  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00631065  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  48.54 
 
 		 200 aa  187  1e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  46.23 
 
 		 209 aa  187  1e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0727  30S ribosomal protein S4  46.48 
 
 		 209 aa  186  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 206 aa  186  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 206 aa  186  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0507  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 206 aa  185  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0166592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0344  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 207 aa  186  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.311272  decreased coverage  0.0000419462 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 206 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 206 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5046  30S ribosomal protein S4  48.08 
 
 		 207 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0372  30S ribosomal protein S4  47.57 
 
 		 201 aa  185  4e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4485  30S ribosomal protein S4  48.54 
 
 		 200 aa  185  4e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.644744  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0172  30S ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 206 aa  185  4e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000508668  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>