More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0657 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0657  periplasmic binding protein  100 
 
 		 245 aa  464  9.999999999999999e-131  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.713656  normal  0.916099 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  51.2 
 
 		 261 aa  225  5.0000000000000005e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  48.02 
 
 		 270 aa  215  5.9999999999999996e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2879  periplasmic binding protein  35.68 
 
 		 270 aa  152  7e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  38.19 
 
 		 269 aa  148  6e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  25.48 
 
 		 295 aa  97.1  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  25.48 
 
 		 295 aa  97.1  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4146  periplasmic binding protein  36.92 
 
 		 288 aa  90.5  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0746656  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  28.29 
 
 		 318 aa  89.7  4e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  25.49 
 
 		 318 aa  89  6e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  23.94 
 
 		 295 aa  87.8  1e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4030  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  35.05 
 
 		 288 aa  87  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0135159  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  24.8 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  26.95 
 
 		 318 aa  82.4  0.000000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4172  periplasmic binding protein  35.32 
 
 		 288 aa  82  0.000000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0319081  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2656  periplasmic binding protein  30.23 
 
 		 269 aa  81.6  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  24.62 
 
 		 338 aa  80.9  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  30.04 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  25.38 
 
 		 337 aa  80.5  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  25.6 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  30.77 
 
 		 263 aa  78.2  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  24.71 
 
 		 338 aa  77  0.0000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  24.71 
 
 		 338 aa  77  0.0000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0114  periplasmic binding protein  27.69 
 
 		 271 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  28.85 
 
 		 328 aa  77.4  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  23.23 
 
 		 275 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  28.06 
 
 		 354 aa  75.9  0.0000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 351 aa  75.5  0.0000000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  26.13 
 
 		 315 aa  74.3  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  23.98 
 
 		 331 aa  74.3  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  23.71 
 
 		 331 aa  73.6  0.000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  28.63 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  22.71 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  25.13 
 
 		 315 aa  72  0.000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  23.29 
 
 		 322 aa  71.6  0.00000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  32.28 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  28.28 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0602  iron/cobalamin ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.74 
 
 		 258 aa  70.1  0.00000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.8 
 
 		 287 aa  69.7  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  28.91 
 
 		 307 aa  69.7  0.00000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  24.32 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  35.47 
 
 		 318 aa  69.3  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  25.3 
 
 		 284 aa  69.3  0.00000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1960  periplasmic binding protein  28.22 
 
 		 255 aa  69.3  0.00000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.137759  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  30.74 
 
 		 311 aa  68.6  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  27.49 
 
 		 332 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  28.37 
 
 		 321 aa  67  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  24.23 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1145  periplasmic binding protein  31.31 
 
 		 258 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.676996  normal  0.936441 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.49 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2011  periplasmic binding protein  32.41 
 
 		 269 aa  66.2  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0162028  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  26.12 
 
 		 305 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  27.49 
 
 		 310 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.49 
 
 		 310 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  23.14 
 
 		 341 aa  65.9  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.49 
 
 		 310 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.49 
 
 		 310 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  24.88 
 
 		 363 aa  65.9  0.0000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  26.23 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  26.23 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  31.97 
 
 		 304 aa  65.5  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2313  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 305 aa  65.5  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  24.03 
 
 		 300 aa  65.5  0.0000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  24.71 
 
 		 313 aa  65.5  0.0000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.09 
 
 		 310 aa  65.1  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  22.53 
 
 		 294 aa  64.7  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1178  vitamin B12-transporter protein BtuF  23.51 
 
 		 275 aa  64.7  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  31.97 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  24.22 
 
 		 293 aa  65.1  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0904  putative substrate-binding protein  28.7 
 
 		 269 aa  64.7  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.543465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3326  vitamin B12-transporter protein BtuF  21.58 
 
 		 280 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0990  vitamin B12-transporter protein BtuF  21.58 
 
 		 280 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.224128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  28.29 
 
 		 282 aa  64.3  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1533  hypothetical protein  28.03 
 
 		 350 aa  64.3  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2895  periplasmic binding protein  30.56 
 
 		 264 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0859081 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  29.88 
 
 		 289 aa  64.3  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  30.37 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1134  periplasmic binding protein  26.94 
 
 		 246 aa  64.3  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0216627  normal  0.720835 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  27.59 
 
 		 356 aa  63.5  0.000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3494  periplasmic binding protein  27.04 
 
 		 317 aa  63.5  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2366  periplasmic binding protein  26.39 
 
 		 283 aa  63.5  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3455  vitamin B12-transporter protein BtuF  21.58 
 
 		 280 aa  63.5  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2652  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  27.45 
 
 		 270 aa  63.2  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1852  periplasmic binding protein  26.04 
 
 		 309 aa  63.2  0.000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.416782  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0786  vitamin B12-transporter protein BtuF  22.45 
 
 		 268 aa  63.2  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2668  periplasmic binding protein  30.37 
 
 		 264 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  30.81 
 
 		 303 aa  62.8  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2214  periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  24.42 
 
 		 318 aa  62.4  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  24.51 
 
 		 305 aa  62.4  0.000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1322  periplasmic binding protein  29.96 
 
 		 297 aa  62  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.689282  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2623  periplasmic binding protein  25 
 
 		 292 aa  62  0.000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4715  periplasmic binding protein  29.44 
 
 		 264 aa  62  0.000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  27.56 
 
 		 311 aa  62  0.000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  28.69 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1056  hypothetical protein  27.27 
 
 		 265 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  24.5 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0698  vitamin B12-transporter protein BtuF  22.63 
 
 		 265 aa  61.6  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0278  periplasmic binding protein  28.82 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.10405  normal  0.0273457 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  29.8 
 
 		 313 aa  61.2  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>