274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4337 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_4337  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
396 aa  812    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.660905 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6186  cryptochrome, DASH family  41.95 
 
 
487 aa  328  1.0000000000000001e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0700  cryptochrome, DASH family  35.57 
 
 
488 aa  275  9e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0343  cryptochrome, DASH family  35.91 
 
 
488 aa  273  5.000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0729  cryptochrome, DASH family  35.57 
 
 
488 aa  272  8.000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.264496  normal  0.107921 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4538  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.59 
 
 
498 aa  263  3e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0705059 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3718  cryptochrome, DASH family  35.48 
 
 
430 aa  262  6e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1053  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.16 
 
 
434 aa  249  8e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.632798 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2235  cryptochrome, DASH family  32.6 
 
 
483 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.14399  normal  0.570848 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2595  cryptochrome, DASH family  31.31 
 
 
478 aa  220  3.9999999999999997e-56  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0775599  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29275  predicted protein  30.43 
 
 
551 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07806  probable bacterial cryptochrome  29.04 
 
 
421 aa  178  1e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0320  DNA photolyase FAD-binding subunit  30.15 
 
 
440 aa  172  7.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1411  cryptochrome, DASH family  28.57 
 
 
447 aa  170  4e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1548  DNA photolyase FAD-binding subunit  28.33 
 
 
448 aa  162  9e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  0.384798 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0152  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.12 
 
 
445 aa  157  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5903  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.85 
 
 
436 aa  148  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34592  cry-dash from the cryptochrome/photolyase family  25.28 
 
 
610 aa  147  3e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1410  RNA-binding cryptochrome Cry1  26.14 
 
 
461 aa  147  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.78 
 
 
479 aa  144  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000796  deoxyribodipyrimidine photolyase single-strand-specific  27.56 
 
 
444 aa  142  7e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3953  cryptochrome, DASH family  29.65 
 
 
515 aa  143  7e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0336  cryptochrome DASH  28.15 
 
 
441 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1613  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.22 
 
 
425 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.68 
 
 
442 aa  139  7.999999999999999e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03091  putative DNA photolyase  27.05 
 
 
478 aa  137  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.97 
 
 
467 aa  137  4e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03081  putative DNA photolyase  26.83 
 
 
477 aa  135  9e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.65 
 
 
462 aa  134  1.9999999999999998e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0534  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.34 
 
 
419 aa  133  5e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0776453  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06693  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.15 
 
 
460 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.49 
 
 
452 aa  131  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.02 
 
 
487 aa  127  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.45 
 
 
475 aa  125  9e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.81 
 
 
481 aa  125  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.81 
 
 
434 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  26.3 
 
 
433 aa  125  2e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.4 
 
 
474 aa  124  3e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  27.12 
 
 
434 aa  123  7e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.34 
 
 
481 aa  122  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0287  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.03 
 
 
478 aa  122  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.62 
 
 
491 aa  122  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03651  putative DNA photolyase  26.65 
 
 
504 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305782  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.1 
 
 
481 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.78 
 
 
483 aa  120  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.23 
 
 
504 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0439  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.18 
 
 
435 aa  118  9.999999999999999e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03181  putative DNA photolyase  25.96 
 
 
478 aa  119  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0239  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.97 
 
 
477 aa  117  3e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.52668  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.54 
 
 
477 aa  117  3.9999999999999997e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.19 
 
 
499 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.69 
 
 
492 aa  116  6e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.94 
 
 
482 aa  116  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.28 
 
 
490 aa  116  6e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.85 
 
 
499 aa  116  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.75 
 
 
438 aa  116  6.9999999999999995e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.4 
 
 
478 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  25.69 
 
 
471 aa  115  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.27 
 
 
484 aa  115  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1651  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.59 
 
 
493 aa  114  3e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.309463  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.88 
 
 
518 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0276  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.41 
 
 
431 aa  113  5e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  25.44 
 
 
471 aa  112  8.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.67 
 
 
487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.11 
 
 
486 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.94 
 
 
431 aa  111  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.2 
 
 
518 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.6 
 
 
483 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.7 
 
 
499 aa  111  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.3 
 
 
434 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.25 
 
 
501 aa  111  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.32 
 
 
484 aa  111  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.14 
 
 
476 aa  111  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.37 
 
 
487 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.73 
 
 
476 aa  110  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  27.49 
 
 
474 aa  110  5e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.76 
 
 
479 aa  109  7.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.4 
 
 
475 aa  109  7.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.27 
 
 
497 aa  108  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.5 
 
 
468 aa  108  1e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.54 
 
 
483 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.38 
 
 
470 aa  108  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.11 
 
 
475 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0288  DNA photolyase FAD-binding  24.63 
 
 
465 aa  108  2e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.155544  normal  0.119697 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.37 
 
 
471 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1383  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.19 
 
 
436 aa  107  4e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0135788  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.87 
 
 
471 aa  106  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.41 
 
 
481 aa  106  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.03 
 
 
470 aa  106  6e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.74 
 
 
476 aa  106  6e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25 
 
 
474 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.85 
 
 
478 aa  105  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  25.62 
 
 
469 aa  105  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.14 
 
 
483 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.2 
 
 
486 aa  105  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_27429  cryptochrome photolyase family 1  24.83 
 
 
550 aa  104  3e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0475276  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31489  predicted protein  25.55 
 
 
562 aa  103  7e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0512006 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.52 
 
 
473 aa  102  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.93 
 
 
511 aa  102  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.32 
 
 
466 aa  102  1e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>