More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0545 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 		 168 aa  348  2e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.84 
 
 		 195 aa  128  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 177 aa  123  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.7 
 
 		 192 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35 
 
 		 203 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  37.11 
 
 		 203 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.96 
 
 		 193 aa  117  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.12 
 
 		 186 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.83 
 
 		 205 aa  111  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  30.84 
 
 		 219 aa  107  6e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.78 
 
 		 219 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.19 
 
 		 217 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.37 
 
 		 201 aa  104  6e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.07 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.37 
 
 		 204 aa  102  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.58 
 
 		 217 aa  101  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.9 
 
 		 197 aa  101  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.88 
 
 		 188 aa  100  8e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.84 
 
 		 206 aa  99.8  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  33.33 
 
 		 176 aa  94.4  7e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  29.06 
 
 		 239 aa  93.2  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4786  putative cold-shock protein, DNA-binding  46.75 
 
 		 104 aa  84  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.548437  normal  0.675436 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  45.88 
 
 		 204 aa  74.7  0.0000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.58 
 
 		 237 aa  73.2  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0693  hypothetical protein  61.36 
 
 		 143 aa  72.8  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1043  hypothetical protein  59.09 
 
 		 156 aa  70.9  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0355222  normal  0.453598 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06258  integral membrane protein  51.72 
 
 		 60 aa  67.4  0.00000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0533489  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01099  integral membrane protein  51.72 
 
 		 60 aa  67.4  0.00000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0894512  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3443  cold-shock protein, DNA-binding:protein of unknown function DUF1294  41.05 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  37.39 
 
 		 204 aa  65.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  32.32 
 
 		 207 aa  65.1  0.0000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4616  hypothetical protein  45.65 
 
 		 231 aa  63.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.825297 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  36.26 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  40.57 
 
 		 203 aa  62.8  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3086  cold shock protein  46.88 
 
 		 67 aa  62.4  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1841  Excalibur domain protein  33.72 
 
 		 102 aa  62  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5163  cold-shock DNA-binding domain protein  51.61 
 
 		 67 aa  62.4  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160929  normal  0.551155 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  44.3 
 
 		 204 aa  61.6  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 		 67 aa  61.2  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  48.15 
 
 		 225 aa  59.3  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01686  cold shock domain protein  50 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.711044  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5433  cold-shock DNA-binding domain protein  48.39 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0949203  hitchhiker  0.00613475 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2874  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.82 
 
 		 68 aa  58.9  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.33 
 
 		 224 aa  57  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1911  hypothetical protein  33.33 
 
 		 87 aa  55.8  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357462  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  53.33 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5567  cold shock protein  44.78 
 
 		 70 aa  56.6  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197261  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2208  cold-shock DNA-binding domain protein  44.12 
 
 		 70 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  34.02 
 
 		 240 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2503  cold-shock DNA-binding domain protein  44.12 
 
 		 70 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.731962 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0396  hypothetical protein  45.1 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.713289  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.71 
 
 		 203 aa  54.7  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  37.18 
 
 		 209 aa  54.3  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2336  hypothetical protein  42.86 
 
 		 111 aa  54.3  0.0000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.900928  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  37.18 
 
 		 211 aa  54.3  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 201 aa  53.1  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  45 
 
 		 225 aa  52.8  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  51.02 
 
 		 214 aa  53.1  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3705  Excalibur domain-containing protein  32.58 
 
 		 97 aa  53.1  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3072  cold-shock protein, DNA-binding  23.16 
 
 		 197 aa  52  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1947  Cold-shock protein DNA-binding  43.94 
 
 		 68 aa  51.6  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711231  hitchhiker  0.00117492 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1892  cold-shock DNA-binding domain protein  46.03 
 
 		 67 aa  51.6  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 		 67 aa  51.2  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  42.11 
 
 		 311 aa  51.6  0.000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1765  cold shock DNA-binding protein  43.08 
 
 		 71 aa  51.2  0.000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0225255  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  43.08 
 
 		 69 aa  51.2  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  43.08 
 
 		 69 aa  51.2  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  43.08 
 
 		 69 aa  51.2  0.000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  43.08 
 
 		 69 aa  51.2  0.000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  43.08 
 
 		 69 aa  51.2  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  43.08 
 
 		 69 aa  51.2  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  42.42 
 
 		 69 aa  50.8  0.000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01793  stress protein, member of the CspA-family  43.08 
 
 		 69 aa  50.8  0.000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000145825  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  43.08 
 
 		 69 aa  50.8  0.000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000376643  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1977  cold shock-like protein CspC  43.08 
 
 		 69 aa  50.8  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000786929  normal  0.190727 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1365  cold shock-like protein CspC  43.08 
 
 		 69 aa  50.8  0.000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000234098  normal  0.0150165 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1593  nuclease-like protein  48.98 
 
 		 196 aa  50.8  0.000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1981  cold shock-like protein CspC  43.08 
 
 		 69 aa  50.8  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000173649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1913  cold shock-like protein CspC  43.08 
 
 		 69 aa  50.8  0.000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000658  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  39.71 
 
 		 69 aa  50.8  0.000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 		 67 aa  50.8  0.000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2554  cold shock-like protein CspC  43.08 
 
 		 69 aa  50.8  0.000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1478  cold shock-like protein CspC  43.08 
 
 		 69 aa  50.8  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000112944  normal  0.636634 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2038  cold shock-like protein CspC  43.08 
 
 		 69 aa  50.8  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  39.71 
 
 		 69 aa  50.8  0.000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1294  cold shock-like protein CspC  43.08 
 
 		 69 aa  50.8  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000632959  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2051  cold shock-like protein CspC  43.08 
 
 		 69 aa  50.8  0.000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000465967  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2089  cold shock-like protein CspC  43.08 
 
 		 69 aa  50.8  0.000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.57783e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2393  cold shock-like protein CspC  43.08 
 
 		 69 aa  50.8  0.000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01781  hypothetical protein  43.08 
 
 		 69 aa  50.8  0.000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000220518  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 		 69 aa  50.4  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2086  cold-shock DNA-binding domain protein  43.08 
 
 		 71 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000534295  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 69 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  41.54 
 
 		 69 aa  50.4  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 70 aa  50.1  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  41.54 
 
 		 69 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  41.54 
 
 		 69 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.16 
 
 		 67 aa  50.4  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  41.54 
 
 		 69 aa  50.1  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>