More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2832 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2832  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 127 aa  267  2.9999999999999997e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0139724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2428  transcriptional regulator, AraC family  47.93 
 
 		 151 aa  137  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.26584  normal  0.428085 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 313 aa  73.2  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  30.97 
 
 		 308 aa  72  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  36.11 
 
 		 307 aa  65.5  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4362  helix-turn-helix domain-containing protein  33.63 
 
 		 289 aa  65.5  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.272956  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  33.93 
 
 		 290 aa  65.1  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  39.76 
 
 		 290 aa  65.5  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 293 aa  64.3  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  35.64 
 
 		 250 aa  64.3  0.0000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  31.67 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 314 aa  61.6  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  42.53 
 
 		 530 aa  60.8  0.000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 289 aa  60.8  0.000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 289 aa  60.5  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 309 aa  58.9  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  28.07 
 
 		 288 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 360 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 299 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  28.07 
 
 		 288 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 295 aa  58.2  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3034  two component AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 556 aa  58.2  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00618221  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 353 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 292 aa  58.2  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  33.71 
 
 		 305 aa  57.8  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 		 302 aa  57.8  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 274 aa  57.8  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0328  transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 323 aa  57.8  0.00000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 360 aa  57  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 309 aa  57  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3551  helix-turn-helix domain-containing protein  33.04 
 
 		 231 aa  57  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.427792  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  31.62 
 
 		 303 aa  56.6  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2448  AraC family transcription regulator  34.78 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  30.36 
 
 		 294 aa  55.8  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  41.89 
 
 		 285 aa  55.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3115  helix-turn-helix domain-containing protein  36.59 
 
 		 412 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  30.33 
 
 		 297 aa  55.1  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 289 aa  55.5  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0374  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 336 aa  55.5  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  54.35 
 
 		 357 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5492  AraC family transcriptional regulator  54.35 
 
 		 360 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 309 aa  54.7  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 283 aa  54.3  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  29.06 
 
 		 299 aa  54.3  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 293 aa  54.3  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 292 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 305 aa  54.3  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3025  helix-turn-helix domain-containing protein  37.65 
 
 		 282 aa  54.3  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3895  transcriptional regulator, AraC family  38.27 
 
 		 105 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  34.09 
 
 		 296 aa  53.9  0.0000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  30.48 
 
 		 537 aa  53.9  0.0000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 307 aa  53.9  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6410  transcriptional regulator, AraC family  30.17 
 
 		 279 aa  53.9  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 299 aa  53.9  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1732  transcriptional regulator, AraC family  25.41 
 
 		 308 aa  53.9  0.0000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.606216 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1103  helix-turn-helix domain-containing protein  31.63 
 
 		 298 aa  53.5  0.0000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.403298  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 265 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 293 aa  53.5  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 356 aa  53.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0029  DNA-binding transcriptional regulator AraC  34.43 
 
 		 242 aa  52.8  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.773429  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 365 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 289 aa  53.5  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  36.71 
 
 		 293 aa  52.8  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  35.63 
 
 		 306 aa  52.8  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2036  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 105 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  30.49 
 
 		 305 aa  52.8  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.71 
 
 		 311 aa  52.4  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 		 355 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 319 aa  52.4  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 		 356 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  29.66 
 
 		 314 aa  52.4  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0182  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 326 aa  52.8  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0556726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 		 299 aa  52  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3979  two component transcriptional regulator, AraC family  31.46 
 
 		 348 aa  52  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1416  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 276 aa  52  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.813304  normal  0.204601 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 278 aa  52  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 		 295 aa  52  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  27.97 
 
 		 292 aa  52  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  31.86 
 
 		 315 aa  52  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  36.99 
 
 		 283 aa  52  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 292 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3907  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 120 aa  52  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24 
 
 		 281 aa  51.2  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 202 aa  51.6  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2535  transcriptional regulator, AraC family  34.94 
 
 		 408 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3327  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 146 aa  51.2  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000116444  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2788  transcriptional regulator, AraC family  34.94 
 
 		 408 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435011  hitchhiker  0.0000000035636 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 259 aa  51.6  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 430 aa  51.2  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 		 303 aa  51.2  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0111  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24 
 
 		 281 aa  51.2  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.311813 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0110  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24 
 
 		 281 aa  51.2  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.234129 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24 
 
 		 281 aa  51.2  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.839696  normal  0.0929131 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 502 aa  51.2  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  35.79 
 
 		 273 aa  51.2  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  33.77 
 
 		 296 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0108  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24 
 
 		 281 aa  51.2  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 290 aa  51.2  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 		 519 aa  50.8  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>