More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0315 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_0315  Polyprenyl synthetase  100 
 
 		 332 aa  681    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0384  polyprenyl synthetase  79.52 
 
 		 332 aa  552  1e-156  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.671664  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1765  geranyltranstransferase  77.27 
 
 		 330 aa  536  1e-151  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.281488 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0383  Polyprenyl synthetase  75.3 
 
 		 337 aa  528  1e-149  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.955565  normal  0.0650374 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0416  Polyprenyl synthetase  72.89 
 
 		 332 aa  525  1e-148  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0642376 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0413  Polyprenyl synthetase  75.91 
 
 		 337 aa  522  1e-147  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1446  isoprenyl synthetase  74.77 
 
 		 331 aa  517  1.0000000000000001e-145  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  41.45 
 
 		 321 aa  233  3e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0461  geranyltranstransferase (farnesyl-diphosphate synthase)  36.45 
 
 		 325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.215839  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  38.61 
 
 		 324 aa  216  4e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  40.35 
 
 		 324 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  38.28 
 
 		 324 aa  213  4.9999999999999996e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5744  Dimethylallyltranstransferase  37.33 
 
 		 323 aa  202  6e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1235  Polyprenyl synthetase  37.85 
 
 		 330 aa  199  6e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3672  Polyprenyl synthetase  36.75 
 
 		 323 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00904172  normal  0.171557 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  36.33 
 
 		 317 aa  195  8.000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  37 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  36.54 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0472  farnesyltranstransferase  35.08 
 
 		 327 aa  191  2e-47  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0424008  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  33.89 
 
 		 322 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  35.42 
 
 		 327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  35.56 
 
 		 325 aa  182  9.000000000000001e-45  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  32.23 
 
 		 321 aa  182  9.000000000000001e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1628  Polyprenyl synthetase  37.82 
 
 		 322 aa  179  4.999999999999999e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.310703 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  32.81 
 
 		 326 aa  179  4.999999999999999e-44  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  34.11 
 
 		 320 aa  179  7e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0685  GCN5-related N-acetyltransferase  37.54 
 
 		 322 aa  179  7e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.27357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2886  farnesyltranstransferase  34.97 
 
 		 320 aa  179  8e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.435226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2048  Polyprenyl synthetase  33.15 
 
 		 348 aa  179  8e-44  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.225827  normal  0.179552 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  37.2 
 
 		 317 aa  177  3e-43  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2209  farnesyltranstransferase  42.38 
 
 		 325 aa  176  4e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1816  geranyltranstransferase  35.22 
 
 		 321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.204305  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2538  Dimethylallyltranstransferase  33.43 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2372  Polyprenyl synthetase  36.98 
 
 		 320 aa  170  3e-41  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.550389  normal  0.440356 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2049  Polyprenyl synthetase  33.81 
 
 		 346 aa  169  7e-41  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.000493992  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0443  Dimethylallyltranstransferase  32.27 
 
 		 349 aa  167  2.9999999999999998e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.843643  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2608  Polyprenyl synthetase  32.95 
 
 		 344 aa  166  5e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.879675  normal  0.754762 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0378  farnesyltranstransferase  36.88 
 
 		 349 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.5471  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0406  Polyprenyl synthetase  36.88 
 
 		 349 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.772266  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  31.31 
 
 		 322 aa  157  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4194  polyprenyl synthetase  36.21 
 
 		 349 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0407  Polyprenyl synthetase  36.54 
 
 		 349 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2027  trans-hexaprenyltranstransferase  31.49 
 
 		 331 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1188  Polyprenyl synthetase  29.09 
 
 		 324 aa  154  2.9999999999999998e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000116702  normal  0.535135 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0963  polyprenyl synthetase  29.45 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.728777  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03300  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  34.01 
 
 		 337 aa  151  1e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  31.96 
 
 		 323 aa  151  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3215  Polyprenyl synthetase  33.67 
 
 		 334 aa  150  3e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.119356 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6668  Polyprenyl synthetase  32.76 
 
 		 333 aa  149  5e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0534  trans-hexaprenyltranstransferase  30.93 
 
 		 334 aa  149  6e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  31.96 
 
 		 323 aa  149  6e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  32.46 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1454  Polyprenyl synthetase  30.69 
 
 		 324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.322683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1219  trans-hexaprenyltranstransferase  29.07 
 
 		 324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.581853 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  29.66 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1534  Polyprenyl synthetase  29.21 
 
 		 324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  31.49 
 
 		 337 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  30.8 
 
 		 322 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  32.07 
 
 		 323 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  30.45 
 
 		 323 aa  145  9e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  30.45 
 
 		 323 aa  145  9e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  30.45 
 
 		 323 aa  145  9e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  30.45 
 
 		 323 aa  145  9e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  30.45 
 
 		 323 aa  145  9e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  30.45 
 
 		 323 aa  145  9e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  30.45 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  30.8 
 
 		 370 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  36.61 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  30.8 
 
 		 370 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  30.8 
 
 		 370 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  30.45 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2149  heptaprenyl diphosphate synthase component II  30.38 
 
 		 320 aa  145  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000900813  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  30.45 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  30.8 
 
 		 370 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  30.8 
 
 		 370 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1264  Polyprenyl synthetase  37.7 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  34.88 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0156  Polyprenyl synthetase  35.55 
 
 		 309 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  29.43 
 
 		 333 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0152  Polyprenyl synthetase  35.55 
 
 		 309 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00117274  hitchhiker  0.00332618 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0606  geranyltranstransferase  32.9 
 
 		 337 aa  144  3e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3973  octaprenyl diphosphate synthase  30 
 
 		 323 aa  144  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000694297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  30.1 
 
 		 323 aa  143  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  32.23 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1286  polyprenyl synthetase  35.29 
 
 		 338 aa  143  4e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.916051  normal  0.252037 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3758  octaprenyl diphosphate synthase  30 
 
 		 323 aa  143  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000253501  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3613  octaprenyl diphosphate synthase  30 
 
 		 323 aa  143  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000738852  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0281  trans-hexaprenyltranstransferase  30.34 
 
 		 349 aa  143  5e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0988  trans-hexaprenyltranstransferase  28.03 
 
 		 324 aa  143  5e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.955039  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3481  octaprenyl diphosphate synthase  30.58 
 
 		 323 aa  142  6e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  31.49 
 
 		 333 aa  142  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  31.49 
 
 		 333 aa  142  7e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  32.69 
 
 		 322 aa  142  7e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  35.66 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  37.14 
 
 		 295 aa  142  9e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  29.76 
 
 		 323 aa  142  9e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  37.76 
 
 		 295 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  31.14 
 
 		 323 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  35.66 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0533  polyprenyl synthetase  34.46 
 
 		 338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.506738 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>