More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_2301 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  100 
 
 		 324 aa  671    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  59.44 
 
 		 326 aa  418  1e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  53.85 
 
 		 327 aa  369  1e-101  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  54.72 
 
 		 322 aa  370  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  50.77 
 
 		 326 aa  342  5e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  51.55 
 
 		 321 aa  334  1e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  48.92 
 
 		 326 aa  326  3e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  47.69 
 
 		 327 aa  325  5e-88  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  46.25 
 
 		 325 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  44.06 
 
 		 326 aa  300  2e-80  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.87 
 
 		 323 aa  278  1e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  41.98 
 
 		 326 aa  274  1.0000000000000001e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.84 
 
 		 293 aa  266  4e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  46.3 
 
 		 332 aa  242  7e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.38 
 
 		 324 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  42.21 
 
 		 324 aa  233  3e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  38.16 
 
 		 339 aa  232  6e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 324 aa  216  4e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  35.74 
 
 		 320 aa  209  4e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  33.55 
 
 		 329 aa  206  4e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 330 aa  202  5e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  32.09 
 
 		 325 aa  196  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  32.9 
 
 		 331 aa  192  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  38.11 
 
 		 330 aa  186  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  33.54 
 
 		 340 aa  186  6e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 332 aa  185  8e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  34.03 
 
 		 334 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 334 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  33.71 
 
 		 336 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 348 aa  180  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 326 aa  179  4.999999999999999e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  29.81 
 
 		 361 aa  177  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  33.22 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  35.18 
 
 		 331 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  35.18 
 
 		 336 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  31.55 
 
 		 345 aa  175  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  31.71 
 
 		 335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  29.66 
 
 		 347 aa  172  5.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 341 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 285 aa  170  3e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  29.19 
 
 		 330 aa  169  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 343 aa  169  7e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 333 aa  168  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  29.39 
 
 		 347 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  33.6 
 
 		 344 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  31.23 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  28.83 
 
 		 347 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  29.09 
 
 		 347 aa  165  8e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  34.01 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  34.07 
 
 		 331 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  32.67 
 
 		 320 aa  160  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 335 aa  160  4e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 329 aa  159  5e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  31.3 
 
 		 332 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  32.67 
 
 		 336 aa  159  6e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 316 aa  159  7e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 342 aa  155  8e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 		 327 aa  155  9e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 351 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  27.48 
 
 		 360 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 331 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1615  transcriptional regulator  26.77 
 
 		 333 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2808  transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 		 330 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.627946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5155  AraC family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 348 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.976904 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5245  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 328 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.608948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  28.48 
 
 		 313 aa  150  4e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 328 aa  150  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  25.93 
 
 		 338 aa  149  5e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 		 338 aa  149  6e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 344 aa  149  8e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  31.6 
 
 		 320 aa  149  8e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  32.75 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0323  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3465  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  27.41 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 		 344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0621  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 		 344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.627949  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2399  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 		 344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 		 344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 		 344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  27.36 
 
 		 345 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1848  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 338 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172735  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1956  transcriptional regulator  27.91 
 
 		 316 aa  145  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 324 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 324 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1844  transcriptional regulator, AraC family  27.3 
 
 		 326 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 321 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 324 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 330 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 336 aa  144  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>