149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0205 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_0205  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  100 
 
 
279 aa  581  1.0000000000000001e-165  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.392426  normal  0.667561 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.41 
 
 
274 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5684  epimerase  38.93 
 
 
276 aa  191  1e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.947481  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4472  epimerase  33.82 
 
 
280 aa  186  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.850637  normal  0.043776 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1936  hypothetical protein  35.82 
 
 
271 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.531813  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.93 
 
 
274 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000732935  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.82 
 
 
269 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000118125  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1572  hypothetical protein  37.04 
 
 
271 aa  181  9.000000000000001e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0351  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.82 
 
 
275 aa  177  1e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3614  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.82 
 
 
292 aa  177  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.445491 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2843  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.51 
 
 
271 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000192736 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1420  hypothetical protein  35.9 
 
 
262 aa  170  3e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.57 
 
 
274 aa  166  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.114854 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.33 
 
 
270 aa  159  6e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.97 
 
 
283 aa  158  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.286143  hitchhiker  0.00478642 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.37 
 
 
283 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00225756 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1572  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.01 
 
 
285 aa  157  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000072025 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.03 
 
 
271 aa  156  4e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00786287  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2226  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.66 
 
 
273 aa  154  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1692  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.29 
 
 
294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.66467  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0324  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0300599  normal  0.327055 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.85 
 
 
280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.367338  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2426  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.62 
 
 
275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3076  hypothetical protein  31.62 
 
 
275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.62 
 
 
275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.05 
 
 
287 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2861  hypothetical protein  30.8 
 
 
283 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1746  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32 
 
 
281 aa  145  6e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0430535  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2328  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.56 
 
 
273 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.408954  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2458  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.71 
 
 
268 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1946  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.94 
 
 
282 aa  143  4e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00148906 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2307  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.11 
 
 
274 aa  142  5e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.979357  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1216  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.11 
 
 
274 aa  142  5e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1708  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.32 
 
 
287 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.847272  hitchhiker  0.0000000181781 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.64 
 
 
285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.96 
 
 
287 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.108906  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.68 
 
 
286 aa  140  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00103969  hitchhiker  0.0000172083 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2755  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.96 
 
 
287 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000483985 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.87 
 
 
299 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.165792  unclonable  0.00000137233 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2630  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.37 
 
 
274 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.506818  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01919  predicted epimerase, with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  30.71 
 
 
274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.95106  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.71 
 
 
274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.07993  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2248  hypothetical protein  31.43 
 
 
274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.80212  normal  0.152174 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2950  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  30.71 
 
 
274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.305059  hitchhiker  0.000000000138327 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01905  hypothetical protein  30.71 
 
 
274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.856125  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2407  hypothetical protein  31.43 
 
 
274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.533814  normal  0.010402 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2297  protein YeeZ  31.43 
 
 
274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0636036 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2154  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  30.71 
 
 
274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2194  protein YeeZ  31.43 
 
 
274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1624  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.71 
 
 
274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.277787 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1043  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  30.71 
 
 
274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.176072 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2295  hypothetical protein  31.43 
 
 
274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0261923 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2361  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.8 
 
 
286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.412583  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1363  hypothetical protein  30.14 
 
 
276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4059  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.62 
 
 
283 aa  122  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.987315  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04745  hypothetical protein  30.37 
 
 
273 aa  117  9.999999999999999e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003834  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.88 
 
 
275 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3626  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.74 
 
 
267 aa  112  8.000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1301  hypothetical protein  29.35 
 
 
276 aa  107  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.47539  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01848  hypothetical protein  28.15 
 
 
286 aa  99.4  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2893  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.74 
 
 
274 aa  98.6  9e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000508224 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1973  hypothetical protein  28.26 
 
 
231 aa  90.5  3e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0904  hypothetical protein  27.78 
 
 
304 aa  87.4  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.06 
 
 
299 aa  83.6  0.000000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0547097  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.37 
 
 
297 aa  82.8  0.000000000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.861172  normal  0.107005 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.93 
 
 
302 aa  82  0.000000000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.17 
 
 
274 aa  82  0.00000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.82 
 
 
273 aa  80.5  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1096  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.36 
 
 
275 aa  77  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95945 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03633  hypothetical enzyme of sugar metabolism  25.81 
 
 
270 aa  76.3  0.0000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.03 
 
 
300 aa  74.3  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0985  hypothetical protein  27.46 
 
 
287 aa  72  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  hitchhiker  0.00443791  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2036  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.63 
 
 
279 aa  65.5  0.0000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0280  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28 
 
 
296 aa  63.9  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.288428  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1782  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  23.55 
 
 
280 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370358  normal  0.55049 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1755  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.54 
 
 
279 aa  63.5  0.000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.41 
 
 
302 aa  63.9  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.74 
 
 
281 aa  63.2  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.861168  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2775  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.33 
 
 
310 aa  62  0.000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.565393 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.13 
 
 
281 aa  60.8  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.83 
 
 
309 aa  61.2  0.00000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1503  hypothetical protein  23.9 
 
 
286 aa  60.1  0.00000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.623229  normal  0.868724 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.13 
 
 
292 aa  60.1  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.05 
 
 
290 aa  59.7  0.00000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0180719  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.26 
 
 
296 aa  58.9  0.00000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0403615 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1723  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.19 
 
 
298 aa  58.9  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3719  phosphate ABC transporter permease  25.22 
 
 
296 aa  57.4  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1936  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.46 
 
 
283 aa  56.6  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.86 
 
 
283 aa  55.8  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0902  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.78 
 
 
301 aa  55.8  0.0000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1441  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.02 
 
 
295 aa  55.5  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4318  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.53 
 
 
289 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6119  hypothetical protein  24.77 
 
 
283 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1336  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.64 
 
 
289 aa  54.3  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282172  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2562  putative oxidoreductase protein  25.19 
 
 
291 aa  53.9  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70550  hypothetical protein  24.32 
 
 
283 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.448663  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2278  hypothetical protein  27.62 
 
 
279 aa  51.6  0.00001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0339  hypothetical protein  22.26 
 
 
298 aa  52  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24 
 
 
283 aa  52  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0702  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.81 
 
 
292 aa  52  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>