189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1746 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1746  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 281 aa  577  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0430535  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  91.76 
 
 		 280 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.367338  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.22 
 
 		 274 aa  376  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.114854 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2426  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  65.22 
 
 		 275 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3076  hypothetical protein  65.22 
 
 		 275 aa  369  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.22 
 
 		 275 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1216  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  63.77 
 
 		 274 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2307  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  63.77 
 
 		 274 aa  362  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.979357  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2226  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.42 
 
 		 273 aa  362  5.0000000000000005e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2630  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.51 
 
 		 274 aa  348  4e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.506818  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01919  predicted epimerase, with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  63.41 
 
 		 274 aa  345  7e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.95106  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.41 
 
 		 274 aa  345  7e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.07993  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01905  hypothetical protein  63.41 
 
 		 274 aa  345  7e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.856125  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1624  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.41 
 
 		 274 aa  345  7e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.277787 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2950  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  63.41 
 
 		 274 aa  345  7e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.305059  hitchhiker  0.000000000138327 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2154  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  63.41 
 
 		 274 aa  345  7e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1043  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  63.41 
 
 		 274 aa  345  7e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.176072 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2194  protein YeeZ  62.32 
 
 		 274 aa  340  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2297  protein YeeZ  62.32 
 
 		 274 aa  340  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0636036 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2407  hypothetical protein  62.32 
 
 		 274 aa  340  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.533814  normal  0.010402 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2248  hypothetical protein  62.32 
 
 		 274 aa  340  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.80212  normal  0.152174 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2295  hypothetical protein  62.32 
 
 		 274 aa  340  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0261923 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2328  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.17 
 
 		 273 aa  340  2e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.408954  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1363  hypothetical protein  45.05 
 
 		 276 aa  228  7e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1572  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.13 
 
 		 285 aa  178  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000072025 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.13 
 
 		 283 aa  175  7e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00225756 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.13 
 
 		 283 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.286143  hitchhiker  0.00478642 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2861  hypothetical protein  38.85 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.09 
 
 		 270 aa  171  1e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.04 
 
 		 287 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.108906  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2755  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.04 
 
 		 287 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000483985 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.04 
 
 		 287 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2843  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.3 
 
 		 271 aa  169  6e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000192736 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1708  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.68 
 
 		 287 aa  168  8e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.847272  hitchhiker  0.0000000181781 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.76 
 
 		 286 aa  166  5e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00103969  hitchhiker  0.0000172083 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4472  epimerase  31.84 
 
 		 280 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.850637  normal  0.043776 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.15 
 
 		 285 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1692  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.8 
 
 		 294 aa  161  9e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.66467  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0205  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  32 
 
 		 279 aa  159  5e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.392426  normal  0.667561 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2458  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.43 
 
 		 268 aa  158  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1936  hypothetical protein  32.6 
 
 		 271 aa  157  2e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.531813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.13 
 
 		 271 aa  157  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00786287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0351  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.07 
 
 		 275 aa  154  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1572  hypothetical protein  31.46 
 
 		 271 aa  153  2e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 		 274 aa  154  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000732935  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1946  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.46 
 
 		 282 aa  153  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00148906 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2361  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.05 
 
 		 286 aa  153  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.412583  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4059  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.8 
 
 		 283 aa  151  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.987315  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.78 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.165792  unclonable  0.00000137233 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5684  epimerase  33.57 
 
 		 276 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.947481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.88 
 
 		 274 aa  149  4e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.83 
 
 		 269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000118125  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1420  hypothetical protein  28.27 
 
 		 262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03633  hypothetical enzyme of sugar metabolism  31.11 
 
 		 270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0324  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.75 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0300599  normal  0.327055 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3614  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.68 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.445491 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0904  hypothetical protein  31.14 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04745  hypothetical protein  28.04 
 
 		 273 aa  119  3.9999999999999996e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3626  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.31 
 
 		 267 aa  105  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1301  hypothetical protein  30.92 
 
 		 276 aa  93.6  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.47539  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003834  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.92 
 
 		 275 aa  92.4  7e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1973  hypothetical protein  27.51 
 
 		 231 aa  92  9e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01848  hypothetical protein  28.67 
 
 		 286 aa  90.5  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.34 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0547097  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.62 
 
 		 302 aa  87  3e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.93 
 
 		 300 aa  85.9  7e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.08 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.861172  normal  0.107005 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1200  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.27 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2893  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.03 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000508224 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1782  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.88 
 
 		 280 aa  72.4  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370358  normal  0.55049 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.06 
 
 		 280 aa  72.4  0.000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.46 
 
 		 273 aa  70.9  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.71 
 
 		 274 aa  70.5  0.00000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2932  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.76 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.487981  normal  0.740729 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.83 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.92 
 
 		 287 aa  66.6  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.478902 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.16 
 
 		 290 aa  66.2  0.0000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0180719  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.51 
 
 		 287 aa  66.2  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0946501 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.9 
 
 		 309 aa  65.1  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2278  hypothetical protein  31.23 
 
 		 279 aa  64.7  0.000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.96 
 
 		 287 aa  64.3  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.151733  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2793  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.6 
 
 		 279 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3533  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.02 
 
 		 291 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1005  hypothetical protein  27.8 
 
 		 268 aa  63.9  0.000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.34 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.221687 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.79 
 
 		 281 aa  62.8  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.861168  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3719  phosphate ABC transporter permease  29.46 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1336  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.21 
 
 		 289 aa  63.2  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282172  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1503  hypothetical protein  32.59 
 
 		 286 aa  62.8  0.000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.623229  normal  0.868724 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.41 
 
 		 302 aa  62.8  0.000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0485  Ketopantoate reductase ApbA/PanE domain protein  31.07 
 
 		 281 aa  60.8  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0273  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.98 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3315  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.454656  normal  0.502777 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.37 
 
 		 281 aa  59.7  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2661  hypothetical protein  26.52 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0024  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.43 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156484  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 		 307 aa  59.3  0.00000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0933785  normal  0.079613 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2384  hypothetical protein  26.52 
 
 		 289 aa  58.9  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0313191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0222  hypothetical protein  32.95 
 
 		 288 aa  58.5  0.0000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.377327 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2775  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.565393 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>