164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4059 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4059  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 		 283 aa  585  1e-166  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.987315  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.18 
 
 		 270 aa  161  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.6 
 
 		 275 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2426  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  34.6 
 
 		 275 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3076  hypothetical protein  34.6 
 
 		 275 aa  160  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.8 
 
 		 274 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.114854 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4472  epimerase  33.57 
 
 		 280 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.850637  normal  0.043776 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0351  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.67 
 
 		 275 aa  154  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2226  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 		 273 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2458  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.45 
 
 		 268 aa  152  8e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 		 280 aa  150  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.367338  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1692  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.66467  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1746  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.8 
 
 		 281 aa  145  6e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0430535  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2630  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.506818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03633  hypothetical enzyme of sugar metabolism  32.29 
 
 		 270 aa  143  4e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1216  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  32.03 
 
 		 274 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2307  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  32.03 
 
 		 274 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.979357  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2328  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 		 273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.408954  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1708  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.68 
 
 		 287 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.847272  hitchhiker  0.0000000181781 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01919  predicted epimerase, with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  31.21 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.95106  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.07993  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2950  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.21 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.305059  hitchhiker  0.000000000138327 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1043  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.21 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.176072 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.45 
 
 		 285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01905  hypothetical protein  31.21 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.856125  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1624  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.277787 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 		 287 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2361  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.94 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.412583  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2154  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.21 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2861  hypothetical protein  31.94 
 
 		 283 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.6 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.99 
 
 		 287 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.108906  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2755  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.99 
 
 		 287 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000483985 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1363  hypothetical protein  33.33 
 
 		 276 aa  129  4.0000000000000003e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1572  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.65 
 
 		 285 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000072025 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2248  hypothetical protein  30.96 
 
 		 274 aa  128  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.80212  normal  0.152174 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2297  protein YeeZ  30.96 
 
 		 274 aa  128  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0636036 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2295  hypothetical protein  30.96 
 
 		 274 aa  128  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0261923 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2194  protein YeeZ  30.96 
 
 		 274 aa  128  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2407  hypothetical protein  30.96 
 
 		 274 aa  128  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.533814  normal  0.010402 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.29 
 
 		 283 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00225756 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2843  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 		 271 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000192736 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1572  hypothetical protein  27.8 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 		 274 aa  126  3e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000732935  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 		 269 aa  125  7e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000118125  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 		 283 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.286143  hitchhiker  0.00478642 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1936  hypothetical protein  30.89 
 
 		 271 aa  123  3e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.531813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.04 
 
 		 271 aa  122  6e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00786287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1946  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.94 
 
 		 282 aa  122  6e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00148906 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0205  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  28.62 
 
 		 279 aa  122  7e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.392426  normal  0.667561 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.17 
 
 		 299 aa  118  9e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.165792  unclonable  0.00000137233 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.38 
 
 		 286 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00103969  hitchhiker  0.0000172083 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3614  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.39 
 
 		 292 aa  113  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.445491 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0324  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.54 
 
 		 278 aa  111  1.0000000000000001e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0300599  normal  0.327055 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0904  hypothetical protein  30.74 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1420  hypothetical protein  27.5 
 
 		 262 aa  104  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04745  hypothetical protein  30.69 
 
 		 273 aa  104  2e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5684  epimerase  27.46 
 
 		 276 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.947481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3626  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.68 
 
 		 267 aa  96.3  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1301  hypothetical protein  26.22 
 
 		 276 aa  73.9  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.47539  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1782  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.86 
 
 		 280 aa  72  0.000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370358  normal  0.55049 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003834  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.62 
 
 		 275 aa  68.6  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3315  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.75 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.454656  normal  0.502777 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0823  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.25 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158805 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.11 
 
 		 283 aa  64.7  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.209538  normal  0.040657 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.05 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0547097  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0024  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  23.97 
 
 		 289 aa  63.9  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156484  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3683  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.170441 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.4 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1973  hypothetical protein  23.76 
 
 		 231 aa  62  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2647  hypothetical protein  25.65 
 
 		 289 aa  60.8  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.63 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.43 
 
 		 273 aa  60.5  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.47 
 
 		 288 aa  60.1  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.12 
 
 		 297 aa  59.3  0.00000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.861172  normal  0.107005 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.58 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.64 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.58 
 
 		 318 aa  57.8  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0978  hypothetical protein  30.53 
 
 		 283 aa  57.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479439  normal  0.119821 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01848  hypothetical protein  25.19 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2661  hypothetical protein  25.32 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.93 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2384  hypothetical protein  25.32 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0313191  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.81 
 
 		 281 aa  56.2  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2341  hypothetical protein  24.24 
 
 		 289 aa  55.8  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.908657 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2793  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.39 
 
 		 279 aa  55.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0070  hypothetical protein  26.47 
 
 		 282 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1096  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.67 
 
 		 275 aa  54.7  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95945 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3719  phosphate ABC transporter permease  26.57 
 
 		 296 aa  54.7  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.45 
 
 		 290 aa  54.3  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0180719  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.51 
 
 		 315 aa  53.1  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.343169  hitchhiker  0.00472002 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.49 
 
 		 296 aa  53.1  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403615 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00301  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.87 
 
 		 302 aa  53.1  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.979033  normal  0.104273 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.75 
 
 		 283 aa  52.8  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0540  hypothetical protein  26.78 
 
 		 313 aa  52.8  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2893  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  24.1 
 
 		 274 aa  52.8  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000508224 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.08 
 
 		 302 aa  52.8  0.000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.94 
 
 		 281 aa  52.4  0.000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.861168  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3597  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.68 
 
 		 291 aa  52  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0806  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.26 
 
 		 343 aa  52  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>