142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2458 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2458  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
268 aa  557  1e-158  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1708  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.64 
 
 
287 aa  310  2e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.847272  hitchhiker  0.0000000181781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1572  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56 
 
 
285 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000072025 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.27 
 
 
287 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.108906  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2755  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.27 
 
 
287 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000483985 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.91 
 
 
287 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.64 
 
 
283 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.286143  hitchhiker  0.00478642 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.64 
 
 
283 aa  303  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00225756 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2861  hypothetical protein  55.64 
 
 
283 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.15 
 
 
285 aa  291  6e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2843  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.7 
 
 
271 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000192736 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2361  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.45 
 
 
286 aa  276  2e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.412583  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.32 
 
 
299 aa  266  2e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.165792  unclonable  0.00000137233 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1692  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.05 
 
 
294 aa  259  3e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.66467  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.32 
 
 
286 aa  248  1e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00103969  hitchhiker  0.0000172083 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.67 
 
 
271 aa  242  6e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00786287  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.1 
 
 
274 aa  179  4.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.114854 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1363  hypothetical protein  37.77 
 
 
276 aa  174  9.999999999999999e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2630  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.59 
 
 
274 aa  172  5e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.506818  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2307  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  38.83 
 
 
274 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.979357  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1216  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  38.83 
 
 
274 aa  172  6.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2226  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
273 aa  171  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2426  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  37.5 
 
 
275 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3076  hypothetical protein  37.5 
 
 
275 aa  170  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
275 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4472  epimerase  32.59 
 
 
280 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.850637  normal  0.043776 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2328  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.29 
 
 
273 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.408954  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01919  predicted epimerase, with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  39.19 
 
 
274 aa  160  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.95106  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.19 
 
 
274 aa  160  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.07993  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01905  hypothetical protein  39.19 
 
 
274 aa  160  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.856125  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2950  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  39.19 
 
 
274 aa  160  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.305059  hitchhiker  0.000000000138327 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2154  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  39.19 
 
 
274 aa  160  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1624  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.19 
 
 
274 aa  160  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.277787 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1043  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  39.19 
 
 
274 aa  160  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.176072 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1420  hypothetical protein  34.98 
 
 
262 aa  159  4e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1572  hypothetical protein  32.46 
 
 
271 aa  157  2e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.22 
 
 
270 aa  154  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.11 
 
 
274 aa  154  1e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2297  protein YeeZ  37.59 
 
 
274 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0636036 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1946  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.85 
 
 
282 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00148906 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2407  hypothetical protein  37.59 
 
 
274 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.533814  normal  0.010402 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2194  protein YeeZ  37.59 
 
 
274 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2248  hypothetical protein  37.59 
 
 
274 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.80212  normal  0.152174 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2295  hypothetical protein  37.59 
 
 
274 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0261923 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4059  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.45 
 
 
283 aa  152  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.987315  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0351  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.58 
 
 
275 aa  150  2e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1936  hypothetical protein  29.81 
 
 
271 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.531813  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.19 
 
 
280 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.367338  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1746  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.43 
 
 
281 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0430535  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0205  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  30.71 
 
 
279 aa  145  8.000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.392426  normal  0.667561 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
274 aa  144  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000732935  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5684  epimerase  32.84 
 
 
276 aa  144  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.947481  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.5 
 
 
269 aa  142  7e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000118125  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0324  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.21 
 
 
278 aa  140  3e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0300599  normal  0.327055 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3614  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.15 
 
 
292 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.445491 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3626  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.34 
 
 
267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0904  hypothetical protein  27.49 
 
 
304 aa  125  6e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1301  hypothetical protein  30.32 
 
 
276 aa  119  4.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.47539  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04745  hypothetical protein  29.59 
 
 
273 aa  119  7e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003834  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.86 
 
 
275 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03633  hypothetical enzyme of sugar metabolism  30.04 
 
 
270 aa  106  4e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01848  hypothetical protein  29.93 
 
 
286 aa  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1782  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.84 
 
 
280 aa  85.5  8e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370358  normal  0.55049 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1096  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.46 
 
 
275 aa  81.6  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95945 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1973  hypothetical protein  25.28 
 
 
231 aa  81.3  0.00000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 
299 aa  77.8  0.0000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0547097  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.3 
 
 
300 aa  73.2  0.000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.49 
 
 
302 aa  70.1  0.00000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.91 
 
 
297 aa  69.7  0.00000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.861172  normal  0.107005 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 
280 aa  68.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1936  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.44 
 
 
283 aa  67  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.44 
 
 
283 aa  67  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0024  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.2 
 
 
289 aa  66.2  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156484  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3719  phosphate ABC transporter permease  28.25 
 
 
296 aa  65.1  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.81 
 
 
283 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.48 
 
 
281 aa  63.5  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.31 
 
 
292 aa  62.8  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3315  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.74 
 
 
291 aa  62.4  0.000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.454656  normal  0.502777 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4318  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.87 
 
 
289 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.33 
 
 
281 aa  60.8  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.861168  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.43 
 
 
288 aa  60.8  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2775  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.07 
 
 
310 aa  60.1  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.565393 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2647  hypothetical protein  28.16 
 
 
289 aa  59.7  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2045  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.77 
 
 
277 aa  59.7  0.00000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3533  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.63 
 
 
291 aa  59.7  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.01 
 
 
273 aa  58.9  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0823  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  23.69 
 
 
299 aa  58.5  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00158805 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1723  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.51 
 
 
298 aa  58.5  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0540  hypothetical protein  25.86 
 
 
313 aa  57.4  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1503  hypothetical protein  26.07 
 
 
286 aa  57.4  0.0000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.623229  normal  0.868724 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0485  Ketopantoate reductase ApbA/PanE domain protein  25.31 
 
 
281 aa  57.8  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.9 
 
 
327 aa  57.4  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0566866 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2893  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.97 
 
 
274 aa  56.2  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000508224 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.34 
 
 
302 aa  55.5  0.0000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.24 
 
 
305 aa  55.1  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.61 
 
 
291 aa  54.7  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.02 
 
 
291 aa  53.9  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00281  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  21.99 
 
 
292 aa  52  0.000009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.232249  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.84 
 
 
318 aa  51.6  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.84 
 
 
318 aa  51.6  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>