More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BR1763 on replicon NC_004310
Organism: Brucella suis 1330



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 		 311 aa  632  1e-180  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  99.68 
 
 		 311 aa  627  1e-179  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  93.25 
 
 		 311 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  65.2 
 
 		 293 aa  370  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  67.51 
 
 		 287 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  66.3 
 
 		 284 aa  370  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0126  RNA polymerase factor sigma-32  63.77 
 
 		 303 aa  368  1e-101  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  67.51 
 
 		 287 aa  368  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  64.84 
 
 		 293 aa  367  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  65.69 
 
 		 285 aa  358  9e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3111  RNA polymerase factor sigma-32  63.33 
 
 		 288 aa  349  4e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4338  RNA polymerase factor sigma-32  65.2 
 
 		 290 aa  346  4e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.239407  normal  0.531435 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3709  RNA polymerase factor sigma-32  65.2 
 
 		 291 aa  344  1e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.126139 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4191  RNA polymerase factor sigma-32  64.47 
 
 		 290 aa  342  5e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262321  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3881  RNA polymerase factor sigma-32  64.47 
 
 		 290 aa  342  5e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382692  normal  0.0609598 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  54.15 
 
 		 305 aa  288  1e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  52.6 
 
 		 298 aa  280  3e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2978  RNA polymerase factor sigma-32  47.64 
 
 		 293 aa  259  5.0000000000000005e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0482  RNA polymerase factor sigma-32  47.48 
 
 		 292 aa  257  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540946  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0601  RNA polymerase factor sigma-32  47.48 
 
 		 292 aa  256  4e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2254  RNA polymerase factor sigma-32  47.48 
 
 		 292 aa  256  4e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142039  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0456  RNA polymerase factor sigma-32  47.43 
 
 		 292 aa  252  5.000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.369824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0906  RNA polymerase factor sigma-32  46.01 
 
 		 292 aa  251  2e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.29 
 
 		 340 aa  249  3e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  47.89 
 
 		 295 aa  248  1e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  46.21 
 
 		 295 aa  243  3e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  46.56 
 
 		 296 aa  237  2e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  43.77 
 
 		 300 aa  236  3e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  44.44 
 
 		 300 aa  236  3e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  47.66 
 
 		 299 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  47.1 
 
 		 306 aa  235  9e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  44.74 
 
 		 301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  45.91 
 
 		 295 aa  233  4.0000000000000004e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  46.64 
 
 		 303 aa  231  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  43.16 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.56 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  43.16 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  42.81 
 
 		 301 aa  228  7e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  43.26 
 
 		 303 aa  228  7e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  43.51 
 
 		 300 aa  228  8e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.95 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  44.79 
 
 		 308 aa  226  6e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  43.64 
 
 		 299 aa  225  7e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  41.14 
 
 		 298 aa  225  9e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  41.14 
 
 		 298 aa  225  9e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  41.31 
 
 		 299 aa  225  9e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  43.96 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  44.4 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  45.06 
 
 		 303 aa  223  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  44.02 
 
 		 296 aa  224  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  42.91 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  44.02 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  42.91 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  42.91 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  43.59 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  41.14 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  43.59 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  43.27 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  44.66 
 
 		 303 aa  220  3e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  43.64 
 
 		 299 aa  219  5e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  42.55 
 
 		 299 aa  219  7e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  41.02 
 
 		 298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  41.95 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  43.97 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  38.98 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.15 
 
 		 290 aa  200  1.9999999999999998e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.91 
 
 		 389 aa  196  4.0000000000000005e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  38.21 
 
 		 285 aa  194  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  38.06 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  37.85 
 
 		 285 aa  191  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  37.89 
 
 		 285 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4091  RNA polymerase factor sigma-32  37.89 
 
 		 285 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000103165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4161  RNA polymerase factor sigma-32  37.89 
 
 		 285 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000335306  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  37.06 
 
 		 285 aa  187  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  37.94 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3502  RNA polymerase factor sigma-32  38.11 
 
 		 284 aa  187  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000191039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  37.94 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  37.54 
 
 		 285 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0102  RNA polymerase factor sigma-32  39.64 
 
 		 285 aa  186  4e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.911847  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  36.49 
 
 		 285 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  36.49 
 
 		 285 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  36.49 
 
 		 285 aa  186  4e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  37.59 
 
 		 307 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  36.27 
 
 		 297 aa  186  5e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  36.84 
 
 		 291 aa  186  5e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1443  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  38.68 
 
 		 433 aa  185  7e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000239959  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  36.84 
 
 		 285 aa  185  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0096  RNA polymerase factor sigma-32  39.29 
 
 		 285 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  36.46 
 
 		 285 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  36.46 
 
 		 285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.55 
 
 		 350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4062  RNA polymerase factor sigma-32  39.64 
 
 		 285 aa  183  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  38.71 
 
 		 281 aa  183  4.0000000000000006e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  36.73 
 
 		 285 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2371  RNA polymerase factor sigma-32  36.86 
 
 		 286 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115405  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0230  RNA polymerase factor sigma-32  38.73 
 
 		 309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0249  RNA polymerase factor sigma-32  38.73 
 
 		 309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  36.24 
 
 		 286 aa  182  7e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0374  RNA polymerase factor sigma-32  37.91 
 
 		 306 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.391616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  39.93 
 
 		 281 aa  181  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>