More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4000 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1645  RecJ exonuclease  84.34 
 
 		 613 aa  1011    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4000  exonuclease RecJ  100 
 
 		 613 aa  1216    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4751  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  61.19 
 
 		 626 aa  693    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_2962  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  84.34 
 
 		 613 aa  1008    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.972235 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2787  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  85.48 
 
 		 613 aa  1030    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2813  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  84.67 
 
 		 613 aa  1024    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0113123  normal  1 
 
 
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NC_007958  RPD_2499  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  83.85 
 
 		 633 aa  1009    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.408241  normal  0.222109 
 
 
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NC_007964  Nham_2307  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  84.99 
 
 		 613 aa  1002    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1563  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.67 
 
 		 610 aa  647    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.553946 
 
 
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NC_011666  Msil_3073  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57.24 
 
 		 603 aa  639    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_2797  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57.64 
 
 		 605 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532995  normal  0.915588 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1920  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.27 
 
 		 594 aa  578  1e-164  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0990  exonuclease RecJ  54.08 
 
 		 594 aa  570  1e-161  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2885  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.91 
 
 		 611 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004310  BR1270  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.1 
 
 		 594 aa  562  1.0000000000000001e-159  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2948  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.9 
 
 		 603 aa  555  1e-157  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181074  hitchhiker  0.00226197 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2762  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.42 
 
 		 611 aa  555  1e-157  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_1547  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.39 
 
 		 600 aa  557  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1741  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.07 
 
 		 600 aa  558  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2280  single-stranded-DNA-specific exonuclease  52.2 
 
 		 600 aa  552  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.340529  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_3141  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57.26 
 
 		 597 aa  550  1e-155  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
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NC_009505  BOV_1231  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.55 
 
 		 575 aa  546  1e-154  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.337799  n/a   
 
 
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NC_011757  Mchl_2989  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  56.25 
 
 		 611 aa  544  1e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.907848 
 
 
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NC_011894  Mnod_0206  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  57.26 
 
 		 597 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008783  BARBAKC583_0900  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.74 
 
 		 594 aa  540  9.999999999999999e-153  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.209081  n/a   
 
 
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NC_009636  Smed_1452  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.2 
 
 		 600 aa  521  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00256801  hitchhiker  0.00132955 
 
 
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NC_007802  Jann_3002  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.58 
 
 		 582 aa  470  1.0000000000000001e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.728985  normal  0.47011 
 
 
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NC_008686  Pden_1877  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.48 
 
 		 580 aa  471  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008044  TM1040_2166  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.61 
 
 		 603 aa  463  1e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.145891 
 
 
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NC_007794  Saro_2274  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.04 
 
 		 573 aa  460  9.999999999999999e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.349175  n/a   
 
 
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NC_007643  Rru_A2408  RecJ exonuclease  46.23 
 
 		 606 aa  457  1e-127  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009952  Dshi_2275  single-stranded-DNA-specific exonuclease  46.83 
 
 		 585 aa  457  1e-127  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008347  Mmar10_1506  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.69 
 
 		 603 aa  455  1.0000000000000001e-126  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009484  Acry_1296  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.37 
 
 		 594 aa  450  1e-125  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_002978  WD0312  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.37 
 
 		 579 aa  448  1.0000000000000001e-124  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009511  Swit_4733  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.49 
 
 		 588 aa  441  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007799  ECH_1115  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  40.07 
 
 		 589 aa  436  1e-121  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007354  Ecaj_0891  RecJ exonuclease  39.29 
 
 		 584 aa  432  1e-120  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009428  Rsph17025_0832  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.17 
 
 		 583 aa  430  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792862 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3011  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.01 
 
 		 605 aa  430  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245556  normal  1 
 
 
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NC_007493  RSP_0405  single-stranded DNA-specific exonuclease  46.18 
 
 		 583 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2059  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.18 
 
 		 583 aa  424  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_3014  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.15 
 
 		 588 aa  417  9.999999999999999e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.858016 
 
 
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NC_011365  Gdia_2502  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  43.36 
 
 		 619 aa  393  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.386511  normal  0.196855 
 
 
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NC_008576  Mmc1_1758  exonuclease RecJ  40.2 
 
 		 592 aa  374  1e-102  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.150743  normal  0.165864 
 
 
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NC_007798  NSE_0712  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.37 
 
 		 577 aa  346  8.999999999999999e-94  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009675  Anae109_1327  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.48 
 
 		 599 aa  335  1e-90  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.168372 
 
 
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NC_009483  Gura_1721  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  39.13 
 
 		 573 aa  329  8e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010814  Glov_2006  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.75 
 
 		 586 aa  325  1e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008609  Ppro_1795  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.43 
 
 		 568 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_002939  GSU2614  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  39.07 
 
 		 578 aa  320  6e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011899  Hore_12210  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.5 
 
 		 814 aa  313  5.999999999999999e-84  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000495428  n/a   
 
 
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NC_011145  AnaeK_1313  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  43.88 
 
 		 573 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011891  A2cp1_1415  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.75 
 
 		 573 aa  309  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007760  Adeh_2536  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.88 
 
 		 564 aa  308  2.0000000000000002e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.962109  n/a   
 
 
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NC_007498  Pcar_1890  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.96 
 
 		 574 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000386066  n/a   
 
 
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NC_010320  Teth514_1465  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  31.79 
 
 		 811 aa  305  2.0000000000000002e-81  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0172153  n/a   
 
 
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NC_007517  Gmet_0857  RecJ exonuclease  36.77 
 
 		 578 aa  299  1e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009012  Cthe_1346  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.96 
 
 		 827 aa  299  1e-79  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000597878  n/a   
 
 
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NC_007298  Daro_2838  RecJ exonuclease  37.68 
 
 		 566 aa  295  2e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.934115  normal  1 
 
 
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NC_010718  Nther_1287  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.95 
 
 		 831 aa  295  2e-78  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013411  GYMC61_0937  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.3 
 
 		 788 aa  294  3e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_013216  Dtox_2289  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.05 
 
 		 907 aa  294  3e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.322971  hitchhiker  0.00000129081 
 
 
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NC_013173  Dbac_2743  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.96 
 
 		 574 aa  293  5e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00277097  n/a   
 
 
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NC_008577  Shewana3_3329  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.69 
 
 		 574 aa  288  1e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004347  SO_0952  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.52 
 
 		 574 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009253  Dred_0731  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.96 
 
 		 885 aa  288  2.9999999999999996e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000934537  n/a   
 
 
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NC_008321  Shewmr4_0797  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.87 
 
 		 574 aa  287  4e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_3226  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.69 
 
 		 574 aa  287  4e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011883  Ddes_1409  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.41 
 
 		 578 aa  286  7e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0667264  n/a   
 
 
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NC_008346  Swol_0805  single-stranded DNA-specific exonuclease-like protein  35.22 
 
 		 932 aa  284  3.0000000000000004e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00139649  n/a   
 
 
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NC_009674  Bcer98_3125  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.56 
 
 		 779 aa  281  2e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.388004  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03407  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  39.39 
 
 		 573 aa  280  4e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003909  BCE_4493  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.56 
 
 		 779 aa  280  4e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4304  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.56 
 
 		 779 aa  280  6e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0051  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.89 
 
 		 579 aa  280  6e-74  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.458674  normal  0.205446 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4639  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.56 
 
 		 779 aa  280  6e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1787  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  40.37 
 
 		 569 aa  280  7e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0490686 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4489  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.39 
 
 		 779 aa  280  7e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000134083 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4543  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.56 
 
 		 779 aa  279  8e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0807  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.29 
 
 		 574 aa  279  9e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0689  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.32 
 
 		 798 aa  279  9e-74  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.944207  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0772  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.88 
 
 		 574 aa  279  9e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.167693  hitchhiker  0.00446395 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4153  single-stranded-DNA-specific exonuclease  33.56 
 
 		 779 aa  279  1e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3302  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.73 
 
 		 572 aa  278  2e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0912686  normal  0.117483 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1298  RecJ exonuclease  36.52 
 
 		 571 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.882929  normal  0.617769 
 
 
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NC_009656  PSPA7_1395  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.15 
 
 		 571 aa  278  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4142  single-stranded-DNA-specific exonuclease  33.39 
 
 		 779 aa  278  3e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1134  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.89 
 
 		 571 aa  277  3e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_011663  Sbal223_3447  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  39.14 
 
 		 574 aa  277  3e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3522  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  39.14 
 
 		 577 aa  277  3e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0892  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.03 
 
 		 584 aa  277  4e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.488933  n/a   
 
 
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NC_009052  Sbal_0845  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  39.14 
 
 		 577 aa  277  4e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_1035  exonuclease RecJ  35.36 
 
 		 569 aa  276  5e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.626016 
 
 
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NC_008463  PA14_16220  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.19 
 
 		 571 aa  277  5e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009997  Sbal195_3641  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  39.14 
 
 		 577 aa  276  6e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011662  Tmz1t_1969  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.85 
 
 		 563 aa  276  1.0000000000000001e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00305659  n/a   
 
 
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NC_011830  Dhaf_3611  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35 
 
 		 801 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000975309  n/a   
 
 
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NC_011772  BCG9842_B0707  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.56 
 
 		 779 aa  275  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008700  Sama_2737  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.04 
 
 		 574 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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