72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3964 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3964  hypothetical protein  100 
 
 		 294 aa  590  1e-168  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3422  response regulator receiver domain-containing protein  32.09 
 
 		 291 aa  109  5e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00728631 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2206  response regulator receiver protein  33.47 
 
 		 267 aa  107  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0547033  normal  0.44527 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3052  response regulator receiver protein  34.91 
 
 		 286 aa  97.1  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.995859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01349  regulatory protein  28.16 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0319179  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3622  response regulator receiver protein  30.14 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00073  RpfD regulatory protein  31.73 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.133671  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  33.02 
 
 		 275 aa  67.4  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  32.5 
 
 		 272 aa  63.5  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  33 
 
 		 255 aa  63.2  0.000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 317 aa  62.4  0.000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 268 aa  58.5  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  31.13 
 
 		 260 aa  57.8  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1822  response regulator receiver protein  28.88 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.332263  normal  0.137599 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  27.1 
 
 		 280 aa  57.4  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  35.56 
 
 		 239 aa  57  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1744  response regulator receiver protein  31.47 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0469005  normal  0.152737 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2437  response regulator receiver protein  23.55 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.2489 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  27.55 
 
 		 276 aa  55.8  0.0000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1191  response regulator receiver protein  35.04 
 
 		 518 aa  55.1  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4004  response regulator receiver domain-containing protein  26.84 
 
 		 269 aa  54.3  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.174802  normal  0.249031 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  32.35 
 
 		 276 aa  53.5  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  27.88 
 
 		 265 aa  53.1  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  27.93 
 
 		 268 aa  52  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26 
 
 		 258 aa  51.6  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  25 
 
 		 237 aa  51.2  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5058  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.68 
 
 		 247 aa  50.4  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000256301  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2966  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 274 aa  50.1  0.00005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2062  response regulator receiver protein  36.47 
 
 		 489 aa  49.3  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.276214 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26 
 
 		 254 aa  48.5  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  26.73 
 
 		 273 aa  48.5  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  27.72 
 
 		 275 aa  48.1  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0503  response regulator receiver protein  32.14 
 
 		 143 aa  48.1  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3893  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 277 aa  47.4  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.493272  normal  0.267267 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3848  response regulator receiver protein  32.91 
 
 		 107 aa  47.4  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  27.27 
 
 		 266 aa  47  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0682  response regulator receiver protein  27.52 
 
 		 246 aa  47.4  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00000269767  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  22.97 
 
 		 231 aa  47  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1153  two component transcriptional regulator, LytTR family  36 
 
 		 299 aa  47  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  25.62 
 
 		 268 aa  46.6  0.0005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  21.24 
 
 		 257 aa  46.6  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.5 
 
 		 244 aa  46.6  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  28.4 
 
 		 229 aa  45.8  0.0008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  37.04 
 
 		 239 aa  45.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2656  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.59 
 
 		 250 aa  45.4  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.81917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  29.33 
 
 		 243 aa  45.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 265 aa  44.7  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.5 
 
 		 227 aa  45.1  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2342  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.19 
 
 		 240 aa  44.7  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0697143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.23 
 
 		 230 aa  44.7  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5746  response regulator receiver protein  28.7 
 
 		 298 aa  45.1  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  24.66 
 
 		 231 aa  44.3  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3706  response regulator receiver protein  29.13 
 
 		 227 aa  43.9  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.39 
 
 		 232 aa  43.9  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.18 
 
 		 235 aa  43.5  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5114  response regulator  26.79 
 
 		 238 aa  43.5  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.603206  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3377  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.8 
 
 		 319 aa  43.5  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5512  putative response regulator  26.79 
 
 		 238 aa  43.5  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5270  response regulator  26.79 
 
 		 238 aa  43.5  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.246846  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5097  response regulator  26.79 
 
 		 238 aa  43.5  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.047582  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5667  response regulator  26.79 
 
 		 238 aa  43.5  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000414392  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  25.23 
 
 		 249 aa  43.5  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.73 
 
 		 242 aa  43.1  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5597  putative response regulator  26.79 
 
 		 238 aa  43.1  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0176672  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5546  response regulator, putative  26.79 
 
 		 238 aa  43.1  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.183398  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 253 aa  42.7  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6803  response regulator receiver protein  29.84 
 
 		 302 aa  42.7  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0116  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.65 
 
 		 233 aa  42.4  0.008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0975218 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.27 
 
 		 248 aa  42.4  0.009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1260  response regulator receiver protein  33.71 
 
 		 147 aa  42.4  0.009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  23.3 
 
 		 255 aa  42.4  0.01  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3896  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.94 
 
 		 245 aa  42.4  0.01  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.356034 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>