99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1260 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_1260  response regulator receiver protein  100 
 
 
147 aa  296  6e-80  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00260  response regulator of the LytR/AlgR family  29.73 
 
 
147 aa  75.1  0.0000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000118135 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0703  response regulator receiver protein  33.11 
 
 
145 aa  72  0.000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22920  response regulator of the LytR/AlgR family  27.7 
 
 
146 aa  70.5  0.000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1420  response regulator receiver protein  23.57 
 
 
150 aa  55.1  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5380  response regulator, LytTR family  28 
 
 
149 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4893  response regulator  28 
 
 
149 aa  54.3  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  30.43 
 
 
255 aa  51.6  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  36.59 
 
 
275 aa  51.6  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1924  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.07 
 
 
250 aa  50.4  0.000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.63 
 
 
281 aa  49.3  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  33.98 
 
 
253 aa  48.9  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2221  response regulator receiver protein  33.33 
 
 
309 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.728261 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  30.59 
 
 
276 aa  48.1  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  25.64 
 
 
259 aa  48.5  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.91 
 
 
238 aa  47.8  0.00005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2482  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.78 
 
 
288 aa  47.8  0.00006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.162526 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  32.93 
 
 
273 aa  47.4  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6429  response regulator receiver protein  28.57 
 
 
553 aa  47.4  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
270 aa  47  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5667  response regulator  27 
 
 
238 aa  46.6  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000414392  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5546  response regulator, putative  27 
 
 
238 aa  47  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.183398  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5270  response regulator  27 
 
 
238 aa  46.6  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.246846  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2784  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.69 
 
 
358 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5097  response regulator  27 
 
 
238 aa  46.6  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.047582  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5512  putative response regulator  27 
 
 
238 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5114  response regulator  27 
 
 
238 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.603206  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5597  putative response regulator  27 
 
 
238 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0176672  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16700  response regulator of the LytR/AlgR family  31.36 
 
 
146 aa  45.8  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.442012 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1697  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.76 
 
 
240 aa  45.8  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.325505  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2025  two-component response regulator  28.3 
 
 
252 aa  45.8  0.0002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3930  LytTR family two component transcriptional regulator  27.55 
 
 
238 aa  45.8  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  28.72 
 
 
239 aa  45.4  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  32.31 
 
 
261 aa  45.1  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2822  response regulator receiver domain-containing protein  35.48 
 
 
304 aa  45.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.135551  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0979  response regulator  27.85 
 
 
108 aa  44.7  0.0004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  30.86 
 
 
268 aa  44.3  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 
276 aa  44.3  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.62 
 
 
248 aa  44.3  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.41 
 
 
241 aa  43.9  0.0008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3172  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.07 
 
 
258 aa  43.5  0.0009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00901875  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5410  putative response regulator  26 
 
 
238 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0150801  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5541  putative response regulator  26 
 
 
238 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0307727  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.53 
 
 
243 aa  43.5  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5211  LytTR family two component transcriptional regulator  25 
 
 
238 aa  43.5  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.546332  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  32.98 
 
 
250 aa  43.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.16 
 
 
251 aa  43.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  31.52 
 
 
237 aa  43.5  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  33.75 
 
 
265 aa  43.5  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.61 
 
 
240 aa  43.5  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3964  hypothetical protein  33.71 
 
 
294 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0439  response regulator receiver protein  36.67 
 
 
215 aa  42.7  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00073  RpfD regulatory protein  31.53 
 
 
304 aa  42  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.133671  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1744  response regulator receiver protein  34.94 
 
 
262 aa  42.7  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0469005  normal  0.152737 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3422  response regulator receiver domain-containing protein  27.47 
 
 
291 aa  42.7  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00728631 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1010  LytTr DNA-binding domain protein  28.47 
 
 
169 aa  42.7  0.002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0067  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 
275 aa  42  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1947  methyl-accepting/DNA response regulator, putative  32.81 
 
 
214 aa  42  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2966  response regulator receiver protein  30.69 
 
 
274 aa  42  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1703  transcriptional regulatory protein  32.81 
 
 
214 aa  41.6  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1977  putative methyl-accepting/DNA response regulator  32.81 
 
 
214 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1677  transcriptional regulatory protein  32.81 
 
 
214 aa  42  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  27.55 
 
 
242 aa  41.6  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  29.13 
 
 
254 aa  41.6  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.28 
 
 
265 aa  41.6  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2206  response regulator receiver protein  34.21 
 
 
267 aa  41.2  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0547033  normal  0.44527 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  29.89 
 
 
246 aa  41.2  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  23.91 
 
 
251 aa  41.2  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  29.67 
 
 
249 aa  41.2  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  31.52 
 
 
238 aa  41.2  0.005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3377  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.07 
 
 
319 aa  41.2  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0116  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.79 
 
 
233 aa  41.2  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0975218 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.99 
 
 
240 aa  41.2  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2342  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.17 
 
 
240 aa  41.2  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0697143  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  28.18 
 
 
280 aa  41.2  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  28.57 
 
 
248 aa  40.8  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.85 
 
 
273 aa  40.8  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  34.72 
 
 
246 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  34.72 
 
 
246 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  34.72 
 
 
246 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1862  putative methyl-accepting/DNA response regulator  31.25 
 
 
214 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1725  methyl-accepting/DNA response regulator  31.25 
 
 
214 aa  40.4  0.007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  34.72 
 
 
246 aa  40.8  0.007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1899  putative methyl-accepting/DNA response regulator  31.25 
 
 
214 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  34.72 
 
 
246 aa  40.8  0.007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  33.33 
 
 
263 aa  40.4  0.007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  34.72 
 
 
246 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1861  methyl-accepting/DNA response regulator  31.25 
 
 
214 aa  40.4  0.007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  34.72 
 
 
246 aa  40.8  0.007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  33.33 
 
 
249 aa  40.4  0.007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3480  putative methyl-accepting/DNA response regulator  31.25 
 
 
214 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0914796 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  23.6 
 
 
317 aa  40.4  0.008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5312  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.74 
 
 
255 aa  40.4  0.009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0977362 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.74 
 
 
244 aa  40.4  0.009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1561  putative PAS/PAC sensor protein  29.2 
 
 
249 aa  40.4  0.009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.925231 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0699  response regulator receiver  34.41 
 
 
275 aa  40.4  0.009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.85 
 
 
275 aa  40  0.01  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  28.24 
 
 
246 aa  40  0.01  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  28.24 
 
 
246 aa  40  0.01  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>