More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1932 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  613  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 308 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 309 aa  249  4e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5485  transcriptional regulator LysR family  43.92 
 
 		 318 aa  243  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.781611  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3057  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 303 aa  241  7.999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.061728 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 303 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 302 aa  213  4.9999999999999996e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 333 aa  206  5e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 311 aa  203  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6212  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 319 aa  198  7.999999999999999e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.63 
 
 		 334 aa  191  9e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 315 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  36.45 
 
 		 312 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5026  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 327 aa  179  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5035  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.776496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0846  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3538  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 337 aa  162  8.000000000000001e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 316 aa  159  8e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 302 aa  149  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 312 aa  144  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 326 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  32.45 
 
 		 321 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 309 aa  136  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 307 aa  134  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 432 aa  133  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 325 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 325 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  33.12 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  39.7 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 316 aa  129  8.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 326 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 301 aa  125  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  33.56 
 
 		 319 aa  125  7e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  31.73 
 
 		 314 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 305 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3544  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 304 aa  125  9e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 305 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2319  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.253365  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  31.11 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2454  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00089328  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 322 aa  123  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 313 aa  123  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 307 aa  123  5e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 311 aa  122  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 298 aa  123  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 312 aa  122  5e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4276  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 309 aa  122  7e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 314 aa  122  7e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 310 aa  122  9e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.41 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2387  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2908  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 345 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3550  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 325 aa  119  7.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 305 aa  119  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.87 
 
 		 330 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2409  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488071  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1797  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>