More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6124 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6124  pca operon transcription factor PcaQ  100 
 
 		 284 aa  571  1.0000000000000001e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0261121  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  72.83 
 
 		 316 aa  424  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  70.21 
 
 		 305 aa  417  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  69.86 
 
 		 305 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  69.53 
 
 		 302 aa  401  1e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  69.18 
 
 		 302 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  68.21 
 
 		 304 aa  392  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 321 aa  278  1e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3489  LysR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 330 aa  215  5.9999999999999996e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 369 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  41.28 
 
 		 327 aa  200  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0562  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 312 aa  199  6e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260746  normal  0.122148 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0626  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 325 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.284859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 328 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 337 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 322 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  40.29 
 
 		 314 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0246  Pca operon transcriptional activator PcaQ  41.3 
 
 		 334 aa  188  7e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.010271  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0982  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 334 aa  188  7e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0983507  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1350  Pca operon transcriptional activator PcaQ  41.3 
 
 		 334 aa  188  7e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0139604  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  40.77 
 
 		 314 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0317  pca operon transcription factor PcaQ  40.94 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1844  pca operon transcription factor PcaQ  40.94 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.282267  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1759  Pca operon transcriptional activator PcaQ  40.94 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0219488  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0393  Pca operon transcriptional activator PcaQ  42.21 
 
 		 454 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.439238  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4418  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 325 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.43525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4192  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 328 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3342  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 328 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4175  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 328 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  normal  0.0617168 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1120  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 333 aa  180  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00232816  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0230  transcriptional regulator PcaQ  36.43 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3582  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 328 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.591894 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01890  transcriptional regulator PcaQ  36.26 
 
 		 275 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.536002  normal  0.885717 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4062  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 328 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1713  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 310 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0202364 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4160  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 297 aa  173  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  35.51 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  35.51 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  35.51 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1717  LysR substrate binding domain-containing protein  35.51 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0492643 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1743  LysR substrate binding domain protein  35.51 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.574272 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  37.25 
 
 		 310 aa  172  5e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0310  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179801  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1440  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  38.46 
 
 		 319 aa  163  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 339 aa  163  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.42 
 
 		 307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  34.42 
 
 		 307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.46 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547513  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4463  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 317 aa  158  8e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2503  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 328 aa  155  9e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2337  pca operon transcriptional activator PcaQ  32.95 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.269299  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 331 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 317 aa  138  7.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5026  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.89 
 
 		 325 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572063  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 331 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 316 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 351 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 316 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 316 aa  125  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  31.29 
 
 		 304 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 314 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04629  transcriptional regulator  30.25 
 
 		 328 aa  124  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  30.43 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 320 aa  119  6e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 320 aa  119  7e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 307 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3897  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 414 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  27.82 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 434 aa  112  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 417 aa  112  5e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 321 aa  112  7.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 317 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2343  transcriptional regulator, LysR family  38.17 
 
 		 237 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.988261  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31260  Transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 397 aa  110  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 415 aa  109  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 323 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>