279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5657 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5657  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  100 
 
 		 392 aa  762    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.348277  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4475  inner-membrane translocator  78.15 
 
 		 375 aa  548  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.973671 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6456  inner-membrane translocator  78.71 
 
 		 375 aa  535  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.425632  normal  0.0359026 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1116  inner-membrane translocator  67.99 
 
 		 382 aa  426  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4621  putative ABC transporter (permease protein)  62.04 
 
 		 369 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986028 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1702  inner-membrane translocator  67.14 
 
 		 385 aa  348  6e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.122598 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2021  inner-membrane translocator  67.14 
 
 		 385 aa  348  7e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1168  inner-membrane translocator  59.24 
 
 		 369 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.748447  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1359  ABC transporter, permease protein  59.94 
 
 		 370 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1369  ABC transporter, inner membrane subunit  59.48 
 
 		 371 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.30886  normal  0.0719579 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5242  inner-membrane translocator  59.77 
 
 		 371 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0852  inner-membrane translocator  54.89 
 
 		 362 aa  317  3e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0271  inner-membrane translocator  56.52 
 
 		 353 aa  316  5e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0872978  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0768  ABC transporter permease protein  58.68 
 
 		 365 aa  290  4e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.868175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0837  inner-membrane translocator  58.48 
 
 		 359 aa  286  4e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3025  inner-membrane translocator  58.58 
 
 		 370 aa  280  3e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1951  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 373 aa  176  9e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563372 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0138  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.76 
 
 		 360 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.619056  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1987  inner-membrane translocator  37.14 
 
 		 347 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.426969 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0215  inner-membrane translocator  32.93 
 
 		 355 aa  162  1e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.900459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2175  inner-membrane translocator  32.58 
 
 		 364 aa  160  3e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.630634  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3027  inner-membrane translocator  33.91 
 
 		 357 aa  160  5e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.722972 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0343  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  35.67 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1780  inner-membrane translocator  31.65 
 
 		 357 aa  154  4e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1946  permease component of branched-chain amino acid transport system  36.36 
 
 		 349 aa  153  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  hitchhiker  0.000358209 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0953  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 347 aa  153  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.267238  normal  0.301742 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2786  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 349 aa  152  7e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.569125  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3307  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 347 aa  152  7e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1120  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 363 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5273  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  34.13 
 
 		 349 aa  149  8e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3236  inner-membrane translocator  30.9 
 
 		 354 aa  149  8e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5056  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 363 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0422  inner-membrane translocator  30 
 
 		 391 aa  147  4.0000000000000006e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.975365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1119  inner-membrane translocator  36.77 
 
 		 364 aa  146  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1508  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.45 
 
 		 355 aa  146  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143335  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3165  inner-membrane translocator  32.85 
 
 		 351 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.786716  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1699  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 363 aa  145  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601171 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2018  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 363 aa  144  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.345381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0672  inner-membrane translocator  32.02 
 
 		 366 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0495  inner-membrane translocator  32.05 
 
 		 360 aa  143  4e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0472757 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0680  inner-membrane translocator  32.81 
 
 		 368 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00660304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6178  inner-membrane translocator  34.82 
 
 		 349 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00223379  normal  0.248312 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1037  inner-membrane translocator  33.89 
 
 		 360 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.175409  normal  0.785488 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6357  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 349 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.15152  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0018  inner-membrane translocator  31.53 
 
 		 344 aa  140  6e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1901  inner-membrane translocator  30.37 
 
 		 361 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415582  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1458  inner-membrane translocator  34.37 
 
 		 358 aa  139  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2059  ABC transporter permease  31.62 
 
 		 363 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.271425 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2167  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  32.25 
 
 		 367 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0768  ABC transporter, permease protein, putative  32.02 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4347  inner-membrane translocator  34.78 
 
 		 380 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  31.9 
 
 		 365 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0403  inner-membrane translocator  32.82 
 
 		 352 aa  137  4e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00495406  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1417  inner-membrane translocator  30.33 
 
 		 364 aa  137  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017685  normal  0.100323 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1925  inner-membrane translocator  28.99 
 
 		 355 aa  136  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.633833  normal  0.690286 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1408  inner-membrane translocator  28.79 
 
 		 359 aa  136  7.000000000000001e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0027167  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1632  inner-membrane translocator  30.25 
 
 		 371 aa  136  7.000000000000001e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3691  inner-membrane translocator  31.35 
 
 		 338 aa  135  9.999999999999999e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.83673 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3577  inner-membrane translocator  33.52 
 
 		 360 aa  135  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1926  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0125222 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3631  inner-membrane translocator  30 
 
 		 361 aa  134  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0804  putative transmembrane ABC transporter protein  30.75 
 
 		 387 aa  133  5e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3944  hypothetical protein  31.21 
 
 		 360 aa  133  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121867  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0569  ABC transporter, permease protein  29.19 
 
 		 360 aa  132  9e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1717  inner-membrane translocator  30.95 
 
 		 361 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.318895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3558  ABC transporter, inner membrane subunit  29.78 
 
 		 360 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31458  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0766  inner-membrane translocator  29.65 
 
 		 366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.286695  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0534  ABC transporter, permease protein  29.84 
 
 		 358 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2136  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 368 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.334815  normal  0.348757 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1319  inner-membrane translocator  32.92 
 
 		 371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3241  inner-membrane translocator  30 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.366513  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1792  inner-membrane translocator  33.96 
 
 		 352 aa  130  4.0000000000000003e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00867144  normal  0.323274 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1904  inner-membrane translocator  33.82 
 
 		 364 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.246976  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04910  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  29.9 
 
 		 471 aa  130  5.0000000000000004e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0750  inner-membrane translocator  27.13 
 
 		 362 aa  129  6e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00540188  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4234  inner-membrane translocator  30.08 
 
 		 397 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0562  inner-membrane translocator  31.53 
 
 		 340 aa  129  9.000000000000001e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0796  inner-membrane translocator  30.24 
 
 		 364 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.511311  normal  0.608951 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0031  inner-membrane translocator  31.67 
 
 		 357 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1133  inner-membrane translocator  32.32 
 
 		 359 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458901 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3174  inner-membrane translocator  29.84 
 
 		 362 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1550  ABC transporter permease  26.78 
 
 		 365 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.405583  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4443  inner-membrane translocator  33.01 
 
 		 363 aa  127  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0839  inner-membrane translocator  28.95 
 
 		 369 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01680  putative permease of ABC transporter  32.29 
 
 		 365 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000106263  normal  0.914091 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3150  inner-membrane translocator  33.85 
 
 		 361 aa  127  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.35673 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0843  inner-membrane translocator  30.52 
 
 		 344 aa  127  5e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0820  inner-membrane translocator  30.52 
 
 		 344 aa  127  5e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3902  inner-membrane translocator  31.49 
 
 		 383 aa  126  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1692  inner-membrane translocator  29.49 
 
 		 367 aa  125  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.108076  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1302  inner-membrane translocator  30 
 
 		 347 aa  125  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00194364  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0008  ABC transporter, permease protein, putative  33.79 
 
 		 359 aa  124  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0006  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 344 aa  124  3e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0191826  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2962  putative ABC type branched chain amino acid transport system  30.64 
 
 		 361 aa  124  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.234681 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1062  inner-membrane translocator  31.83 
 
 		 362 aa  124  4e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1065  inner-membrane translocator  31.49 
 
 		 362 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5335  inner-membrane translocator  33.54 
 
 		 349 aa  122  8e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1004  ABC transporter, inner membrane subunit  31.14 
 
 		 362 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5875  inner-membrane translocator  31.05 
 
 		 355 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.563047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3052  inner-membrane translocator  25.94 
 
 		 442 aa  122  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>