More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1637 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1637  integrase  100 
 
 		 174 aa  362  1e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1646  integrase family protein  45.62 
 
 		 330 aa  143  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4162  integrase family protein  42.37 
 
 		 396 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1727  phage integrase  43.33 
 
 		 267 aa  129  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.539916  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6962  integrase family protein  45.91 
 
 		 327 aa  115  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1565  phage integrase  43.12 
 
 		 416 aa  115  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.314527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  35.37 
 
 		 402 aa  82  0.000000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  34.64 
 
 		 159 aa  74.7  0.0000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  33.96 
 
 		 367 aa  73.9  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  30.91 
 
 		 341 aa  72.8  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  30.57 
 
 		 401 aa  72  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  33.33 
 
 		 354 aa  71.6  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2002  phage integrase  32.93 
 
 		 188 aa  70.9  0.000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1037  Phage integrase  32.28 
 
 		 338 aa  69.7  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  29.79 
 
 		 337 aa  68.9  0.00000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0995  site-specific recombinase, phage integrase family  34.51 
 
 		 349 aa  68.2  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00503137  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  32.68 
 
 		 172 aa  67.8  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  28.99 
 
 		 298 aa  67.8  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  28.99 
 
 		 298 aa  67.8  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23640  tyrosine recombinase XerC subunit  31.14 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.154193  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  28.97 
 
 		 301 aa  66.2  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3658  putative bacteriophage integrase  30 
 
 		 444 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  29.25 
 
 		 307 aa  65.1  0.0000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  28.93 
 
 		 296 aa  65.1  0.0000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  29.49 
 
 		 404 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  30.34 
 
 		 290 aa  64.3  0.0000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1617  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.72 
 
 		 330 aa  63.5  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000155402  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  32 
 
 		 369 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  31.69 
 
 		 353 aa  63.5  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  32 
 
 		 369 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  31.94 
 
 		 429 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  32 
 
 		 369 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2207  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.84 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.787262  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  32 
 
 		 369 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0251  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.87 
 
 		 355 aa  63.2  0.000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00631913  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12908  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.78 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000436053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  29.3 
 
 		 302 aa  62.8  0.000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1462  Phage integrase  30.43 
 
 		 387 aa  63.5  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1366  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.39 
 
 		 450 aa  62.8  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000415693  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1179  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.39 
 
 		 450 aa  62.8  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000142279  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  28 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1970  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1990  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2036  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0541579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0880  phage integrase family protein  33.99 
 
 		 291 aa  62  0.000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0027577 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6131  integrase family protein  33.12 
 
 		 305 aa  62.4  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4135  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.55 
 
 		 300 aa  62  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1465  integrase family protein  31.13 
 
 		 334 aa  61.6  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.890522 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0201  tyrosine recombinase XerC subunit  28.74 
 
 		 345 aa  61.2  0.000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000601095 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.29 
 
 		 330 aa  61.2  0.000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  29.66 
 
 		 387 aa  61.2  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  30.99 
 
 		 412 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.33 
 
 		 299 aa  60.8  0.000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.33 
 
 		 299 aa  60.8  0.000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  28.22 
 
 		 391 aa  60.8  0.000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0221  phage integrase  28.74 
 
 		 349 aa  61.2  0.000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.118358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  28.78 
 
 		 322 aa  60.8  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.33 
 
 		 299 aa  60.8  0.000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.33 
 
 		 299 aa  60.8  0.000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.33 
 
 		 299 aa  60.8  0.000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.33 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  30.46 
 
 		 300 aa  60.5  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.33 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  29.68 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  29.68 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.41 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  28.24 
 
 		 300 aa  60.5  0.00000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0455  phage integrase family protein  31.01 
 
 		 349 aa  60.1  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3589  phage integrase family protein  31.01 
 
 		 349 aa  60.1  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0127182 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5497  phage integrase family protein  31.01 
 
 		 349 aa  60.1  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.052501 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.29 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  28 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  32.95 
 
 		 414 aa  59.3  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1136  phage integrase family protein  28.4 
 
 		 513 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  27.86 
 
 		 297 aa  60.1  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  31.47 
 
 		 310 aa  58.9  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 328 aa  58.9  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000179914  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  30.38 
 
 		 308 aa  59.3  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  30.71 
 
 		 328 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  29.22 
 
 		 304 aa  59.3  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  26.54 
 
 		 384 aa  59.3  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0770  phage integrase family protein  29.58 
 
 		 387 aa  59.3  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.17567  normal  0.038003 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4645  phage integrase family protein  32.47 
 
 		 360 aa  58.5  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  30.52 
 
 		 338 aa  58.5  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  30.28 
 
 		 299 aa  58.5  0.00000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  32.3 
 
 		 294 aa  58.9  0.00000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1317  phage integrase family protein  32.68 
 
 		 325 aa  58.2  0.00000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 309 aa  58.5  0.00000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  28.97 
 
 		 324 aa  58.5  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2102  integrase family protein  36.51 
 
 		 304 aa  58.2  0.00000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.167189  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1481  integrase family protein  30.25 
 
 		 308 aa  58.2  0.00000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.141471  normal  0.0727308 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  27.16 
 
 		 384 aa  58.2  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  32.94 
 
 		 397 aa  57.8  0.00000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  28.48 
 
 		 310 aa  57.8  0.00000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2509  integrase family protein  29.75 
 
 		 380 aa  57.8  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.593152  normal  0.73908 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1313  tyrosine recombinase XerD  29.73 
 
 		 309 aa  57.8  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  29.61 
 
 		 303 aa  57.4  0.00000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  28.57 
 
 		 309 aa  57.4  0.00000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  29.75 
 
 		 398 aa  57.8  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  29.65 
 
 		 453 aa  57  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>