More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4942 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_4942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
335 aa  654    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000012318  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.16 
 
 
324 aa  215  9e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_4266  predicted protein  36.43 
 
 
260 aa  142  8e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0181286  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
288 aa  113  6e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29217  predicted protein  33 
 
 
393 aa  112  8.000000000000001e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 
288 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.512596 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
326 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.72 
 
 
312 aa  110  3e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
292 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  36.32 
 
 
316 aa  108  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
284 aa  107  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  38.58 
 
 
303 aa  106  6e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.02 
 
 
327 aa  106  6e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 
326 aa  105  9e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
287 aa  105  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
284 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
301 aa  104  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.56 
 
 
317 aa  103  3e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.74 
 
 
279 aa  103  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
316 aa  103  3e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.655349  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10444  short chain dehydrogenase  38.72 
 
 
311 aa  103  4e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.270892  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
304 aa  101  2e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0596  short chain dehydrogenase  39.91 
 
 
306 aa  101  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0609  short chain dehydrogenase  39.91 
 
 
306 aa  101  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.79 
 
 
315 aa  100  3e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0587  short chain dehydrogenase  39.91 
 
 
306 aa  100  5e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.72 
 
 
340 aa  99.8  6e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 
290 aa  99  9e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3875  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.16 
 
 
336 aa  98.2  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.893798  normal  0.0397379 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
349 aa  97.8  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 
300 aa  98.2  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  34.47 
 
 
305 aa  97.4  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
312 aa  97.1  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.48 
 
 
312 aa  97.1  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 
289 aa  95.9  9e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 
289 aa  95.9  9e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.582042  normal  0.314505 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 
289 aa  95.9  9e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.79705  normal  0.423189 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1940  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
288 aa  95.1  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.944669 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  35.86 
 
 
300 aa  95.1  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
320 aa  94.7  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.756699  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.48 
 
 
298 aa  94.7  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  35.78 
 
 
317 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  38.86 
 
 
304 aa  94.4  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2082  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 
318 aa  94.4  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
300 aa  94  3e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
300 aa  94  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0665  short chain dehydrogenase  33.76 
 
 
301 aa  93.6  4e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000125417  hitchhiker  0.00844242 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  34.63 
 
 
303 aa  92.4  9e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.7 
 
 
295 aa  91.3  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0753  short chain dehydrogenase  35.93 
 
 
305 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1955  putative short-chain dehydrogenase  31.87 
 
 
598 aa  89.4  7e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00955158  hitchhiker  0.00174251 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
297 aa  89.4  8e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 
322 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26328  normal  0.398139 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
281 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
313 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
314 aa  88.2  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.244541  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1947  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 
308 aa  88.2  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.156536  normal  0.0102569 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1053  oxidoreductase  29.77 
 
 
319 aa  87  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.176111  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 
285 aa  87  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
282 aa  86.7  5e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15620  oxidoreductase  30.42 
 
 
320 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000160845  hitchhiker  2.2896399999999997e-20 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.4 
 
 
292 aa  86.3  7e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
288 aa  85.9  8e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.685413  normal  0.0812429 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.32 
 
 
305 aa  85.9  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0325177 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
328 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.392114 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  32.62 
 
 
296 aa  85.5  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
288 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.39 
 
 
289 aa  84.7  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7223  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.03 
 
 
274 aa  84.7  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109906  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
271 aa  84.7  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.54 
 
 
298 aa  84.7  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0407655  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.67 
 
 
307 aa  84  0.000000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10567  predicted protein  31.96 
 
 
284 aa  84  0.000000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.8 
 
 
320 aa  83.6  0.000000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.435553 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
281 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
286 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3427  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.23 
 
 
301 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.779859  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.23 
 
 
301 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.89804  unclonable  0.0000194239 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5347  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.23 
 
 
301 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.981527  normal  0.0865499 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
306 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235938  normal  0.0957503 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.06 
 
 
301 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.894762 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_5468  predicted protein  33.47 
 
 
292 aa  82.4  0.00000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1138  putative dehydrogenase  30.18 
 
 
329 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.530654  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.25 
 
 
278 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.25 
 
 
278 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.362056  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.25 
 
 
278 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 
296 aa  81.6  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
291 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3572  short chain dehydrogenase  35.47 
 
 
308 aa  81.6  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
276 aa  81.6  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
290 aa  80.9  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3626  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
306 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.474498  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
296 aa  80.5  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.271715  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.8 
 
 
338 aa  80.9  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.200528  normal  0.701446 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  27.24 
 
 
309 aa  80.9  0.00000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3756  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.48 
 
 
315 aa  80.5  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.839369  normal  0.374763 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.3 
 
 
304 aa  79.7  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 
277 aa  79.7  0.00000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.08 
 
 
310 aa  79.7  0.00000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.32 
 
 
306 aa  79.7  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0639963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>