236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1548 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_1548  3'-5' exonuclease  100 
 
 		 414 aa  794    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.582452  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24120  ribonuclease D  66.18 
 
 		 413 aa  499  1e-140  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0108272  decreased coverage  0.00823573 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1887  3'-5' exonuclease  63.25 
 
 		 418 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.448337  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5178  3'-5' exonuclease  64.34 
 
 		 499 aa  444  1e-123  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.504791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6723  Ribonuclease D-like protein  60.31 
 
 		 408 aa  429  1e-119  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.449964  normal  0.591917 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1331  3'-5' exonuclease  63.75 
 
 		 427 aa  428  1e-118  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0588384  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1761  3'-5' exonuclease  57.96 
 
 		 437 aa  419  1e-116  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0159451  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3921  3'-5' exonuclease  55.64 
 
 		 424 aa  416  9.999999999999999e-116  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0599222  normal  0.377352 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2266  3'-5' exonuclease  60.2 
 
 		 403 aa  412  1e-114  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.859295  normal  0.0322428 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2832  3'-5' exonuclease  58.06 
 
 		 421 aa  409  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6780  3'-5' exonuclease  57.04 
 
 		 443 aa  408  1e-113  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.780317 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3676  3'-5' exonuclease  56.79 
 
 		 442 aa  409  1e-113  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0342205  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2479  3'-5' exonuclease  55.89 
 
 		 426 aa  407  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1890  3'-5' exonuclease  55.7 
 
 		 404 aa  402  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.359397  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1391  3'-5' exonuclease  56.74 
 
 		 416 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1470  3'-5' exonuclease  58.77 
 
 		 451 aa  397  1e-109  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000176999 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2261  3'-5' exonuclease  56.62 
 
 		 447 aa  395  1e-109  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.379644  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1901  HRDC:3'-5' exonuclease  56.68 
 
 		 420 aa  392  1e-108  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1528  3'-5' exonuclease  58.81 
 
 		 451 aa  395  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.104904  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1891  3'-5' exonuclease  57.32 
 
 		 420 aa  389  1e-107  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0605392  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16390  ribonuclease D  56.85 
 
 		 437 aa  386  1e-106  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2210  3'-5' exonuclease  54.22 
 
 		 428 aa  379  1e-104  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2256  3'-5' exonuclease  54.22 
 
 		 428 aa  379  1e-104  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0553877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2199  3'-5' exonuclease  54.22 
 
 		 428 aa  379  1e-104  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.10077 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2381  3'-5' exonuclease  58.02 
 
 		 407 aa  379  1e-104  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135711  hitchhiker  0.000308945 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1656  3'-5' exonuclease  54.71 
 
 		 449 aa  375  1e-103  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.290963  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1726  3'-5' exonuclease  58.73 
 
 		 417 aa  365  1e-100  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0339876 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12696  hypothetical protein  52.77 
 
 		 438 aa  365  1e-100  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000231151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1649  3'-5' exonuclease  53.94 
 
 		 443 aa  367  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102813 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1962  3'-5' exonuclease  58.7 
 
 		 416 aa  353  2.9999999999999997e-96  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.128564  hitchhiker  0.0000452801 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15690  ribonuclease D  51.91 
 
 		 431 aa  342  5.999999999999999e-93  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.442056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1582  3'-5' exonuclease  60.31 
 
 		 427 aa  342  8e-93  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101577  normal  0.169535 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12960  ribonuclease D  52.97 
 
 		 416 aa  320  1.9999999999999998e-86  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00837058  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13750  ribonuclease D  48.35 
 
 		 399 aa  294  2e-78  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1392  3'-5' exonuclease  45.9 
 
 		 406 aa  292  7e-78  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.125783  normal  0.298063 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0690  ribonuclease D  39.68 
 
 		 433 aa  271  2e-71  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00562045  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0883  3'-5' exonuclease  41.37 
 
 		 476 aa  232  7.000000000000001e-60  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3191  3'-5' exonuclease  34.81 
 
 		 382 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2261  3'-5' exonuclease  40.14 
 
 		 288 aa  136  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.726603  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2349  3'-5' exonuclease  39.79 
 
 		 288 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1602  3'-5' exonuclease  38.85 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  34.9 
 
 		 392 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3389  3'-5' exonuclease  32.65 
 
 		 382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2211  3'-5' exonuclease  36.84 
 
 		 296 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.493178  normal  0.0213505 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  32.57 
 
 		 385 aa  117  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  33.69 
 
 		 396 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  32.57 
 
 		 385 aa  117  5e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  36.02 
 
 		 395 aa  116  6e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  30.51 
 
 		 375 aa  116  7.999999999999999e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  31.86 
 
 		 385 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  33.33 
 
 		 392 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  34.77 
 
 		 384 aa  113  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  36.09 
 
 		 389 aa  112  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  35.02 
 
 		 384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  32.52 
 
 		 427 aa  112  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  35.02 
 
 		 384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0237  3'-5' exonuclease  28.48 
 
 		 377 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000118749  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3617  3'-5' exonuclease  28.79 
 
 		 382 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  29.88 
 
 		 368 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0221  3'-5' exonuclease  28.08 
 
 		 377 aa  110  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  33.59 
 
 		 399 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  34.15 
 
 		 393 aa  109  7.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  37.29 
 
 		 385 aa  109  7.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4287  3'-5' exonuclease  29.79 
 
 		 409 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.276505  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  34.9 
 
 		 401 aa  108  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  30.99 
 
 		 384 aa  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  33.1 
 
 		 381 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  30.41 
 
 		 369 aa  107  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000149434  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  30.41 
 
 		 369 aa  106  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  32.73 
 
 		 381 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  36.68 
 
 		 386 aa  106  8e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0573  3'-5' exonuclease  31.23 
 
 		 352 aa  106  9e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  33.1 
 
 		 382 aa  106  9e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3636  3'-5' exonuclease  29.92 
 
 		 381 aa  106  9e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172491  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  32.65 
 
 		 388 aa  106  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0443  ribonuclease D, putative  30.38 
 
 		 381 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  35.42 
 
 		 389 aa  103  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  33.33 
 
 		 394 aa  103  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  31.69 
 
 		 383 aa  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  31.91 
 
 		 384 aa  103  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  29.36 
 
 		 371 aa  103  7e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0414  3'-5' exonuclease  33.33 
 
 		 295 aa  102  9e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  31.07 
 
 		 392 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  32.27 
 
 		 386 aa  102  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  30 
 
 		 367 aa  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  33.33 
 
 		 382 aa  102  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  34.78 
 
 		 392 aa  101  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  31.79 
 
 		 392 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  32.16 
 
 		 396 aa  101  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  34.73 
 
 		 385 aa  100  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  29.41 
 
 		 369 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  29.41 
 
 		 369 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  29.41 
 
 		 369 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  29.41 
 
 		 369 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  29.38 
 
 		 384 aa  100  5e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  29.38 
 
 		 384 aa  100  5e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  29.38 
 
 		 388 aa  100  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  32.75 
 
 		 384 aa  100  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  30.65 
 
 		 395 aa  99.8  8e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  34.31 
 
 		 369 aa  99.8  8e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000280385  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>