263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2187 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  100 
 
 		 368 aa  754    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  69.48 
 
 		 369 aa  544  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  70.6 
 
 		 367 aa  542  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  69.32 
 
 		 388 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  69.32 
 
 		 369 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  69.32 
 
 		 369 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  69.32 
 
 		 384 aa  537  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  69.32 
 
 		 369 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  69.32 
 
 		 384 aa  536  1e-151  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  68.68 
 
 		 367 aa  531  1e-150  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  68.77 
 
 		 369 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  68.94 
 
 		 369 aa  527  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000280385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  67.49 
 
 		 371 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  65.03 
 
 		 370 aa  511  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  65.03 
 
 		 369 aa  513  1e-144  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000149434  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1626  ribonuclease D  67.57 
 
 		 371 aa  504  1e-141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000103666  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  43.58 
 
 		 379 aa  315  5e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  41.73 
 
 		 400 aa  298  9e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  43.87 
 
 		 375 aa  293  2e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  43.6 
 
 		 375 aa  292  5e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  43.6 
 
 		 375 aa  292  5e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  43.24 
 
 		 375 aa  291  9e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  43.24 
 
 		 375 aa  291  9e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  43.24 
 
 		 375 aa  291  9e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  43.92 
 
 		 371 aa  289  6e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1829  ribonuclease D  43.92 
 
 		 371 aa  289  6e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.299724 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2064  ribonuclease D  42.43 
 
 		 375 aa  288  8e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2016  ribonuclease D  43.32 
 
 		 375 aa  286  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00169692  normal  0.221518 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1956  ribonuclease D  43.32 
 
 		 375 aa  286  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000740588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1316  ribonuclease D  43.32 
 
 		 375 aa  286  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000119147  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1959  ribonuclease D  43.32 
 
 		 375 aa  286  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000313579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1500  ribonuclease D  43.05 
 
 		 375 aa  285  8e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000854063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1064  ribonuclease D (rnase d)  43.33 
 
 		 374 aa  279  4e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00409138  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  39.52 
 
 		 382 aa  274  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1569  ribonuclease D  42.35 
 
 		 381 aa  273  3e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000054851  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2374  ribonuclease D  41.96 
 
 		 384 aa  273  4.0000000000000004e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.307592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2013  ribonuclease D  42.03 
 
 		 373 aa  270  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000328628  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2124  ribonuclease D  42.03 
 
 		 373 aa  270  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0137564  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2402  ribonuclease D  42.03 
 
 		 373 aa  270  2e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000137804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  39.57 
 
 		 388 aa  268  1e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000003136  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2232  ribonuclease D  41.4 
 
 		 374 aa  262  8.999999999999999e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000142967  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1937  ribonuclease D  41.67 
 
 		 374 aa  261  1e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2759  ribonuclease D  40 
 
 		 390 aa  257  3e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000108089  hitchhiker  0.00170183 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0736  ribonuclease D  38.5 
 
 		 381 aa  256  4e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0989413  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1994  ribonuclease D  41.35 
 
 		 373 aa  256  6e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.045905  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2009  ribonuclease D  39.73 
 
 		 403 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01138  ribonuclease D  37.04 
 
 		 385 aa  244  9.999999999999999e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000796428  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1668  ribonuclease D  39.34 
 
 		 369 aa  243  3e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0680665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  36.41 
 
 		 386 aa  227  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  35.68 
 
 		 377 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  35.14 
 
 		 377 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  34.59 
 
 		 377 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  37.13 
 
 		 374 aa  218  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  34.59 
 
 		 377 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  37.13 
 
 		 393 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  35.14 
 
 		 377 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  35.85 
 
 		 377 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  35.44 
 
 		 377 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  33.98 
 
 		 377 aa  205  8e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  34.08 
 
 		 396 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  35.28 
 
 		 375 aa  191  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  36.01 
 
 		 381 aa  187  2e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  33.51 
 
 		 375 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  38.02 
 
 		 379 aa  182  6e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  31.32 
 
 		 392 aa  180  4e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  31.93 
 
 		 385 aa  179  8e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  31.44 
 
 		 399 aa  178  1e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  31.69 
 
 		 388 aa  176  4e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  30.47 
 
 		 385 aa  176  6e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  32.38 
 
 		 384 aa  176  6e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2762  ribonuclease D  33.62 
 
 		 358 aa  175  9e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.713242 
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  30.47 
 
 		 385 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  37.02 
 
 		 395 aa  171  2e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  30.7 
 
 		 383 aa  168  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  31.01 
 
 		 392 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  30.92 
 
 		 392 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  36.26 
 
 		 395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  32.53 
 
 		 381 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  32.88 
 
 		 381 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  31.06 
 
 		 427 aa  163  5.0000000000000005e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  31.36 
 
 		 395 aa  162  7e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  33.85 
 
 		 405 aa  162  8.000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  33.14 
 
 		 394 aa  161  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  30.9 
 
 		 388 aa  161  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  30.97 
 
 		 382 aa  160  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  37.02 
 
 		 391 aa  160  5e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  35.42 
 
 		 389 aa  160  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  28.98 
 
 		 384 aa  156  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  31.83 
 
 		 386 aa  157  4e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000481962 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1610  3'-5' exonuclease  29.46 
 
 		 383 aa  155  8e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.533574  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  30.03 
 
 		 405 aa  155  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  35.71 
 
 		 385 aa  154  2e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  32.88 
 
 		 385 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6686  Ribonuclease D  33.91 
 
 		 400 aa  154  2e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0507  ribonuclease D  34.83 
 
 		 374 aa  153  4e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  32.15 
 
 		 401 aa  153  4e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_002978  WD0186  ribonuclease D, putative  35.1 
 
 		 392 aa  153  5e-36  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  30.34 
 
 		 384 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  32.39 
 
 		 385 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  31.08 
 
 		 396 aa  152  8e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>