241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_24120 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_24120  ribonuclease D  100 
 
 		 413 aa  812    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0108272  decreased coverage  0.00823573 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1548  3'-5' exonuclease  66.18 
 
 		 414 aa  491  9.999999999999999e-139  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.582452  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1887  3'-5' exonuclease  61.32 
 
 		 418 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.448337  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5178  3'-5' exonuclease  60.93 
 
 		 499 aa  434  1e-120  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.504791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6723  Ribonuclease D-like protein  58.27 
 
 		 408 aa  418  9.999999999999999e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.449964  normal  0.591917 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6780  3'-5' exonuclease  56.02 
 
 		 443 aa  408  1e-113  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.780317 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1470  3'-5' exonuclease  57.78 
 
 		 451 aa  409  1e-113  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000176999 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2832  3'-5' exonuclease  54.31 
 
 		 421 aa  404  1e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1331  3'-5' exonuclease  60.65 
 
 		 427 aa  401  9.999999999999999e-111  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0588384  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1391  3'-5' exonuclease  56.07 
 
 		 416 aa  401  9.999999999999999e-111  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2479  3'-5' exonuclease  55.72 
 
 		 426 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2266  3'-5' exonuclease  57.4 
 
 		 403 aa  395  1e-109  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.859295  normal  0.0322428 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3921  3'-5' exonuclease  55.01 
 
 		 424 aa  397  1e-109  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0599222  normal  0.377352 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1761  3'-5' exonuclease  55.47 
 
 		 437 aa  391  1e-108  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0159451  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1528  3'-5' exonuclease  54.7 
 
 		 451 aa  392  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.104904  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3676  3'-5' exonuclease  54.2 
 
 		 442 aa  390  1e-107  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0342205  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2210  3'-5' exonuclease  55.93 
 
 		 428 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2256  3'-5' exonuclease  55.93 
 
 		 428 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0553877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2199  3'-5' exonuclease  55.93 
 
 		 428 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.10077 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16390  ribonuclease D  54.2 
 
 		 437 aa  382  1e-105  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1890  3'-5' exonuclease  52.41 
 
 		 404 aa  380  1e-104  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.359397  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2381  3'-5' exonuclease  54.26 
 
 		 407 aa  379  1e-104  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135711  hitchhiker  0.000308945 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1901  HRDC:3'-5' exonuclease  55.73 
 
 		 420 aa  379  1e-104  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1891  3'-5' exonuclease  53.96 
 
 		 420 aa  377  1e-103  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0605392  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12696  hypothetical protein  55.21 
 
 		 438 aa  377  1e-103  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000231151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2261  3'-5' exonuclease  54.82 
 
 		 447 aa  368  1e-100  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.379644  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1656  3'-5' exonuclease  52.94 
 
 		 449 aa  367  1e-100  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.290963  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1649  3'-5' exonuclease  51.7 
 
 		 443 aa  365  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102813 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1726  3'-5' exonuclease  55.25 
 
 		 417 aa  361  1e-98  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0339876 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1962  3'-5' exonuclease  54.95 
 
 		 416 aa  331  1e-89  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.128564  hitchhiker  0.0000452801 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12960  ribonuclease D  50.88 
 
 		 416 aa  330  4e-89  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00837058  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1582  3'-5' exonuclease  56.14 
 
 		 427 aa  321  9.999999999999999e-87  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101577  normal  0.169535 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15690  ribonuclease D  46.96 
 
 		 431 aa  318  1e-85  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.442056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1392  3'-5' exonuclease  45.92 
 
 		 406 aa  306  4.0000000000000004e-82  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.125783  normal  0.298063 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13750  ribonuclease D  43.83 
 
 		 399 aa  275  2.0000000000000002e-72  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0690  ribonuclease D  38.46 
 
 		 433 aa  269  5.9999999999999995e-71  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00562045  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0883  3'-5' exonuclease  33.61 
 
 		 476 aa  223  4.9999999999999996e-57  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1602  3'-5' exonuclease  39.15 
 
 		 294 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2261  3'-5' exonuclease  39.52 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.726603  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2349  3'-5' exonuclease  39.11 
 
 		 288 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3191  3'-5' exonuclease  33.68 
 
 		 382 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2211  3'-5' exonuclease  36.24 
 
 		 296 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.493178  normal  0.0213505 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4287  3'-5' exonuclease  32.99 
 
 		 409 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.276505  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  31.29 
 
 		 386 aa  127  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0414  3'-5' exonuclease  35.94 
 
 		 295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  30.3 
 
 		 427 aa  118  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  31.27 
 
 		 371 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3389  3'-5' exonuclease  28.75 
 
 		 382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3617  3'-5' exonuclease  32.65 
 
 		 382 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  31.36 
 
 		 369 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  36.32 
 
 		 389 aa  112  8.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0221  3'-5' exonuclease  30.03 
 
 		 377 aa  112  9e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1615  3'-5' exonuclease  34.83 
 
 		 396 aa  112  9e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.47386  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  34.6 
 
 		 389 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  31.07 
 
 		 369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0237  3'-5' exonuclease  30.03 
 
 		 377 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000118749  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  31.07 
 
 		 369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  31.07 
 
 		 369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  33.67 
 
 		 379 aa  112  2.0000000000000002e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  32.18 
 
 		 381 aa  110  3e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  34.09 
 
 		 395 aa  110  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  35.12 
 
 		 386 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  32 
 
 		 392 aa  109  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  31.63 
 
 		 385 aa  109  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  29.1 
 
 		 368 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  31.02 
 
 		 396 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  31.72 
 
 		 399 aa  107  4e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  30.79 
 
 		 393 aa  107  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3636  3'-5' exonuclease  27.72 
 
 		 381 aa  106  8e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172491  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  32.89 
 
 		 384 aa  106  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  29.59 
 
 		 367 aa  105  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  32.66 
 
 		 394 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  31.94 
 
 		 388 aa  105  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0573  3'-5' exonuclease  30.71 
 
 		 352 aa  105  2e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  29.29 
 
 		 388 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  29.29 
 
 		 384 aa  104  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  29.29 
 
 		 384 aa  104  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  29.24 
 
 		 369 aa  103  4e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000149434  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  31.08 
 
 		 385 aa  103  7e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  31.08 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0859  3'-5' exonuclease  34.51 
 
 		 391 aa  102  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  33.11 
 
 		 392 aa  102  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  30.95 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0443  ribonuclease D, putative  28.47 
 
 		 381 aa  102  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  31.08 
 
 		 392 aa  102  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  32.23 
 
 		 395 aa  100  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  32.95 
 
 		 384 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  32.95 
 
 		 384 aa  100  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  28.99 
 
 		 367 aa  99.8  7e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1626  ribonuclease D  27.76 
 
 		 371 aa  99.8  8e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000103666  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  30.2 
 
 		 405 aa  99.8  8e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  31.02 
 
 		 382 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  30.54 
 
 		 388 aa  99  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  30.17 
 
 		 386 aa  99  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  30.61 
 
 		 384 aa  99.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  30.94 
 
 		 392 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  27.6 
 
 		 375 aa  97.4  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  27.73 
 
 		 369 aa  97.1  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  30.77 
 
 		 383 aa  96.3  9e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  29.92 
 
 		 370 aa  95.5  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>