270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4526 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  91.19 
 
 		 389 aa  667    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  100 
 
 		 394 aa  787    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  83.03 
 
 		 395 aa  644    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  79.9 
 
 		 384 aa  630  1e-179  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  79.9 
 
 		 384 aa  629  1e-179  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  79.9 
 
 		 384 aa  586  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  60.53 
 
 		 388 aa  467  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  59.47 
 
 		 392 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  60 
 
 		 382 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  60.26 
 
 		 384 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  57.84 
 
 		 392 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  60.79 
 
 		 405 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  60.79 
 
 		 382 aa  457  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  60.53 
 
 		 384 aa  457  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  58.84 
 
 		 382 aa  456  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  60.26 
 
 		 396 aa  444  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  55.73 
 
 		 383 aa  425  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  57.22 
 
 		 392 aa  418  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  55.17 
 
 		 384 aa  418  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  54.33 
 
 		 385 aa  415  9.999999999999999e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  54.38 
 
 		 385 aa  417  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  54.33 
 
 		 385 aa  416  9.999999999999999e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  55.06 
 
 		 386 aa  404  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  55.53 
 
 		 427 aa  399  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  57.3 
 
 		 381 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  56.5 
 
 		 381 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  50.79 
 
 		 386 aa  378  1e-103  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000481962 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  48.95 
 
 		 386 aa  365  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  49.87 
 
 		 385 aa  363  2e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  53.3 
 
 		 389 aa  360  2e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  46.61 
 
 		 391 aa  360  3e-98  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  47 
 
 		 385 aa  345  1e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1971  ribonuclease D  47.67 
 
 		 385 aa  343  2e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  47.31 
 
 		 401 aa  344  2e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0679  ribonuclease D  47.67 
 
 		 385 aa  343  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  48.19 
 
 		 385 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  49.47 
 
 		 393 aa  337  2.9999999999999997e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  46.34 
 
 		 392 aa  318  2e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  41.85 
 
 		 405 aa  301  2e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  42.2 
 
 		 395 aa  300  3e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  44.42 
 
 		 395 aa  300  3e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  40.47 
 
 		 388 aa  256  6e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  39.95 
 
 		 392 aa  247  3e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  36.94 
 
 		 392 aa  244  1.9999999999999999e-63  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  37.21 
 
 		 396 aa  232  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  35.09 
 
 		 379 aa  220  3e-56  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  35.43 
 
 		 399 aa  219  7e-56  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  36.08 
 
 		 381 aa  212  1e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_002978  WD0186  ribonuclease D, putative  32.33 
 
 		 392 aa  204  3e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  36.34 
 
 		 377 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0507  ribonuclease D  33.52 
 
 		 374 aa  197  4.0000000000000005e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  36.07 
 
 		 377 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  36.07 
 
 		 377 aa  196  7e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  35.68 
 
 		 377 aa  194  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  35.54 
 
 		 377 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  34.05 
 
 		 377 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  34.59 
 
 		 377 aa  187  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  35.16 
 
 		 377 aa  186  4e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  37.34 
 
 		 396 aa  184  2.0000000000000003e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  33.06 
 
 		 388 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  33.06 
 
 		 384 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  32.24 
 
 		 370 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  32.79 
 
 		 384 aa  179  7e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  32.24 
 
 		 367 aa  179  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  33.96 
 
 		 374 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  29.29 
 
 		 379 aa  176  9e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  32.51 
 
 		 369 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  29.43 
 
 		 385 aa  175  9.999999999999999e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  32.51 
 
 		 369 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  32.51 
 
 		 369 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  33.62 
 
 		 367 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  32.51 
 
 		 369 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  33.96 
 
 		 393 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  33.05 
 
 		 371 aa  171  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0300  putative ribonuclease D  31.02 
 
 		 387 aa  170  4e-41  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0703  3'-5' exonuclease  29.92 
 
 		 386 aa  169  8e-41  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.807909  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0672  Ribonuclease D  31.66 
 
 		 423 aa  166  9e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  33.14 
 
 		 368 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1937  ribonuclease D  34.14 
 
 		 374 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  31.98 
 
 		 375 aa  165  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1569  ribonuclease D  32.35 
 
 		 381 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000054851  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  30.21 
 
 		 384 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1994  ribonuclease D  33.15 
 
 		 373 aa  159  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.045905  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  30.81 
 
 		 375 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  30.81 
 
 		 375 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  30.81 
 
 		 375 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  30.81 
 
 		 375 aa  157  3e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  31.02 
 
 		 388 aa  157  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000003136  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  30.81 
 
 		 375 aa  157  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  30.81 
 
 		 375 aa  157  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2232  ribonuclease D  33.06 
 
 		 374 aa  157  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000142967  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  30.89 
 
 		 371 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  34.35 
 
 		 369 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000280385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1829  ribonuclease D  30.89 
 
 		 371 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.299724 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2009  ribonuclease D  33.33 
 
 		 403 aa  156  6e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  35.19 
 
 		 375 aa  156  7e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  29.53 
 
 		 386 aa  155  9e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  31.55 
 
 		 382 aa  155  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2013  ribonuclease D  31.49 
 
 		 373 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000328628  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2124  ribonuclease D  31.49 
 
 		 373 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0137564  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>