More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3389 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_3389  3'-5' exonuclease  100 
 
 		 382 aa  766    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0443  ribonuclease D, putative  73.56 
 
 		 381 aa  561  1.0000000000000001e-159  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4287  3'-5' exonuclease  55.85 
 
 		 409 aa  430  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.276505  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0237  3'-5' exonuclease  54.55 
 
 		 377 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000118749  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0221  3'-5' exonuclease  54.01 
 
 		 377 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3617  3'-5' exonuclease  51.34 
 
 		 382 aa  370  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3636  3'-5' exonuclease  49.05 
 
 		 381 aa  341  1e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172491  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3191  3'-5' exonuclease  43.83 
 
 		 382 aa  334  1e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  49.19 
 
 		 375 aa  334  1e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1602  3'-5' exonuclease  39.64 
 
 		 294 aa  194  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2261  3'-5' exonuclease  39.29 
 
 		 288 aa  192  6e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.726603  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2349  3'-5' exonuclease  38.93 
 
 		 288 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2211  3'-5' exonuclease  39.86 
 
 		 296 aa  189  5e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.493178  normal  0.0213505 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0414  3'-5' exonuclease  36.26 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0573  3'-5' exonuclease  32.46 
 
 		 352 aa  177  3e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  29.45 
 
 		 396 aa  164  3e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0859  3'-5' exonuclease  33.15 
 
 		 391 aa  162  9e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  32.99 
 
 		 381 aa  154  2.9999999999999998e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  31.48 
 
 		 384 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  29.6 
 
 		 399 aa  153  5e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  32.01 
 
 		 386 aa  149  6e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  33.78 
 
 		 392 aa  149  6e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  32.45 
 
 		 395 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  29.53 
 
 		 388 aa  146  5e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  30.58 
 
 		 392 aa  146  6e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  32.88 
 
 		 427 aa  146  7.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  31.84 
 
 		 382 aa  145  8.000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  30.59 
 
 		 392 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  33.51 
 
 		 386 aa  145  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  32.44 
 
 		 405 aa  145  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  31.75 
 
 		 382 aa  144  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  31.27 
 
 		 382 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  31.42 
 
 		 392 aa  144  3e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0672  Ribonuclease D  30.88 
 
 		 423 aa  143  6e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  28.21 
 
 		 386 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  31.4 
 
 		 393 aa  142  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  29.63 
 
 		 392 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  33.44 
 
 		 389 aa  139  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  30.4 
 
 		 384 aa  139  7e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  31.16 
 
 		 383 aa  139  7.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  30.67 
 
 		 396 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  29.81 
 
 		 384 aa  137  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  30.03 
 
 		 385 aa  137  4e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  31.17 
 
 		 388 aa  137  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  30.99 
 
 		 385 aa  137  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  29.23 
 
 		 381 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  30.03 
 
 		 385 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  29.11 
 
 		 385 aa  135  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6723  Ribonuclease D-like protein  33.67 
 
 		 408 aa  134  3.9999999999999996e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.449964  normal  0.591917 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  31.32 
 
 		 384 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  30.47 
 
 		 371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  28.09 
 
 		 377 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  31.32 
 
 		 384 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  28.85 
 
 		 381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2266  3'-5' exonuclease  35.19 
 
 		 403 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.859295  normal  0.0322428 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  33.57 
 
 		 394 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  34 
 
 		 389 aa  130  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  27.61 
 
 		 377 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  27.61 
 
 		 377 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  30.47 
 
 		 396 aa  127  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1761  3'-5' exonuclease  33.95 
 
 		 437 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0159451  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  28.38 
 
 		 377 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2381  3'-5' exonuclease  33.45 
 
 		 407 aa  127  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135711  hitchhiker  0.000308945 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  32.66 
 
 		 385 aa  126  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  30.34 
 
 		 375 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2832  3'-5' exonuclease  32.47 
 
 		 421 aa  125  9e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  30.34 
 
 		 375 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  30.34 
 
 		 375 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1971  ribonuclease D  33 
 
 		 385 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  30.34 
 
 		 375 aa  125  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  30.34 
 
 		 375 aa  125  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  30.34 
 
 		 375 aa  125  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0679  ribonuclease D  33 
 
 		 385 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  30.72 
 
 		 395 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2064  ribonuclease D  30.34 
 
 		 375 aa  124  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1615  3'-5' exonuclease  33.6 
 
 		 396 aa  125  2e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.47386  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  30.45 
 
 		 371 aa  124  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1829  ribonuclease D  30.45 
 
 		 371 aa  124  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.299724 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  27 
 
 		 377 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  26.44 
 
 		 392 aa  123  5e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0507  ribonuclease D  28.14 
 
 		 374 aa  122  7e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1901  HRDC:3'-5' exonuclease  34.87 
 
 		 420 aa  122  8e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  32.47 
 
 		 384 aa  122  9e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2374  ribonuclease D  28.67 
 
 		 384 aa  122  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.307592  normal  1 
 
 
-
 
NC_006685  CNC03940  PM-scl autoantigen, putative  30.96 
 
 		 1016 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1391  3'-5' exonuclease  33.09 
 
 		 416 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  29.67 
 
 		 405 aa  120  3e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  31.84 
 
 		 369 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000149434  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1316  ribonuclease D  29.66 
 
 		 375 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000119147  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1500  ribonuclease D  29.66 
 
 		 375 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000854063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1959  ribonuclease D  29.66 
 
 		 375 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000313579  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  25.96 
 
 		 377 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  27.53 
 
 		 384 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  28.95 
 
 		 385 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  32.75 
 
 		 401 aa  118  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1956  ribonuclease D  29.31 
 
 		 375 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000740588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2016  ribonuclease D  29.31 
 
 		 375 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00169692  normal  0.221518 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  32.75 
 
 		 385 aa  117  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16390  ribonuclease D  29.24 
 
 		 437 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  29.84 
 
 		 368 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>