265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0042 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  100 
 
 		 395 aa  793    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  67.27 
 
 		 395 aa  539  9.999999999999999e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  67.27 
 
 		 405 aa  533  1e-150  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  47.07 
 
 		 386 aa  339  5.9999999999999996e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  45.5 
 
 		 384 aa  327  3e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  44.27 
 
 		 392 aa  325  6e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  45.77 
 
 		 396 aa  324  1e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  45.27 
 
 		 388 aa  323  3e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  43.58 
 
 		 383 aa  321  9.999999999999999e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  45.17 
 
 		 382 aa  320  3e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  43.08 
 
 		 382 aa  318  7e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  42.86 
 
 		 392 aa  318  7.999999999999999e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  45.12 
 
 		 405 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  44.56 
 
 		 395 aa  317  3e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  43.27 
 
 		 385 aa  315  7e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  42.97 
 
 		 382 aa  315  9.999999999999999e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  47.5 
 
 		 389 aa  315  9.999999999999999e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  44.39 
 
 		 384 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  44.39 
 
 		 384 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  43.27 
 
 		 385 aa  314  1.9999999999999998e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  44.18 
 
 		 384 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  43.67 
 
 		 386 aa  312  7.999999999999999e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000481962 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  42.19 
 
 		 385 aa  311  1e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  44.36 
 
 		 392 aa  311  2e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  44.83 
 
 		 393 aa  305  8.000000000000001e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  42.48 
 
 		 385 aa  301  1e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  40.16 
 
 		 384 aa  300  2e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  46.15 
 
 		 392 aa  299  5e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  41.82 
 
 		 381 aa  299  6e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  41.95 
 
 		 385 aa  296  3e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  43.19 
 
 		 401 aa  297  3e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  41.55 
 
 		 381 aa  295  8e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1971  ribonuclease D  43.04 
 
 		 385 aa  293  3e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0679  ribonuclease D  43.04 
 
 		 385 aa  293  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  44.42 
 
 		 394 aa  290  3e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  40.16 
 
 		 391 aa  290  3e-77  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  41.36 
 
 		 427 aa  289  6e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  43.95 
 
 		 389 aa  286  4e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  41.3 
 
 		 386 aa  285  7e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  43.57 
 
 		 385 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  43.64 
 
 		 384 aa  281  1e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  40 
 
 		 396 aa  252  8.000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  38.36 
 
 		 388 aa  249  7e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  39.45 
 
 		 392 aa  237  3e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  35.84 
 
 		 392 aa  233  5e-60  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  36.87 
 
 		 379 aa  226  5.0000000000000005e-58  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  39.66 
 
 		 381 aa  223  4e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  35.45 
 
 		 399 aa  222  7e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_002978  WD0186  ribonuclease D, putative  30.67 
 
 		 392 aa  201  1.9999999999999998e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  36.8 
 
 		 377 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  36.66 
 
 		 377 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0507  ribonuclease D  35.91 
 
 		 374 aa  195  1e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  37.04 
 
 		 377 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  36.27 
 
 		 377 aa  192  6e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  37.3 
 
 		 377 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  37.04 
 
 		 377 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  37.04 
 
 		 377 aa  190  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  35.03 
 
 		 374 aa  189  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  34.92 
 
 		 377 aa  187  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  34.76 
 
 		 393 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  32.04 
 
 		 379 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  36.03 
 
 		 388 aa  172  9e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  36.03 
 
 		 384 aa  172  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  36.03 
 
 		 384 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  31.55 
 
 		 388 aa  171  3e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000003136  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  29.72 
 
 		 385 aa  169  8e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  37.4 
 
 		 367 aa  169  9e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  31.07 
 
 		 382 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  31.79 
 
 		 368 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  36.55 
 
 		 369 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1615  3'-5' exonuclease  34.15 
 
 		 396 aa  164  3e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.47386  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  32.89 
 
 		 400 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  36.63 
 
 		 369 aa  162  7e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  36.63 
 
 		 369 aa  162  7e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  36.63 
 
 		 369 aa  162  7e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  37.5 
 
 		 369 aa  162  7e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  37.36 
 
 		 371 aa  161  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0300  putative ribonuclease D  29.04 
 
 		 387 aa  160  4e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  31.46 
 
 		 396 aa  159  7e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  34.33 
 
 		 370 aa  159  9e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0703  3'-5' exonuclease  30.05 
 
 		 386 aa  159  1e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.807909  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  35.66 
 
 		 375 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1569  ribonuclease D  30.99 
 
 		 381 aa  157  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000054851  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2374  ribonuclease D  32.74 
 
 		 384 aa  157  3e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.307592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  35.98 
 
 		 367 aa  157  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  36.26 
 
 		 369 aa  157  4e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000280385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  29.75 
 
 		 384 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1626  ribonuclease D  37.88 
 
 		 371 aa  155  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000103666  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  32.14 
 
 		 375 aa  155  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0736  ribonuclease D  31.86 
 
 		 381 aa  152  1e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0989413  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  34.35 
 
 		 369 aa  150  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000149434  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1064  ribonuclease D (rnase d)  32.19 
 
 		 374 aa  149  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00409138  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2232  ribonuclease D  30.91 
 
 		 374 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000142967  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  29.3 
 
 		 386 aa  148  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2759  ribonuclease D  34.34 
 
 		 390 aa  146  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000108089  hitchhiker  0.00170183 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1937  ribonuclease D  31.35 
 
 		 374 aa  146  8.000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  34.45 
 
 		 375 aa  145  9e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01138  ribonuclease D  35.34 
 
 		 385 aa  145  9e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000796428  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  34.45 
 
 		 375 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  34.45 
 
 		 375 aa  145  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>