275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2803 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  100 
 
 		 400 aa  822    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01138  ribonuclease D  47.37 
 
 		 385 aa  358  7e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000796428  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  44.65 
 
 		 369 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  44.65 
 
 		 369 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  44.65 
 
 		 369 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  44.92 
 
 		 369 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  42.03 
 
 		 388 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2124  ribonuclease D  44.93 
 
 		 373 aa  310  4e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0137564  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2402  ribonuclease D  44.93 
 
 		 373 aa  310  4e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000137804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2013  ribonuclease D  44.93 
 
 		 373 aa  310  4e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000328628  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  42.47 
 
 		 379 aa  309  5e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  42.71 
 
 		 382 aa  308  1.0000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1994  ribonuclease D  43.58 
 
 		 373 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.045905  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  42.78 
 
 		 384 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  42.78 
 
 		 384 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  43.4 
 
 		 375 aa  305  9.000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  43.13 
 
 		 375 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  43.13 
 
 		 375 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  43.05 
 
 		 367 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  42.86 
 
 		 375 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  42.86 
 
 		 375 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  42.86 
 
 		 375 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  43.44 
 
 		 371 aa  302  6.000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1829  ribonuclease D  43.44 
 
 		 371 aa  302  6.000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.299724 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2009  ribonuclease D  42.18 
 
 		 403 aa  302  8.000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2064  ribonuclease D  42.59 
 
 		 375 aa  301  1e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  42.67 
 
 		 369 aa  300  3e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1937  ribonuclease D  42.66 
 
 		 374 aa  299  6e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  42.97 
 
 		 367 aa  299  6e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  41.73 
 
 		 368 aa  298  1e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2232  ribonuclease D  43.01 
 
 		 374 aa  298  1e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000142967  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2016  ribonuclease D  42.67 
 
 		 375 aa  297  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00169692  normal  0.221518 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1956  ribonuclease D  43.09 
 
 		 375 aa  296  4e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000740588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1316  ribonuclease D  43.09 
 
 		 375 aa  296  5e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000119147  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1959  ribonuclease D  43.09 
 
 		 375 aa  296  5e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000313579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  43.16 
 
 		 369 aa  296  6e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000149434  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1500  ribonuclease D  43.09 
 
 		 375 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000854063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  41.94 
 
 		 370 aa  293  2e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  41.64 
 
 		 388 aa  293  3e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000003136  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  43.6 
 
 		 371 aa  293  3e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2759  ribonuclease D  43.58 
 
 		 390 aa  291  1e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000108089  hitchhiker  0.00170183 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  41.93 
 
 		 369 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000280385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2374  ribonuclease D  40.55 
 
 		 384 aa  283  5.000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.307592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0736  ribonuclease D  40.66 
 
 		 381 aa  274  2.0000000000000002e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0989413  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1626  ribonuclease D  40.36 
 
 		 371 aa  266  5e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000103666  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1569  ribonuclease D  38.2 
 
 		 381 aa  266  7e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000054851  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1064  ribonuclease D (rnase d)  38.46 
 
 		 374 aa  265  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00409138  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  36.34 
 
 		 377 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  36.34 
 
 		 377 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  36.2 
 
 		 377 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  34.36 
 
 		 386 aa  234  2.0000000000000002e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  36.02 
 
 		 377 aa  233  6e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1668  ribonuclease D  40.16 
 
 		 369 aa  233  6e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0680665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  37.33 
 
 		 377 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  36.27 
 
 		 374 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  37.06 
 
 		 377 aa  226  8e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  37.94 
 
 		 377 aa  225  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  35.52 
 
 		 393 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  35.33 
 
 		 377 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  36.61 
 
 		 375 aa  206  7e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  35.54 
 
 		 396 aa  205  1e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  33.94 
 
 		 388 aa  197  3e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  31.94 
 
 		 384 aa  194  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  37.84 
 
 		 379 aa  190  2.9999999999999997e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  32.78 
 
 		 386 aa  189  5e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  32.43 
 
 		 375 aa  188  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1610  3'-5' exonuclease  31.02 
 
 		 383 aa  180  4.999999999999999e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.533574  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2762  ribonuclease D  32.52 
 
 		 358 aa  177  4e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.713242 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  31.49 
 
 		 381 aa  177  4e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  31.04 
 
 		 392 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  31.94 
 
 		 392 aa  171  2e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  31.25 
 
 		 384 aa  169  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  35.09 
 
 		 405 aa  168  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  37.79 
 
 		 386 aa  166  9e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000481962 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  31.15 
 
 		 385 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  37.9 
 
 		 427 aa  165  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  30.61 
 
 		 395 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  32.89 
 
 		 395 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  30.31 
 
 		 392 aa  162  1e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  32.53 
 
 		 393 aa  162  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  32.18 
 
 		 384 aa  162  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  34.47 
 
 		 389 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  32.26 
 
 		 384 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  30.18 
 
 		 385 aa  159  6e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  31.38 
 
 		 382 aa  159  6e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  31.99 
 
 		 392 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  29.43 
 
 		 383 aa  159  8e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  30.18 
 
 		 385 aa  158  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  32.44 
 
 		 399 aa  159  1e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  31.55 
 
 		 382 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  28.96 
 
 		 381 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  28.66 
 
 		 381 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00420  ribonuclease D  34.67 
 
 		 363 aa  156  6e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.966086  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  31.35 
 
 		 389 aa  155  9e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  30.49 
 
 		 405 aa  155  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  34.13 
 
 		 394 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  34.92 
 
 		 395 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  31.06 
 
 		 396 aa  153  5e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  29.75 
 
 		 382 aa  153  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  32.85 
 
 		 386 aa  153  5e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>