268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2112 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  91.62 
 
 
382 aa  723    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  85.56 
 
 
382 aa  682    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  86.39 
 
 
384 aa  677    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  84.82 
 
 
392 aa  680    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  100 
 
 
396 aa  804    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  82.98 
 
 
392 aa  671    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  85.04 
 
 
384 aa  662    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  68.32 
 
 
382 aa  551  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  61.98 
 
 
405 aa  489  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  62.37 
 
 
388 aa  487  1e-136  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  61.9 
 
 
395 aa  471  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  58.47 
 
 
384 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  58.47 
 
 
384 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  56.58 
 
 
384 aa  443  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  57.18 
 
 
383 aa  439  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  54.97 
 
 
385 aa  432  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  54.97 
 
 
385 aa  431  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  54.45 
 
 
385 aa  429  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  59.37 
 
 
394 aa  427  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  58.95 
 
 
389 aa  421  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  57.52 
 
 
384 aa  421  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  58.22 
 
 
381 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  57.68 
 
 
381 aa  414  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  53.7 
 
 
392 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  53.52 
 
 
386 aa  407  1.0000000000000001e-112  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000481962 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  52.88 
 
 
427 aa  392  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  52.23 
 
 
386 aa  382  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  52.35 
 
 
389 aa  356  5e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  47.66 
 
 
385 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  47.53 
 
 
385 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  47.24 
 
 
386 aa  335  1e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  47.37 
 
 
392 aa  329  4e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  42.89 
 
 
391 aa  330  4e-89  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  45.83 
 
 
401 aa  325  1e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  47.09 
 
 
393 aa  324  2e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1971  ribonuclease D  47.01 
 
 
385 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0679  ribonuclease D  47.01 
 
 
385 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  47.14 
 
 
385 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  46.03 
 
 
395 aa  317  2e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  42.3 
 
 
395 aa  306  4.0000000000000004e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  43.92 
 
 
405 aa  300  2e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  38.44 
 
 
392 aa  246  6.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  37.14 
 
 
392 aa  245  9.999999999999999e-64  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  36.65 
 
 
388 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  34.44 
 
 
399 aa  225  9e-58  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  38.07 
 
 
381 aa  225  9e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  36.55 
 
 
396 aa  219  7e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  35.98 
 
 
379 aa  217  2.9999999999999998e-55  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0186  ribonuclease D, putative  32.69 
 
 
392 aa  192  8e-48  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0507  ribonuclease D  31.17 
 
 
374 aa  176  6e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  35.64 
 
 
396 aa  176  6e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  31.28 
 
 
377 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0672  Ribonuclease D  31.66 
 
 
423 aa  172  6.999999999999999e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  31.01 
 
 
377 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  30.73 
 
 
377 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  30.73 
 
 
377 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  30.49 
 
 
377 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  29 
 
 
379 aa  166  5.9999999999999996e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  30.45 
 
 
377 aa  164  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0300  putative ribonuclease D  29.41 
 
 
387 aa  162  7e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  29.77 
 
 
385 aa  162  9e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  29.6 
 
 
382 aa  162  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  32.05 
 
 
374 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0703  3'-5' exonuclease  28.89 
 
 
386 aa  158  1e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.807909  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1615  3'-5' exonuclease  33.68 
 
 
396 aa  157  4e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.47386  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  29.61 
 
 
377 aa  156  7e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  31.78 
 
 
393 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1569  ribonuclease D  30.16 
 
 
381 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000054851  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  28.53 
 
 
388 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000003136  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  29.04 
 
 
367 aa  154  4e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0443  ribonuclease D, putative  31.54 
 
 
381 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  29.33 
 
 
377 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  26.41 
 
 
386 aa  152  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  28.69 
 
 
384 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  31.3 
 
 
371 aa  151  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  29.82 
 
 
384 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  30.91 
 
 
400 aa  150  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  28.69 
 
 
388 aa  150  5e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  29.28 
 
 
369 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  29.43 
 
 
384 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  29.28 
 
 
369 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  29.28 
 
 
369 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  32.15 
 
 
375 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  29.28 
 
 
369 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0237  3'-5' exonuclease  27.99 
 
 
377 aa  145  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000118749  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0221  3'-5' exonuclease  27.72 
 
 
377 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1064  ribonuclease D (rnase d)  33.46 
 
 
374 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00409138  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2762  ribonuclease D  31.77 
 
 
358 aa  144  3e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.713242 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1937  ribonuclease D  28.85 
 
 
374 aa  143  6e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2232  ribonuclease D  28.22 
 
 
374 aa  142  9e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000142967  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  27.87 
 
 
367 aa  139  6e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6686  Ribonuclease D  31.87 
 
 
400 aa  139  6e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  27.72 
 
 
375 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  27.72 
 
 
375 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  27.72 
 
 
375 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  27.72 
 
 
375 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  27.72 
 
 
375 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  27.72 
 
 
375 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3389  3'-5' exonuclease  30.93 
 
 
382 aa  139  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  29.81 
 
 
369 aa  138  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  normal  0.381908 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>