266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2580 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  100 
 
 		 367 aa  752    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  86.38 
 
 		 367 aa  657    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  87.43 
 
 		 369 aa  660    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  87.43 
 
 		 369 aa  660    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  95.1 
 
 		 384 aa  720    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  95.1 
 
 		 384 aa  719    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  87.16 
 
 		 369 aa  658    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  94.82 
 
 		 388 aa  720    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  87.43 
 
 		 369 aa  660    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  72.53 
 
 		 371 aa  552  1e-156  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  71.19 
 
 		 370 aa  544  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  70.6 
 
 		 368 aa  542  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  69.13 
 
 		 369 aa  535  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  71.98 
 
 		 369 aa  531  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000280385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1626  ribonuclease D  71.15 
 
 		 371 aa  524  1e-148  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000103666  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  67.21 
 
 		 369 aa  520  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000149434  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  43.05 
 
 		 400 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  42.66 
 
 		 379 aa  294  1e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1064  ribonuclease D (rnase d)  43.99 
 
 		 374 aa  293  4e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00409138  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  42.01 
 
 		 375 aa  281  1e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  42.01 
 
 		 375 aa  281  1e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  42.01 
 
 		 375 aa  281  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  42.01 
 
 		 375 aa  280  2e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  42.01 
 
 		 375 aa  280  2e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  42.01 
 
 		 375 aa  280  2e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2064  ribonuclease D  41.73 
 
 		 375 aa  279  6e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  42.08 
 
 		 371 aa  278  9e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1829  ribonuclease D  42.08 
 
 		 371 aa  278  9e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.299724 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01138  ribonuclease D  39.89 
 
 		 385 aa  268  1e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000796428  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2374  ribonuclease D  41.73 
 
 		 384 aa  266  5e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.307592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0736  ribonuclease D  40.77 
 
 		 381 aa  266  5.999999999999999e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0989413  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2402  ribonuclease D  40.28 
 
 		 373 aa  265  7e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000137804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2013  ribonuclease D  40.28 
 
 		 373 aa  265  7e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000328628  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2124  ribonuclease D  40.28 
 
 		 373 aa  265  7e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0137564  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2232  ribonuclease D  41.14 
 
 		 374 aa  265  8.999999999999999e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000142967  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1959  ribonuclease D  40.11 
 
 		 375 aa  264  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000313579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1316  ribonuclease D  40.11 
 
 		 375 aa  264  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000119147  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1500  ribonuclease D  39.84 
 
 		 375 aa  264  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000854063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1956  ribonuclease D  40.11 
 
 		 375 aa  264  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000740588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1668  ribonuclease D  42.03 
 
 		 369 aa  263  3e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0680665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2016  ribonuclease D  39.84 
 
 		 375 aa  262  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00169692  normal  0.221518 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  37.84 
 
 		 382 aa  258  2e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1994  ribonuclease D  41.26 
 
 		 373 aa  256  5e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.045905  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1937  ribonuclease D  38.96 
 
 		 374 aa  255  9e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1569  ribonuclease D  37.8 
 
 		 381 aa  254  1.0000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000054851  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2759  ribonuclease D  38.9 
 
 		 390 aa  248  1e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000108089  hitchhiker  0.00170183 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  36.68 
 
 		 388 aa  248  1e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000003136  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2009  ribonuclease D  38.9 
 
 		 403 aa  245  8e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  34.25 
 
 		 377 aa  225  7e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  35.07 
 
 		 377 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  34.44 
 
 		 377 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  34.82 
 
 		 386 aa  222  7e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  34.07 
 
 		 377 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  38.43 
 
 		 396 aa  212  7e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  33.06 
 
 		 377 aa  212  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  34.79 
 
 		 393 aa  210  4e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  32.69 
 
 		 377 aa  209  6e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  34.99 
 
 		 374 aa  209  8e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  32.97 
 
 		 377 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  32.97 
 
 		 377 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  33.42 
 
 		 375 aa  196  6e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  32.52 
 
 		 388 aa  193  3e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  31.32 
 
 		 392 aa  190  2.9999999999999997e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  34.51 
 
 		 381 aa  187  4e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  39.54 
 
 		 379 aa  186  7e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  32.77 
 
 		 392 aa  184  3e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2762  ribonuclease D  34.11 
 
 		 358 aa  182  7e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.713242 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  30.39 
 
 		 384 aa  182  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  29.78 
 
 		 399 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  31.54 
 
 		 427 aa  178  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  31.55 
 
 		 385 aa  177  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  32.51 
 
 		 389 aa  177  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  30.89 
 
 		 385 aa  176  4e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  30.89 
 
 		 385 aa  175  9e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  32.24 
 
 		 394 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  32.25 
 
 		 392 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  32.19 
 
 		 383 aa  172  5.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  39.3 
 
 		 386 aa  172  7.999999999999999e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000481962 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  30.08 
 
 		 384 aa  170  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  31.35 
 
 		 386 aa  170  4e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  30.19 
 
 		 382 aa  170  4e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  37.4 
 
 		 395 aa  169  8e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  32.19 
 
 		 395 aa  168  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  30.52 
 
 		 375 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1610  3'-5' exonuclease  31.27 
 
 		 383 aa  166  8e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.533574  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  29.97 
 
 		 388 aa  165  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  30.47 
 
 		 392 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  30.39 
 
 		 384 aa  162  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  30.47 
 
 		 382 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  37.12 
 
 		 386 aa  162  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  34.62 
 
 		 405 aa  161  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  33.22 
 
 		 384 aa  161  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  33.22 
 
 		 384 aa  161  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1971  ribonuclease D  35.16 
 
 		 385 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  34.64 
 
 		 385 aa  160  3e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  33.33 
 
 		 381 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  37.15 
 
 		 385 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0679  ribonuclease D  35.16 
 
 		 385 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  32.97 
 
 		 381 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  30.42 
 
 		 384 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>