213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1668 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_1668  ribonuclease D  100 
 
 
369 aa  761    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0680665  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  43.13 
 
 
388 aa  278  1e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  42.86 
 
 
367 aa  276  4e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  42.86 
 
 
384 aa  276  5e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  43.05 
 
 
384 aa  275  6e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2013  ribonuclease D  40.88 
 
 
373 aa  270  4e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000328628  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2124  ribonuclease D  40.88 
 
 
373 aa  270  4e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0137564  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2402  ribonuclease D  40.88 
 
 
373 aa  270  4e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000137804  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2064  ribonuclease D  39.95 
 
 
375 aa  267  2e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  39.68 
 
 
375 aa  266  5e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  39.68 
 
 
375 aa  266  5e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  39.68 
 
 
375 aa  266  5e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  39.68 
 
 
375 aa  266  5e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  39.68 
 
 
375 aa  265  7e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  39.68 
 
 
375 aa  265  7e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  42.86 
 
 
367 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1959  ribonuclease D  38.81 
 
 
375 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000313579  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1316  ribonuclease D  38.81 
 
 
375 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000119147  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1500  ribonuclease D  38.54 
 
 
375 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000854063  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1956  ribonuclease D  38.81 
 
 
375 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000740588  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2016  ribonuclease D  39.24 
 
 
375 aa  263  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00169692  normal  0.221518 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1994  ribonuclease D  39.78 
 
 
373 aa  262  6e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.045905  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  39.84 
 
 
371 aa  261  1e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1829  ribonuclease D  39.84 
 
 
371 aa  261  1e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.299724 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1064  ribonuclease D (rnase d)  38.11 
 
 
374 aa  260  2e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00409138  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  42.63 
 
 
370 aa  258  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  42.62 
 
 
369 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1937  ribonuclease D  39.73 
 
 
374 aa  258  1e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  42.62 
 
 
369 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  42.62 
 
 
369 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  42.35 
 
 
369 aa  257  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2009  ribonuclease D  39.67 
 
 
403 aa  256  5e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2374  ribonuclease D  38.46 
 
 
384 aa  252  6e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.307592  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2232  ribonuclease D  39.19 
 
 
374 aa  251  2e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000142967  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  39.89 
 
 
369 aa  249  4e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000149434  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  39.34 
 
 
368 aa  249  4e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1626  ribonuclease D  39.95 
 
 
371 aa  247  2e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000103666  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  36.49 
 
 
382 aa  247  3e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  39.24 
 
 
369 aa  246  6e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0736  ribonuclease D  37.91 
 
 
381 aa  245  9.999999999999999e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0989413  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  40.16 
 
 
369 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000280385  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2759  ribonuclease D  38.15 
 
 
390 aa  241  1e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000108089  hitchhiker  0.00170183 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  40.64 
 
 
400 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1569  ribonuclease D  35.41 
 
 
381 aa  239  8e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000054851  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  37.13 
 
 
379 aa  238  2e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  40.35 
 
 
371 aa  237  3e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  35.14 
 
 
388 aa  233  5e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000003136  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01138  ribonuclease D  36.76 
 
 
385 aa  232  9e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000796428  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  32.42 
 
 
377 aa  183  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  32.28 
 
 
377 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  31.41 
 
 
377 aa  182  6e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  32.28 
 
 
377 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  33.44 
 
 
386 aa  173  3.9999999999999995e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  30.14 
 
 
377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  30.14 
 
 
377 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  29.86 
 
 
377 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  29.86 
 
 
377 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  31.3 
 
 
374 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  29.19 
 
 
396 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  31.21 
 
 
375 aa  155  8e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  28.77 
 
 
388 aa  155  1e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  30.11 
 
 
385 aa  155  2e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  31.01 
 
 
393 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  28.65 
 
 
392 aa  150  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  27.1 
 
 
392 aa  150  4e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  29.22 
 
 
386 aa  149  7e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000481962 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  29.3 
 
 
394 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  27.83 
 
 
381 aa  145  9e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  27.72 
 
 
392 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  27.76 
 
 
382 aa  144  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  27.69 
 
 
382 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  28.26 
 
 
382 aa  144  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  27.72 
 
 
384 aa  143  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  27.47 
 
 
392 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  31.97 
 
 
386 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  27.37 
 
 
385 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  31.4 
 
 
389 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  33.96 
 
 
427 aa  140  3e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1727  3'-5' exonuclease  30.72 
 
 
431 aa  140  3e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138286  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  28.8 
 
 
388 aa  140  3.9999999999999997e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  31.12 
 
 
391 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  28.3 
 
 
381 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  28.69 
 
 
384 aa  139  7.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  26.9 
 
 
396 aa  139  8.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  31.3 
 
 
385 aa  139  8.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1610  3'-5' exonuclease  27.12 
 
 
383 aa  139  8.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.533574  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  27.15 
 
 
399 aa  138  1e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  28.22 
 
 
379 aa  139  1e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  29.93 
 
 
384 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0507  ribonuclease D  30.61 
 
 
374 aa  137  2e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  26.95 
 
 
385 aa  138  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  28.46 
 
 
384 aa  137  4e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  26.95 
 
 
385 aa  136  5e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  25.89 
 
 
392 aa  136  6.0000000000000005e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  28.76 
 
 
383 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  30.34 
 
 
381 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  27.72 
 
 
405 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  35.32 
 
 
386 aa  134  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  28.07 
 
 
375 aa  134  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  31.66 
 
 
393 aa  133  5e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>