More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0323 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  100 
 
 
375 aa  754    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4287  3'-5' exonuclease  49.05 
 
 
409 aa  346  3e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.276505  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3389  3'-5' exonuclease  49.19 
 
 
382 aa  334  1e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0443  ribonuclease D, putative  47.44 
 
 
381 aa  321  9.999999999999999e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3636  3'-5' exonuclease  44.32 
 
 
381 aa  306  3e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172491  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3617  3'-5' exonuclease  45.14 
 
 
382 aa  299  6e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0237  3'-5' exonuclease  45.33 
 
 
377 aa  297  2e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000118749  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0221  3'-5' exonuclease  44.78 
 
 
377 aa  296  6e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3191  3'-5' exonuclease  41.18 
 
 
382 aa  271  2e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0573  3'-5' exonuclease  32.85 
 
 
352 aa  182  9.000000000000001e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2211  3'-5' exonuclease  38.18 
 
 
296 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.493178  normal  0.0213505 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  30.94 
 
 
396 aa  175  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0414  3'-5' exonuclease  38.37 
 
 
295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1602  3'-5' exonuclease  37.81 
 
 
294 aa  166  5e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  30.28 
 
 
381 aa  166  5e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2349  3'-5' exonuclease  36.52 
 
 
288 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2261  3'-5' exonuclease  36.52 
 
 
288 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.726603  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  32.43 
 
 
377 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  32.43 
 
 
377 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  32.43 
 
 
377 aa  160  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  32.07 
 
 
377 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  32.61 
 
 
377 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  32.34 
 
 
377 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  30.87 
 
 
393 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  30.59 
 
 
388 aa  155  1e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0859  3'-5' exonuclease  34.09 
 
 
391 aa  152  5.9999999999999996e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  28.23 
 
 
399 aa  152  1e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  29.97 
 
 
374 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  29.6 
 
 
377 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  33.21 
 
 
392 aa  144  3e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  26.76 
 
 
392 aa  141  9.999999999999999e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  27.03 
 
 
379 aa  137  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  30.41 
 
 
383 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  29.27 
 
 
377 aa  135  9e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  31.52 
 
 
369 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  29.16 
 
 
393 aa  134  3e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  30.87 
 
 
392 aa  134  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  30.77 
 
 
375 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  29.65 
 
 
396 aa  133  6e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  29.65 
 
 
384 aa  133  6e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  29.48 
 
 
381 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  28.93 
 
 
405 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1761  3'-5' exonuclease  29.12 
 
 
437 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0159451  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  29.19 
 
 
386 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6780  3'-5' exonuclease  31.58 
 
 
443 aa  130  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.780317 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1582  3'-5' exonuclease  34.2 
 
 
427 aa  130  4.0000000000000003e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101577  normal  0.169535 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  30.8 
 
 
371 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  29.44 
 
 
427 aa  129  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  31.88 
 
 
368 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  30.52 
 
 
379 aa  128  2.0000000000000002e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1901  HRDC:3'-5' exonuclease  33.09 
 
 
420 aa  127  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  28.93 
 
 
381 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  28.96 
 
 
386 aa  127  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  31.2 
 
 
369 aa  126  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000280385  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12960  ribonuclease D  31.75 
 
 
416 aa  125  1e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00837058  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  26.21 
 
 
382 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3676  3'-5' exonuclease  30.56 
 
 
442 aa  125  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0342205  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  31.25 
 
 
375 aa  125  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  29.6 
 
 
369 aa  124  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000149434  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  30.4 
 
 
367 aa  124  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13750  ribonuclease D  31.65 
 
 
399 aa  124  3e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2832  3'-5' exonuclease  32.84 
 
 
421 aa  123  4e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6723  Ribonuclease D-like protein  30.48 
 
 
408 aa  123  5e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.449964  normal  0.591917 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  30.25 
 
 
389 aa  122  7e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  31.76 
 
 
369 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  31.76 
 
 
369 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  31.76 
 
 
369 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16390  ribonuclease D  32.04 
 
 
437 aa  122  9.999999999999999e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  24.86 
 
 
388 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000003136  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15690  ribonuclease D  34.27 
 
 
431 aa  121  1.9999999999999998e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.442056  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  32.3 
 
 
375 aa  120  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1956  ribonuclease D  32.75 
 
 
375 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000740588  normal 
 
 
-
 
NC_006685  CNC03940  PM-scl autoantigen, putative  45.33 
 
 
1016 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  31.76 
 
 
369 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  32.3 
 
 
375 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2016  ribonuclease D  32.75 
 
 
375 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00169692  normal  0.221518 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  29.03 
 
 
370 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  32.3 
 
 
375 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1500  ribonuclease D  32.75 
 
 
375 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000854063  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  28 
 
 
400 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  32.3 
 
 
375 aa  119  6e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  32.3 
 
 
375 aa  119  6e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1959  ribonuclease D  32.75 
 
 
375 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000313579  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  32.3 
 
 
375 aa  119  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1316  ribonuclease D  32.75 
 
 
375 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000119147  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1887  3'-5' exonuclease  30.84 
 
 
418 aa  119  7e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.448337  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  31.96 
 
 
371 aa  119  9e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1829  ribonuclease D  31.96 
 
 
371 aa  119  9e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.299724 
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  28.81 
 
 
385 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  28.81 
 
 
385 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  27.97 
 
 
385 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2064  ribonuclease D  31.96 
 
 
375 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  27.52 
 
 
382 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1615  3'-5' exonuclease  31.4 
 
 
396 aa  117  3e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.47386  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  28.42 
 
 
382 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05001  exosome complex exonuclease Rrp6, putative (Eurofung)  33.97 
 
 
1297 aa  117  3.9999999999999997e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.333756  normal  0.453331 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1626  ribonuclease D  30.58 
 
 
371 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000103666  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  27.74 
 
 
385 aa  115  8.999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2381  3'-5' exonuclease  31.13 
 
 
407 aa  115  8.999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135711  hitchhiker  0.000308945 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1391  3'-5' exonuclease  30.41 
 
 
416 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>