228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1331 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1331  3'-5' exonuclease  100 
 
 		 427 aa  816    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0588384  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5178  3'-5' exonuclease  79.79 
 
 		 499 aa  584  1.0000000000000001e-165  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.504791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1887  3'-5' exonuclease  64.68 
 
 		 418 aa  460  9.999999999999999e-129  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.448337  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1761  3'-5' exonuclease  62.53 
 
 		 437 aa  442  1e-123  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0159451  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1548  3'-5' exonuclease  63.86 
 
 		 414 aa  441  9.999999999999999e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.582452  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1470  3'-5' exonuclease  59.12 
 
 		 451 aa  425  1e-118  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000176999 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2832  3'-5' exonuclease  59.02 
 
 		 421 aa  424  1e-117  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24120  ribonuclease D  60.9 
 
 		 413 aa  424  1e-117  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0108272  decreased coverage  0.00823573 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6723  Ribonuclease D-like protein  60.56 
 
 		 408 aa  424  1e-117  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.449964  normal  0.591917 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1901  HRDC:3'-5' exonuclease  60.76 
 
 		 420 aa  419  1e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3676  3'-5' exonuclease  57.21 
 
 		 442 aa  415  9.999999999999999e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0342205  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1528  3'-5' exonuclease  60.1 
 
 		 451 aa  418  9.999999999999999e-116  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.104904  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2266  3'-5' exonuclease  61.07 
 
 		 403 aa  411  1e-114  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.859295  normal  0.0322428 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16390  ribonuclease D  57.14 
 
 		 437 aa  402  1e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6780  3'-5' exonuclease  56.54 
 
 		 443 aa  402  1e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.780317 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2261  3'-5' exonuclease  58.31 
 
 		 447 aa  384  1e-105  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.379644  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1891  3'-5' exonuclease  57.11 
 
 		 420 aa  384  1e-105  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0605392  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3921  3'-5' exonuclease  52.58 
 
 		 424 aa  380  1e-104  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0599222  normal  0.377352 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1649  3'-5' exonuclease  54.83 
 
 		 443 aa  380  1e-104  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102813 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1656  3'-5' exonuclease  56.74 
 
 		 449 aa  378  1e-103  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.290963  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1391  3'-5' exonuclease  54.85 
 
 		 416 aa  377  1e-103  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1726  3'-5' exonuclease  56.44 
 
 		 417 aa  374  1e-102  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0339876 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1962  3'-5' exonuclease  59.47 
 
 		 416 aa  374  1e-102  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.128564  hitchhiker  0.0000452801 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2479  3'-5' exonuclease  52.74 
 
 		 426 aa  364  2e-99  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2381  3'-5' exonuclease  55.14 
 
 		 407 aa  363  4e-99  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135711  hitchhiker  0.000308945 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1890  3'-5' exonuclease  51.89 
 
 		 404 aa  360  3e-98  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.359397  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2210  3'-5' exonuclease  53.33 
 
 		 428 aa  355  6.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2256  3'-5' exonuclease  53.33 
 
 		 428 aa  355  6.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0553877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2199  3'-5' exonuclease  53.33 
 
 		 428 aa  355  6.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.10077 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12696  hypothetical protein  52.68 
 
 		 438 aa  348  8e-95  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000231151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15690  ribonuclease D  49.88 
 
 		 431 aa  331  1e-89  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.442056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1582  3'-5' exonuclease  57.77 
 
 		 427 aa  330  4e-89  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101577  normal  0.169535 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1392  3'-5' exonuclease  44.11 
 
 		 406 aa  314  1.9999999999999998e-84  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.125783  normal  0.298063 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12960  ribonuclease D  50.36 
 
 		 416 aa  311  1e-83  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00837058  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13750  ribonuclease D  45.06 
 
 		 399 aa  274  2.0000000000000002e-72  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0690  ribonuclease D  40 
 
 		 433 aa  247  2e-64  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00562045  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0883  3'-5' exonuclease  45.42 
 
 		 476 aa  219  1e-55  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3191  3'-5' exonuclease  34.35 
 
 		 382 aa  139  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2211  3'-5' exonuclease  35.09 
 
 		 296 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.493178  normal  0.0213505 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  33.67 
 
 		 396 aa  118  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0221  3'-5' exonuclease  29.9 
 
 		 377 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0237  3'-5' exonuclease  29.9 
 
 		 377 aa  117  6e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000118749  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  28.35 
 
 		 375 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  33.96 
 
 		 392 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3617  3'-5' exonuclease  31.74 
 
 		 382 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1602  3'-5' exonuclease  35.39 
 
 		 294 aa  114  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2261  3'-5' exonuclease  35.8 
 
 		 288 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.726603  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2349  3'-5' exonuclease  35.39 
 
 		 288 aa  111  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  34.55 
 
 		 377 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3389  3'-5' exonuclease  30.79 
 
 		 382 aa  110  6e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  33.58 
 
 		 377 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4287  3'-5' exonuclease  28.68 
 
 		 409 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.276505  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  33.21 
 
 		 377 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0573  3'-5' exonuclease  30.72 
 
 		 352 aa  106  8e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  33.46 
 
 		 377 aa  106  9e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  34.68 
 
 		 399 aa  105  2e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0414  3'-5' exonuclease  32.8 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  32.78 
 
 		 392 aa  100  7e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  33.12 
 
 		 389 aa  99.8  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  31.02 
 
 		 381 aa  99.4  1e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  33.63 
 
 		 385 aa  99  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  33.63 
 
 		 385 aa  98.6  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  31.84 
 
 		 385 aa  98.2  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  32.64 
 
 		 377 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  29.78 
 
 		 388 aa  97.4  4e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  32.57 
 
 		 394 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  33.74 
 
 		 395 aa  97.1  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1615  3'-5' exonuclease  35.07 
 
 		 396 aa  95.1  2e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.47386  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  32.29 
 
 		 385 aa  95.5  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  32.06 
 
 		 382 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  33.12 
 
 		 384 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  33.46 
 
 		 384 aa  94  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  33.21 
 
 		 386 aa  94.4  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  33.47 
 
 		 384 aa  94  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0859  3'-5' exonuclease  33.47 
 
 		 391 aa  93.2  8e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0443  ribonuclease D, putative  29.8 
 
 		 381 aa  93.2  9e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3636  3'-5' exonuclease  27.25 
 
 		 381 aa  92.4  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172491  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  33.18 
 
 		 392 aa  92.8  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  30.38 
 
 		 381 aa  92.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  33.9 
 
 		 392 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  27.1 
 
 		 368 aa  91.3  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  31.6 
 
 		 386 aa  90.9  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  30.27 
 
 		 384 aa  90.9  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  32.25 
 
 		 377 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  32.43 
 
 		 392 aa  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  29.18 
 
 		 384 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  31.21 
 
 		 393 aa  89  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_68661  ribosomal RNA processing 3'-5' exonuclease  26.51 
 
 		 792 aa  89.4  1e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0460468 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  32.23 
 
 		 389 aa  88.6  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  31.42 
 
 		 384 aa  88.6  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  29.22 
 
 		 427 aa  88.2  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  27.78 
 
 		 369 aa  88.2  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  29.69 
 
 		 381 aa  88.2  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  30.95 
 
 		 396 aa  87.4  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  34.26 
 
 		 375 aa  87.4  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  29.55 
 
 		 392 aa  87  6e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  30.03 
 
 		 383 aa  86.7  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  25 
 
 		 385 aa  86.3  9e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1500  ribonuclease D  32.52 
 
 		 375 aa  86.3  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000854063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1959  ribonuclease D  32.52 
 
 		 375 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000313579  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>